舞い降りてきた白い天使の涙

千年パズルをくみたてた少年武藤遊戯、彼が千年パズルをくみ上げたのと同時に、エジプトでクリスタルの千年パズルに似た、正四角錐が反応する。そして邪悪な影が目覚めた・・・「我が名はアヌビス。ファラオを滅ぼし、ファラオを生むものなり。」
遊戯はマリクを倒しラーを手に入れ、神を３枚手に入れた。
海馬は遊戯の神を倒すために、シミュレーション中、ブルーアイズアルティメットドラゴンに巨大化を装備し、神に挑む。しかしオベリスクの∞を越える事は出来ない。
海馬は神を倒す力をブルーアイズに与える為にペガサスをたずねる。
しかしペガサスは、力ばかりを求める海馬に神を越えるカードをたくす事が出来ないという。
そして海馬ＶＳペガサスのアンティカードでのデュエルが始まった。
ペガサスは１０００ライフを払い、トゥーンワールドを発動。そして海馬は異次元からの帰還で自ら取り除いたカードを使いＸＹＺドラゴンを召喚する。そして海馬の勝利に終わり、海馬は二枚のカードを持っていく。しかし一枚はペガサスの作ったカードではなかった。
デュエルキングになった遊戯は神のカードを遊戯からＧＥＴしようとするいろいろなデュエリストに狙われる。
逃げる遊戯は、美術館に入る。遊戯は美術館に飾られている正四角錐のパズルを見る。
そして遊戯は不思議なビジョンを見る。
遊戯が海馬に破れ、そして、破壊の王に海馬が倒されるというビジョンだった。
そして海馬は遊戯に勝負を挑んできた。遊戯はジャック、クイーンキングスナイトでオシリスを召喚する。しかし海馬は遊戯のフィールドに神３体を強制的に揃えさせる奇妙な行動を。
しかし海馬は、光のピラミッドを発動。神は破壊されデュエルから取り除かれる。
光のピラミッドを発動したとき、遊戯と、城之内、本田はピラミッドの中に閉じ込められてしまう。
遊戯は、海馬と戦うが、新たなウィルスカードで、デッキがどんどん減っていく。ブラックマジシャンガールも墓地に行くが、死者蘇生で復活。賢者の宝石で、ブラックマジシャンを召喚し、二体を生贄にささげ黒の魔法神官（マジック・ハイエロファント・オブ・ブラック）を召喚し、逆転するが、ブルーアイズシャイニングドラゴンを召喚され、破壊されてしまう。
遊戯や城之内は、ピラミッドの中でミイラに襲われていた。
そして、謎の部屋に入る。
杏子は、遊戯達の戦いを止めるべく自らピラミッドの中へ。
そのころ遊戯のライフは２００となり、海馬は謎の声によって自分を邪魔しているものがいることで、シャイニングドラゴンの効果で、ピラミッドを破壊しようとする。
しかし破壊できず、破壊の王が登場する。
遊戯のフィールドのワタポンが破壊され、攻撃力の半分の１００ポイントのダメージを遊戯が受ける。
遊戯のデッキの最後の一枚のカードそれは、二重魔法遊戯は死者蘇生を選び、シャイニングドラゴンを召喚する。
そして、力が薄くなり始めたピラミッドを破壊する。
しかし破壊の王アヌビスは、しぶとく遊戯を襲う。
遊戯は最後の自分のふせカードを使い、海馬のリバースカードを使う。海馬のリバースカードは異次元からの帰還。遊戯は３体の神を召喚する事に成功し、オベリスクの攻撃で倒す。
しかし、しぶといアヌビスはヘルテンペストでまだ遊戯を襲う。
遊戯は最後に海馬に託されたブルーアイズ・シャイニングドラゴンの能力シャイニングノバでたおし、すべてを終わらせた。