またまたFreeMindです。
やっとJRE関係がすっきりしました。
java -version コマンドの結果を左右しているのは
環境変数pathだったようです。
会社のPCでFreeMindが起動しない原因はOracle9iが
インストールされていたため、環境変数pathに
Oracle9iのJREが設定されていたためでした。
pathの先頭にJREの実行環境を設定してやれば良いようです。
以下はJRE1.4.1_05の場合の例です。

C:\Program Files\Java\j2re1.4.1_05\bin

ちなみにFreeMindの0.8.0では言語環境を自動で
認識してくれて、結構便利になりました。
特に設定ファイルをいじる必要もなくなったようです。
起動時にロゴなんかも表示したりして、
なかなか完成度が上がってきた感じ。