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劇中でフレイと交際していた頃、子供達がよくテレビを見る17:30～18:00の時間帯で性交を想起させるシーンが放送され、局に多数のクレームが届き、公式サイトでスタッフがお詫びの文を載せて話題になった事もある。

物語中盤で乗機ストライクが爆発した際にどうやって助かり、どうやってラクスのいるプラントまで行ったのかが劇中では描かれず、まるでテレポーテーションしたかのようであったためファンの間で話題になった。このときの事情はのちに外伝シリーズの『機動戦士ガンダムSEED ASTRAY』で描かれ、ストライクとイージスの戦闘に居合わせたアストレイレッドフレームのパイロットであるロウ・ギュールが救出し、マルキオ導師の屋敷まで運んでいる

なお、劇中で確認できるようにキラは痩身であり、身長165cmで65kgという体重はいくら何でも重すぎると思われる。製作サイドもそれを考慮したのか、続編では軽量化されている。

恋愛に関して「キラが好きなのはフレイかラクスどちらか？」という意見がファンの間で起こったが、これに関してキラ自身は女性関係に鈍感なため、どちらに対しても恋愛感情は無いらしく、ラクス側の感情は恋愛だが、キラには大切な存在という感情しか無いとされた（監督談）が、スペシャルエディション「鳴動の宇宙」にて追加されたシーンとともに本編での指輪の扱い等を考慮すると微妙な関係ではあったようである。

キャラクターの人気と、OPやED等の影響のため、視聴者やファンの間ではキラはラクスが好き、という意見が多かった。

ただしDESTINYでは、キラとラクスの関係は明らかに恋人同士であるが、DESTINYでもキラとラクスは人気が高いとはいえ、必要以上に描写が多かったため、一部の掲示板等では非難が起こった。

出生の秘密等など、キラにはまだ謎が多いところがある。

また多くのガンダムファン(但しここではSEEDシリーズを嫌っている機動戦士ガンダム～∀ガンダムのファンの事を指す)から成長していないガンダムの主人公と指摘されている。まず過去のガンダムシリーズを見ても主人公が初めてガンダムに乗ってから戦いの終結までの間、必ず主人公は成長をして、特に最終決戦時に於いて最初の頃から比べて精神的に成長をしている部分が見られる。その中でも主人公VSライバル(もしくは宿敵)との戦いで互いの信念や思想、価値観、想い、等がぶつかり合う場面はガンダムシリーズの中でも特に盛り上がる戦いの場面である(過去のキャラでいうと、アムロ・レイVSシャア・アズナブル、カミーユ・ビダンVSパプテマス・シロッコ、ジュドー・アーシタVSハマーン・カーン、ヒイロ・ユイVSゼクス・マーキス他)。本来SEEDにおいて盛り上がるはずの場面であるキラ対ラウ・ル・クルーゼ戦では一方的にクルーゼが信念、思想を言い続け、キラはそれに対して返す言葉が曖昧であるという点である。同じような場面では過去のガンダムの主人公はハッキリとした思想や信念を言い返すことができたのだがキラはそれができなかったという点で、キラは全く成長をしてない主人公であると上記のガンダムファンに批判された。

ただし上記の意見に関しては反論もある。まずキラが本編中、戦闘に際して最も意見をぶつけ合ったのはクルーゼではなく、アスラン・ザラである点（クルーゼとは実質、最終決戦の時のみ）。そのアスランとの戦いの中で「ただ敵と戦う」のではなく「自分達は何と戦えばよいのか」を模索するようになり、結果的にはアスランとも和解し、またその考えが（一時的ではあったが）戦争を終わらせるに至ったことは事実で、それはキラが成長した結果ではないか、という意見である。

またクルーゼの言い放った言葉は信念・思想というより彼がクローンであるが故の絶望から生じた「愚かな人間への復讐」と「世界の死」という考えだったことに対し、キラは「それでも自分には守りたい世界がある」＝「世界の生」を叫んだ(しかしキラのいう『世界』とは自分とその周辺に限定されるのでは？とも言われている)。DESTINY最終話においてもキラはギルバート・デュランダルに対して同じような言葉を放っており、「自分で紡いでゆく自由な生」が彼の生きていく上でのアイデンティティだと考えられる。「死」に対して「生」を望むのは至極当たり前のことであって、それを主義主張として言葉多くで語れなかったとて、即「信念が無い」と批判するのは少々短絡的過ぎるのではないかと思われる。

キラ･ヤマト及びガンダムSEEDには敵側の思想を一方的に否定することで結果的に主人公が横暴かつ独善的な自己正義を語るだけになる危険性、あるいは『敵』という『悪』を滅ぼすことで戦争を終わらせることが正しいという危険な思想を肯定する事態に陥ってしまう危険性が見出せるとする意見もある。また、戦闘ではレイ・ザ・バレルのドラグーンシステムを真正面から受け止めようとして、何度もビームシールドを破られたあたり、懲りない一面もある。

ただしキラは批判も多いが、アニメージュやガンダムエースにおける人気投票では常に上位ランクしているなど、その人気が高いことは事実である。