バイオインフォマティクス推進事業分科会
今日はお台場でBIRD会議分科会である.まずT師匠と今後の打ち合わせ・・・予算申請で共同で出すことを合意.3月のBRAINと4月のHFSPにむけて作文を開始することにする.4月のHFSPについては,誰か海外の人と組まなければならないのだが,それについて該当者にコンタクトをとることにする.BRAINは自分でも忘れていたのだが昨年のネタがかなり完成度が高かったので,それを更に発展的にすることにする.これについては一度S先生@東京工科と電話で直談判をしないといけない模様.そのあと,会議.こちらはベクターを作成してポジコンネガコンの測定を行うことで了承.配列の選別についてN先生らのアイデアを活かして,配列を選別してもらうことで了承.全体の方向性の微調整はO先生が行う.ついでに横浜市大のAK先生とPiyota間ののれん代について協議を行った.そのほか重要な情報をゲットした.1.まずはホモロジーモデリング高精密化に関する話.最新バージョンのModellerで可能(簡単)になったmultiple templateを用いたCM(comparative modelling)の精度の話.templateをどのように選択するのか,という新しい問題提起がなされて,これは「チョイネタ」としてはかなり面白いということになった.O先生とT師匠の直感が冴え渡っている.Piyotaも試してみよう.だがだが.この話,おそらくまだまだ続きがあるぞ.single templateよりもmultiple templateがよいとして,そのtemplateの構造空間におけるsamplingがどれくらいsparseだといいのか?その情報を実験的に補うとしたら,既存のPDBを眺めた上で,次に(superfamily / family内の)どの配列を構造解析すればいいのか.これは構造ゲノムにおけるrationalなサンプル選択ポリシーに関する新しい画期的な提案である.ゲノムプロジェクトが終了した時点で,代表的なドメインにたいする配列空間(配列多様性)の全体像はほぼ正確に把握できる.その中でfamilyの代表的なものについて決めていく,というポリシーが理研の提案であった.大枠ではそれでいい.その戦略が「確かにご利益があるんだ」ということであろう.2.それから詳しく書き留められなかったが,現在興味をもっているFAのde novo modelingに関して,いくつかの自動鯖が利用可能なことが判明して,これはT師匠にあらためて質問しなければいけないことがわかった.昨日に続いて盛りだくさんの一日であった.