論文再々投稿

今日は，懸案事項の二つの論文を片付ける日であった． まず，Gさんの論文．先日「あと二箇所なおせば」受理してくれる， という受理通知が，BBA-MCRという雑誌から来ていたので，その 二箇所を直すべく，PCに向かう．カバーレターを書き直して， 再々投稿できあがり．はやくよいニュースがくるといいな♪ でもって大学院生Kくんの論文． いろいろ紆余曲折があり，見直すたびに新しい発見とふるい間違いが みつかり，ああでもないこうでもない，といじっているうちに PiyotaもKくんも完全に飽和した模様．もうこうなったら投稿するしか ない，とこちらはJMBをめざして投稿準備作業をはじめる． 結果，今日はとりあえずオンライン投稿を始めて，ほぼ7割まで 完了．明日，FigureのPDFファイルとsupplementを作成して uploadすれば出来上がり，のはずである． さて，その合間にbioinformatics解析を行った． まず，お得意のMITドメインに関して，別の疾病に関連するMITドメイン を複合体コミで構造解析してやろうと，コンストラクト設計を 開始したのだが，これがなぜか難航．原因不明だがForteがMITドメインを 正しく認識してくれない・・・どういうことなのだろうか？それとも MITドメインだとPfamとかSMARTとかは予測しているが，そっちが ガセなのであろうか（ないわけではない）． もうひとつ．HMMERを使ってやろうと，沖縄のあいだにKT師匠と うちあわせた立体構造情報を活用してHMMERの精度をあげる，というわざが うまくいくかどうかを試してみた・・・・結果は，思った通りにはいかず 失敗．いや，おそらく精度はあがっているのだろう？sensitivityは落ちて しまったので，「落穂拾い戦略」が頓挫した，という話．やはり落穂拾い なんていうショボいことは考えず，初心に帰り，新規ドメイン探索に あけくれよ，ということなのだろうか？ 首都大のI先生から悪性のウイルス性胃腸炎でダウンというメールあり． はやっているらしい．