ZECTがワームの擬態能力を奪うアンチミミック弾の開発に成功した。完成品はまだ3発しかないが、これさえあればワームとの戦いを終わらせることもできる。陸(本田博太郎)は2発目から、いよいよ本格投入を開始する。そして友人たちは避難させると指令を下す。
加賀美(佐藤祐基)ら田所(山口祥行)チームはアンチミミック弾による作戦実行を前に、一部の人間を避難させる。が、その人間たちを乗せたトラックが大量のワームに襲われてしまう。襲い掛かるワームに逃げる人間たちはネイティブに変身。襲い掛かるワームを制止するのが精一杯のガタックを見て
「何故あいつはトップの息子に助けてくれないんだ。」
と謎めいた言葉を吐くネイティブ。とネイティブたちが何者かに攻撃されてしまう。
「やぁ、ZECTの諸君、どうしょうもないものを作ったそうだな。。。」
と黒衣の男性「乃木」が現れた。動揺したガタックは突如現れた乃木(坂口拓)の強烈な一撃に吹き飛ばされてしまう。笑いながら去っていく乃木。
ネイティブを大量に殺され、岬(永田杏奈)も負傷。加賀美はネイティブやトップの息子ということに関して田所を問い詰めるも何も答えようとしない。
強引に父・陸に会いに行った加賀美だが、護衛に取り押さえられてしまう。そこに現れた陸。
「ここでは分不相応だ、立場をわきまえろ」
と叱りつける。それでは「警視総監のあんたがZECTのトップだったなんて」とまくし立てる加賀美の顔面を三島が蹴り飛ばした。
目が覚めた加賀美の目の前には父親陸が。そこで、ネイティブがZECTを作り、マスクドライダーシステムもネイティブが計画したものであることを知らされる。さらに35年前、初めて接触した陸は、将来、加賀美が資格者になることも知らされていた。
自分はなんのために生まれてきたのか?ネイティブのためなのか? 動揺した加賀美は父の前から走り去る。
加賀美から話を聞いた天道(水嶋ヒロ)は、7年前の渋谷隕石よりも前、おそらく35年前にも隕石が飛来しネイティブを生み出したこと、そのネイティブがマスクドライダーシステムを作り、人類はワームからネイティブを守る契約をしたことを知る。
ネイティブとはいえワームはワームだ、と人間とネイティブの関係が納得できない加賀美だが、天道はワームを倒すことに変わりはないと平然としている。
そんな2人の前に田所が現れた。エリアC-3にアンチミミック弾を使ってワームを一掃する。加賀美にも参加しろ、というが、ZECTとネイティブの関係に納得がいかない加賀美は前向きになれない。田所はそんな加賀美をあえて説得せず、
「俺は人類を守るためなら命をかけてワームと戦う」
と言い残して一人去っていく。
天道は陸の元へ。ライダーベルトに赤い靴=暴走装置を仕組んだのは誰かと問いただす。
「私は大切な友人を失った・・・」
つまり日下部総一=天道の父が仕組みを導入し、陸がその意志を受け継ぎ、ライダーシステムを運用していることを知る。
「全ては天の道のため」
「それが本心ならば、その意志を受け継ごう」
とネイティブの計画そして自分の父親や陸の考えに賛同する天道。
「しかし、息子、新を恨まんでくれ」
と我が子を心配する陸。天道は任せておけと部屋をあとにする。
田所の言葉に打たれた加賀美は作戦に参加。ガタックに変身してゼクトルーパーとワーム殲滅にあたるが、すべてを事前に察知していた乃木が周囲を包囲してしまった。
作戦中止を伝えに車から飛び出した田所だったが、アンチミミック弾を浴びてなんとネイティブに変身してしまった…。まさか、田所さんまで…!?
度重なるショックに戦意を喪失したガタックは乃木の猛攻を浴び、変身を解除。田所に対しても敵意をむき出しにする。
そんな中、天道が現れる。
「人が歩むのは人の道。その道を拓くのは天の道」
そして、カブトに変身。乃木もカッシスワームへと姿を変え、互角の戦いを展開するが、カブトはハイパーカブトとなりパーフェクトゼクターで最後の一撃を見舞う。
が、その途中でカッシスワームは特殊能力「フリーズ」ですべての動きを停止させてしまった。 動きの止まったハイパーカブトに強烈な一撃を見舞うカッシスワーム。カブトは大きく弾き飛ばされてしまう。
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