楽天・日記　ｂｙ　はやし浩司

【DNA情報は、６４ビット言語で書かれたプログラム】ｂｙはやし浩司2011/11/16夜記

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昨日（２０１１年１１月１５日）から、ＤＮＡについて考えている。
今日で２日目。
ド素人の、そのまたド素人の私が、ＤＮＡに興味をもっている。
きっかけは、八卦。
あの八卦は、実はＤＮＡ配列を説明したものという説に、興味をもった。
自分なりに検証してみようという気になった。

言うなれば、知的道楽。

で、今朝（2011/11/16）、つぎのような原稿を書いた。
前もって断っておくが、ＤＮＡを２進数で表そうとしているのは、世界でも私が最初だと思う。
あちこちのサイトをのぞいてみたが、ＤＮＡを２進数で表した論文は、私が知るかぎりない。

だから、おもしろい。
……ということで、昨日、そして今朝につづいて、原稿のつづきを書いてみる。

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●４つの塩基を、２進数で表してみる

　昨日、４つの塩基を（ー）と（＋）に置き換え、さらに２進数に置き換えるところまで考えた。
この世界は、現在恐ろしく進歩していて、私がここに書いていることは、英語で言えば、アルファベットのようなもの。
プロの人が読んだら、私のことを「アホ」と思うだろう。
が、だからといって、遠慮することはない。
私は私。
私の発想で、ものを考えてみる。

　で、今朝、４つの塩基について、（－）（＋）の置き換え方は２通りあると書いた。
（１）パターン（２）を「Ａ」と仮定するばあい。
（２）パターン（２）を「Ｇ」と仮定するばあい。
それについて書いた部分を抜粋してみる。

『パターン（２）をＡと仮定すると、

　パターン（１）＝Ｃ
　パターン（２）＝Ａ
　パターン（３）＝Ｇ
　パターン（４）＝Ｔ、ということになる。……仮定（１）

同じように、今度はパターン（２）をＧと仮定すると、

パターン（１）＝Ｔ
　パターン（２）＝Ｇ
　パターン（３）＝Ａ
　パターン（４）＝Ｃ、ということになる。……仮定（２）

　２つのケースが考えられる。』と。


●遺伝子情報を、２進数で書き換えてみる

　ここでいう「パターン」というのは、つぎの４つの組み合わせをいう。

　パターン（１）は……（－）（－）
　パターン（２）は……（＋）（－）
　パターン（３）は……（ー）（＋）
　パターン（４）は……（＋）（＋）。

ここでは（仮定１）に従って、
パターン（１）＝Ｃ
　パターン（２）＝Ａ
　パターン（３）＝Ｇ
　パターン（４）＝Ｔ、としてみる。

すると（C)(A)(G)(T)は、それぞれ、２進数で、つぎのように表せる。

C=（００）
A=（１０）
G=（０１）
T=（１１）

　この規則に従って、大腸菌の遺伝子を、２進数で表してみる。
どんなことになるだろうか。


●例題塩基配列：大腸菌由来 RNase HI 遺伝子

大腸菌の遺伝子配列（一部、４５０１～５０４１）は、つぎのようになっている。

4501 taaaaacaag ccacgaattc gccaggcggt tggagccacc cggcaatgtc gtaaaccaca
4561 ggcttaaact tcaacttggt agcctgtatc ttccagtgtg ggattcatcg ccgcggcacg
4621 agccagttca tcacagcgtt cgttttccgg gtgtccggca tggcctttaa cccattccca
4681 tttgatttga tgctgcccca atgcagcatc aagacgttgc cagagatcga cattttttac
4741 tggttttttg tctgcggttt tccagccacg ttttttccag ttatggatcc actgggtgat
4801 accctggcgg acatactggc tgtcggtact caaaatgact tcgcaatgtt cttttaacgc
4861 ctccagcgcg acaatagcgg ccatcaactc catacggttg ttggtggtgc gggtgtagcc
4921 agcgctaaag gttttctcgc gtccgcgata gcgtaaaata gcgccgtaac ccccaggtcc
4981 tggattgccc agacacgaac catcggtgaa aatttctacc tgtttaagca tctctggtag
5041 acttcctgta attgaatcga actgtaaaac gacaagtctg acataaatga ccgctatgag

　以上の中の（４５０１）と（４５６１）だけを、２進数で置き換えてみる。
（何しろ数が膨大なので……。）

以下が、その結果である。

4501 （１１）（１０）（１０）（１０）（１０）（１０）（００）（１０）（１０）（０１）
　　（００）（００）（１０）（００）（０１）（１０）（１０）（１１）（１１）（００）
　　（０１）（００）（００）（１０）（０１）（０１）（００）（０１）（０１）（１１）
　　（１１）（０１）（０１）（１０）（０１）（００）（００）（１０）（００）（００）
　　（００）（０１）（０１）（００）（１０）（１０）（１１）（０１）（１１）（００）
　　（０１）（１１）（１０）（１０）（１０）（００）（００）（１０）（００）（１０）

4561 （０１）（０１）（００）（１１）（１１）（１０）（１０）（１０）（００）（１１）
　　（１１）（００）（１０）（１０）（００）（１１）（１１）（０１）（０１）（１１）
　　（１０）（０１）（００）（００）（１１）（０１）（１１）（１０）（１１）（００）
　　（１１）（１１）（００）（００）（１０）（０１）（１１）（０１）（１１）（０１）
　　（０１）（０１）（１０）（１１）（１１）（００）（１０）（１１）（００）（０１）
　　（００）（００）（０１）（００）（０１）（０１）（００）（１０）（００）（０１）

　数字の羅列だけで、まったく意味がわからない。
そこで最初から、３組ずつ、まとめてみる。
全部はできないので、最初から３ｘ１０個だけにする。

（１１）（１０）（１０）
（１０）（１０）（１０）
（００）（１０）（１０）
（０１）（００）（００）
（１０）（００）（０１）
（１０）（１０）（１１）
（１１）（００）（０１）
（００）（００）（１０）
（０１）（０１）（００）
（０１）（０１）（１１）

　これから（かっこ）を取り外してみる。

（１１１０１０）
（１０１０１０）
（００１０１０）
（０１００００）
（１００００１）
（１０１０１１）
（１１０００１）
（００００１０）
（０１０１００）
（０１０１１１）

　これらの数字を、今度は、１０進法で書き改めてみる。

（１１１０１０）……５８
（１０１０１０）……４２
（００１０１０）……１０
（０１００００）……１６
（１００００１）……３３
（１０１０１１）……４３
（１１０００１）……４９
（００００１０）……　２
（０１０１００）……２０
（０１０１１１）……２３

　つぎに今度は、これらの１０進法の数字に、八卦でいうところの漢字をあてはめてみる。

（１１１０１０）……５８（需）
（１０１０１０）……４２（既済）
（００１０１０）……１０（蹇）
（０１００００）……１６（師）
（１００００１）……３３（?）
（１０１０１１）……４３（家人）
（１１０００１）……４９（損）
（００００１０）……　２（比）
（０１０１００）……２０（解）
（０１０１１１）……２３（訟）

　その「ＥＮＤ」に当たる言葉が、ＤＮＡ言語では、「ＴＡＡ」という。
この遺伝子配列の中では、冒頭にそれがあるのがわかる。
「ＴＡＡ」は、２進法配列では、（１１１０１０）。
１０進法に改めると、５８、つまり漢字では、「需」。

　この「需」というのは、どういう意味なのだろう。

『漢字牧場サイト』では、つぎのように説明する。
『……「需」の復習ですが、巫祝が雨乞いをすることを「需」といいます。そして、その雨乞いをする巫祝のことを「儒」というのです』（「漢字牧場」より）と。

　念のため八卦の表現方法にするため、「（１１１０１０）……５８（需）」の数字を、逆に並びかえてみる。

（１１１０１０）は、（０１０１１１）となる。
これを１０進法に改めると、２３（訟）となる。
Ｇｏｏ辞書には、「訟……裁判で是非を争う。訴える」（Ｇｏｏ辞書）とある。

　「需」も「訟」も、意味の上においては、ＤＮＡの３言語の意味とはつながらない？
もしここで「スタート」を表す漢字とつながれば、私は飛び上がって喜んだだろう。
八卦は、ＤＮＡ言語の意味と一致した！、と。
しかしそういうことは、なさそうだ。
（ガッカリ……。）

　が、ここでへこたれてはいけない。
この世界は、先にも書いたように、底なしに深い。

　とにかく今夜はここまで。

　おもしろかった。
楽しかった。
明日からもまた、ＤＮＡについて考えてみたい。

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