エピラクナワームが現れた。田所(山口祥行)の指揮のもと、ゼクトルーパーは猛攻。ワームをあと一歩のところまで追い詰める。
が、そのとき、別のZECT指令車が現れ、ゼクトルーパーの攻撃をさえぎってしまう。指令車からは岬の声で攻撃を中止せよとの指示が。驚く田所に岬は、ZECTの東(小川敦史)という男が指揮を執る本部主導のカブト捕獲作戦のため別行動をとると言う。
サルでアルバイトする加賀美(佐藤祐基)の前に、父親・陸(本田博太郎)が現れ、弟・亮亡き今兄のお前がしっかりしろと説教をする。加賀美は弟の亮が失踪したときに何もしなかった父に敵意の目を向ける。「何もしなかったのではない出来なかったのだ」という父親の声は加賀美には届かなかった。
ひより(里中唯)は元気の無い加賀美を励まして欲しいと天道の家を訪れるが、交換条件として樹花(奥村夏未)の好きなポトフを作ることに。料理をするひよりをよそに樹花は偶然、ひよりが描いた渋谷隕石の絵を見つける。
樹花の質問に答えるように、7年前の思い出を話し始めるひより。隕石で両親を失ったことを知った天道は、「おれがそばにいる」とひよりを元気付ける。
東が展開するカブト捕獲作戦は、あえてワームに人間を襲わせ、カブトをおびき出そうというもの。 一方、そんな事情もわからず、ワーム出現にも動こうとしないやり方に激怒する加賀美。激しく田所に詰め寄るが、「本部の命令は絶対だ」と動こうとしない。
加賀美を元気付けようとサルへやってきた天道だが加賀美はいなかった。ひよりが描いている絵を見てチューリップが好きなことを知り、そばにおいてあった花の展覧会のチケットに目をとめる。ひよりを展覧会に誘う天道。人ごみが嫌いだから、と断るひよりを一緒に言ってやると説得し、夕方、東京タワーで待ち合わせすることに。
やさしく笑いかける天道に、ひよりは何かを感じ取る。
加賀美からZECTがわざとワームを放置していることを聞いた天道は、何か目的があることを察知。今は手を出さない方がいいというが、加賀美が納得するはずがない。加賀美は岬らが見守る中、単独でエピラクナワームに立ち向かう。が、所詮はかなう相手ではない。あっという間に追い詰められたそのとき、飛来したカブトゼクターに救われる。
そのカブトゼクターはカブトエクステンダーに乗る天道の手に。天道はカブトマスクドフォームに変身、岬らがいる前でエピラクナワームと激しい戦いを展開する。
カブトはライダーフォームへとキャストオフ。クロックアップしライダーキックでエピラクナワームを撃破する。 あたりはすでに夕日に赤く染まっている。変身を解除した天道は、一人心細げに待つひよりのもとへとバイクを走らせる。
しかし、そんな天道の前にZECT指令車などが現れ、ゼクトルーパーが天道を取り囲む。 動きがとれなくなった天道はあえてヘルメットをとり、素顔をさらす。
すっかり日が暮れてしまった東京タワーの足元でひよりは苦手な人ごみに耐え切れず、その場にしゃがみこんでしまう・・・。
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