2006/12/08(金)23:44
post-CASP7 meeting
今日は午前中は東工大のO先生主催のBIRD会議、午後はその流れで
BIRDメンバーやその他の国内選りすぐり精鋭部隊の人たちの
「Post CASP7 workshop-GSIC symposium」に参加した。
それにしても今回のCASPも日本勢の大健闘が目立つ。
CBRCのN先生のプログラムpoodleがディスオーダー予測で強さ
を誇り好成績をおさめる。北里のU先生のチームは。それぞれに微妙に手法をかえた
複数のチームで参戦し、おたがいのスコアを比較することで、どの
手法がもっともクリティカルだったのかを相互検証しながら、新しい
方法論を開発する、という念の入った方策。
医科研のI先生のチームはSVMを巧妙に利用して、同じくディスオーダー予測で
好成績をおさめる。
そしてCBRCのT師匠(とO先生)のチーム、いくつかのFORTE改と
自動化フロントエンドと新規実装のfront endが冴え渡り、ドメイン
境界予測において(但し書きつきではあるが)世界一・・・!!!
T師匠、おめでとう!!
ということで、新年早々にもT師匠には某雑誌のinvited review
を一緒に執筆することにしたのであった。
ともあれ、こういうセミナーをきいていると、それなりに新しい方法論や
試したいアイデアが次々とわいてきて、それはそれで、非常にやる気が
出るのである。うちから参加した他の人々も、なにかアイデアを学んでくれたら
いいなあ。
Piyotaも頑張らなければ!!がんばるぞ~。
ということでいくつか埋もれてしまう前にアイデアを。
1.まずは今回話題になっていた2HG6:PDB これについてはちょっとさあ。って
感じ。ここには詳しくはかけないけど。昨日提出したプチ申請書の企画の時に使って
みようかな。
2.ところで多くの蛋白質が生合成時にN末端からfoldしていくのがある程度
義務づけられているのであれば、ドメイン境界とcodon usageには何らかの相関が
あるんでしょうかね?気が向いたら調べてみることにする。
3.年始のどこかの時期に産総研におじゃましてN先生らと作戦会議するのが
いいんじゃないかとおもうのだけれども、その時にT師匠にT-coffeeについて
伝授してもらうことにする。
4.そういえば医薬基盤研のM先生に会場で会えたのもうれしかったなあ。
来年早々に基盤研にお邪魔しますので、進捗状況なんかはそのときに。
それにしても東工大の大岡山キャンパス、いちょうの巨木がいいかんじに
黄色い枯れ葉を散らしていて、大学らしくていい感じであった。