piyotaの【ちぇブラで行こう】

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• 論文不採択通知

  が～～～ん！！Journal of Molecular Biologyから論文不採択通知がｷﾀ------(ﾟ∀ﾟ)------!!!新年早々嬉しくないぞ！ぜんぜん嬉しくないっ！よくよく読んでみると，両者のreviewerのコメント，そんなにめちゃめちゃ否定的ではないんだけれども・・・・それにしても・・・・なかなか難しい．いや，実に難しい．とりあえず，明日草々にYK君と相談して，善後策を検討しよう．なお初夢はサイアクだった．新年早々ウェット実験しようとしたら水がでない．出たと思ったら生ぬるくてにごっていて，透析の外液にはとても使えない．別館（このときのラボには別館と本館は別の建物)から本館にミリＱ水をもらいに行く途中で，なぜか雨漏りがするトイレに寄って，そこで汚水に嵌まる，というサイアクっぷりである．なんでこんな夢を，と思ったら，おきてからチェックしたメールが論文不採択通知，だもんなぁ．

  2007.01.04

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• 初詣に失敗

  1月2日，新幹線で京都に戻ってきた．で，本日，下鴨神社か北野天満宮かどちらかに初詣にいこうと，車で出かけたのだが，前を通りかかったらカフェ・ヴェルディ(Verdi)さんの駐車場が空いていたので，車をＵターンさせて，初詣は急遽中止してコーヒーを飲みに行くことにした．VerdiさんはPiyotaがこれまでに出会ったコーヒー屋さんのうち，生涯で二番目に素晴らしい（しおいしい）と思ったコーヒー屋さんである．注ともかく，休日にVerdiさんに駐車できるのはラッキーなことで，初詣なんか後回しにする価値がある．いずれにしろコーヒー豆は買いにいかなければならなかったし，コーヒー豆が切れるのは非常に問題があるし，何よりほっと一息つけるのは嬉しいのである．メニューにはないのだが，マスターがＪ専用に「ぬるめのホットミルク」をつくってくれた．Yokotaはシフォンケーキのセットを頼んで，シフォンケーキをちぎってはＪに食べさせてみていた．Ｊはシフォンケーキが気に入ったようだ．よいことである．ついでにシフォンケーキについてきているホイップクリームも気に入ったようだが，それはどうかな，と思う．そういえばマスターに聴くのを忘れてしまった．コーヒー（本格コーヒー）は確か乳幼児はだめ，多分小学生もだめなんだと思うのだけれども，一体何歳くらいから解禁なのだろうか？注：残念ながらこれまで二回だけしか行ったことはないのだが，Piyotaにとって生涯Best-1ランクの喫茶店は楽庵であることを書き添えておく．ここのマスターのJazz好きは筋金入りである．

  2007.01.03

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• あけましておめでとうございます。

  あけましておめでとうございます。本年もなにとぞよろしくお願い致します。初詣は近所ということで円覚寺に行って参りました。円覚寺は三が日は拝観料が無料ですが、三が日も有料の達塔の一つ、仏日院まで入らないと学業成就のお守りがないのですね・・・＞＿＜学業成就のお守りがないといろいろと困るのです。なんとかしなければ。

  2007.01.01

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• 姪に会いに行く

  実家の近所に住んでいる妹夫婦の家に、Ｊを見せに行く。姪（Ｙ）は６才、小学校一年生、ひとりっこ。Ｊを弟にしたいらしく、各方面にちょうだいちょうだいと根回しをするが、結局受け入れられず。お母さんが一人でももてあましてるのにこれ以上大変なのはいや、なんだってさ。相変わらずクールな奴（妹）である。まあともあれ，ＹはＪがものすごく気に入ったようで，おおはしゃぎ．ベビーカーも押したがるし，抱っこして歩き回るし．Ｊの体重はＹの体重の半分くらいあるのだが．脇の下に手を差し込んでぶら～んとぶらさげて歩き回るだけ・・Ｊもその体勢だと苦しすぎると思うのだが，お姉ちゃんに抱っこされるのがキライではないらしく，息苦しくてはぁはぁしながら，にこにこしている．なんじゃそりゃ．でもってすこし遅いお昼はみんなでデニーズに食べに行く。デニーズはこどもメニューが充実。Ｊはこどもスパゲッティーナポリタンを食べるが、こども向けといいつつちょっと味は濃いめ。麺も固いかなあ。こどもの頃からアルデンテを覚えさせるとはなかなか粋なはからいだ。それはそうと、こどもミルクを二杯も飲んだＪ、大丈夫なんだろうか？

  2006.12.31

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• 新幹線で関東へ

  今日からJを連れて三人で鎌倉の実家で正月を迎えることにする。上りの新幹線、乳幼児連れということでＧ車を確保。エクスプレスカードによる予約は席番まで指定できるので、便利である。ベビーカーがおけるスペースということでＧ車の最先端の座席を確保したのであるが、足置きがじゃまでベビーカーがすんなりと入らないのであった。足置きが折り畳まれるような機構がついているといいなと思った。

  2006.12.30

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• 

  微速前進中

  あと一息！新年にやることリスト１．12% 13C-glucose / 15N 入り培地で1L 蛋白質を培養して全量を精製２．HSQCをはかる　→　立体特異的帰属３．同じ試料でHNCOを測定する（けちなのでフルラベルをしない）４．水素結合盛り込む５．不可解なNOEピークの最大限の同定現状　コア部分　RMSD=0.75　こんなかんじただしtalos.aco生成時にCO化学シフトが反映されていない

  2006.12.27

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• 構造計算

  セミナーや会議や説明会に忙殺された一週間からようやく開放される．ただし，昨日は，関西方面で用事をこなしたら新横浜着が午後３時だったので，えらく疲労を感じたのと，もとから有給をとっていたのとで，結局ラボには顔を出さずにもっぱら直りかけの風邪を治すことに専念したのであった．でもって，本日．またいろいろと書類を片付ける．最大の仕事はBBA-MCRに著者校正終了版を送付すること．それと秘書のSさんのお別れパーティ．そのあとの大学理事長の検分会もある．新規予算について憂鬱な話がある．あとはいろいろ事務仕事．ウェブでElsevierのサイトを確認していると投稿中の論文のreviewがcompleteした，との表示が・・・近日中に裁定が下るのであろう．どきどき．そのあと，ようやくなんとか構造計算の仕事にもどれそうなので，現状の化学シフトを利用して再度talosを走らせ，talos.acoをつくりなおすことにする．そのためにperl scriptを一本編集．化学シフトの折り返し補正など行う．．だがtalosを走らせてpred.tabを生成したところまでで時間切れ．これからtalos.acoをつくってCYANAにかけるのは明日に送ることにする．夕方よりラボの忘年会．天気は前線通過にともない大荒れ．

  2006.12.26

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• リスニング

  今年もセンター試験監督の季節がやってきた。監督にいかねばならない。一日では読みきれないような分量の監督要領も渡されたが、どう考えても読んでいるような時間がない。やれやれ。センター試験とか廃止したらいいのに。というか少なくともリスニングは現場への負担が多大なので廃止してほしい。おそらく文部科学省や官僚閣僚の上層部の人々に英会話に対するものすごい劣等感ないしコンプレックスがあって、それがこの極端な英会話重視の風潮に拍車をかけているのだとおもうけれども。現実には日本人がこれだけ海外に進出しているのだし、日本のサブカルチャーは海外に対して多大な影響力を誇っている。インドや中国系の人々のインドなまりや中国訛りの英語が世界中でどうどうとまかり通っているのだから、日本人は日本訛りの英語を世界中でどうどうとしゃべったらいいのだ。関西人なんて国内ですらその訛りを矯正する気がさらさらないわけなのだから、少なくとも関西人が無理して東海岸訛りをしゃべらなくてもええんちゃうか？とりわけ日本人には聞き取りにくい米東海岸訛り「だけ」を、神聖視することもなかろう。というわけで、「L」と「R」を発音するときに区別しない運動をはじめませんか（笑

  2006.12.22

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• 一段落

  今日はうちの大学院の博士後期過程の学位論文発表会であった．Sさんの発表，なかなかフルーエントで，どうどうとしていてよかった．しかし，発表が終わった直後，一瞬緊張の糸が切れた瞬間に，K先生の質問に対して完全にパニック状態になってしまったようだ．まあ，そういうこともあるさ．ともあれ，ご苦労様．久しぶりに職場の一同と，職場の忘年会でビールなどを飲みました．金曜日は実家に帰るため，なかなか飲み会に参加できなかったのである．いろんな話が錯綜していて楽しかった．うん．そういえばラボの共用のパソコンを入れ替えたのであった．最近のお気に入りはデルの製品ではなく，Epson Directである．NJ1000という大判の普及型Core Solo搭載A4ノートを12万円程度で導入できたようである．みためは無骨だが，質実剛健堅牢といった雰囲気がよい．これで当分持つに違いない．

  2006.12.21

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• なかのひと

  きょうわ　おおおかやまによばれて　せみなーにしゅっせきしましたせみなーのまえにつばめのなかのひと　にあいにいきましたでぃそぷれどつー　のなかのひと　とふぉるて　のなかのひと　とりぶらろーたま　のなかのひと　といーずぃーきゃとでーびー　のなかのひと　とそのほかの　これからいろんなさーばーの　なかのひと　になるよていのひとたちといっしょにばんごはんおたべましたぷーどる　のなかのひと　ととーさん　のなかのひと　わけっきょく　ばんごはんにわ　きませんでしたそれにしても　さーばーの　なかのひとたちわいそがしそうで　たいへんだなあまだ風邪が本復せず鼻がつまっていて集中力がないんだけれどもまあなんとかものすごいマニアックな話で乗り切れてよかった．めでたしめでたし．

  2006.12.19

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• 予聴会・CREST会議・予聴会

  早朝の新幹線で横浜に戻る．グリーンを確保して新幹線の中で明日のセミナーの原稿をつくる．京都から，meetingのためにS先生が来訪．まず午前中に大学院生Sさんの予聴会．いろいろわかりにくい表現を直すように指導．（おもにS先生の感想をいってもらう）．あとスペルチェック．午後CREST会議．植物メタボロも酵母のプロモーター解析もインセルNMRも，ゆっくりとだが着実に進展している印象．夕方もう一度予聴会．かなり仕上がってきた印象．S先生が新幹線をのりに帰った後，細部の原稿についてさらに打ち合わせ．それから夜ぎりぎりまで，明日のセミナーの準備を再び行う．

  2006.12.18

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• 熱が下がるのをまつ一日

  まだ風邪がなおりません～．あ，でも熱はかなり下がって，平熱がちょっと高いくらい，かな．昼過ぎまで家で休養して，4時ころの新幹線で自宅・京都をめざします．その途中で，新横浜のプリンスPEPEに毎年出展している銀座伊東屋で輸入ものの美麗なスイスアルプスの2007年度カレンダーを購入しました．坂木 司著「ひきこもり探偵」シリーズの「動物園の鳥」を読了．シリーズ最終巻のこの話，読んでいて心が痛くなるようないじめ問題を描いているんですが，それでも読後感がさわやかでこころにのこります．あとは，あずまきよひこの「よつばと！」第6巻をゲット．地下鉄の中で読みながら笑いをかみ殺していたのは僕です．

  2006.12.16

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• だるい一日

  きょうもあいかわらず熱がさがりません．夜に予約していた京都行きの新幹線を土曜日の午後に変更．で，早く帰って寝ればいい，はずなのだけれども，　・ラボセミナー　・大学院生Iくんと実験計画のうちあわせ　・その他書類作成などがあり，結局あまり早く帰れなかった（というかふつうに10時間以上仕事してしまった）これじゃ身体にいいわきゃないよ～わかっちゃいるけどやめられない♪（スーダラ節より）さて，仲間内で大岡山CAPRIというプライベートなコンテストをやっていて，それの出題担当なのだけれども，その出題問題の一つの蛋白質相互作用のインタフェースを決定する問題．S氏が変異体のpull-downの実験のデータをそろえてくれたので，問題としてはついに決着がついた．結果は，ふむふむなるほど，そうか！という，いままでの結果や遺伝的系統解析の予測と矛盾しないもので，ある意味すばらしい．全体的には地味な研究だけど・・・　orz回答者の皆さん，はやく回答してくれないと結果をパブリッシュしちゃいますよ～．ということで，この研究の大本の実施者(理研のO姫)に変異体の実験結果がおおまかにそろった旨のメールをかきました．Oさんが英作文を頑張ったらホントに投稿しちゃいますよ．

  2006.12.15

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• 久しぶりに38度まで熱が出た

  久しぶりに38度まで熱が出た・・・のだが今日は入試面接委員なので学校を休めないのである。明日も実験報告会その他ディスカッション予定なのでやはり休めないのである。日水の生姜湯を大量服用して，入浴剤で身体をあたためてやりすごすしかないのであろうか？ちなみに鼻がつまってしまって集中力が全然あがらない．Sparkyのstripの作り方を覚えるんだけど，それを利用しての立体構造計算の確認も同じくすすまない。ということで試験と会議の合間に，I先生経由で頼まれたT先生のモデリングを手がけることにする．実習のテキストを参考にmodeller7v7を動かすのである．ちなみに8v2も入っているのであるが7v7なのである・・・あとでマニュアルを読んでみたら7v7のversionのスクリプト，変更無しで8v2にも通るらしいのだが．さてWinにあったスクリプトファイルを手直ししてinput.topを作成してやると，なぜかcommand unrecognizedと出て動かない．なんということだ．画面では正常に見えていても文字コードがちがうらしくて動かないのである．空ファイルから手入力しなおしてやると，動く・・・・なんだこりゃ？ともあれ，ファイル作成完了．

  2006.12.14

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• そしてまた多忙な一週間がはじまったのだ

  今日はいろいろあって疲れた一日だった．いや，朝５時半起きで新幹線にのって横浜まで戻ってくるのだから，何もしなくてもかなり疲れるのだが．午前中から夕方まで，NMRのマシンの新ソフトウェア（TopSpin）の講習会．昔のソフトとの互換性を最大限生かしつつ，かなり使いやすくなったようだ．すばらしい．途中二回ほど抜けて，立体構造計算の続きを行う．まず，talosは不正確なconstraintsが多く入りすぎる嫌いがあるので主導でCSIを計算して，sureなところだけa-helixの制限をかけることにする．それから，helixを安定化させるためにダミーで入れた水素結合をはずしてみる．それにより，収束は悪くなったものの構造はどうも生物学的に意味のある構造に落ち着き始めたようだ．Dali serverはサービスをやめたらしいので，PDBjでサーチするとなんとhistone likeとかwinged helixとかが出てきたぞ．これは！？NMR講習会をはさんで，今度はI先生から（というか京都大のT先生から）モデリングに関連する新しい仕事を受注．引き受けてしまったが先方の足をひっぱらない速度でちゃんといい仕事ができるだろうか不安．夕方，大学院生Sさんの博士論文の予聴会．９時すぎまでかかる．

  2006.12.11

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• 風邪を引いた

  年の瀬が迫っている．大分一年間の蓄積疲労がたまっているようである．風邪を引いたようだ．風邪を引いた理由は１．金曜日の午後の東工大GSICシンポジウムの会場国際交流会館がえらく底冷えがした．２．土曜日の保育所の生活発表会の見学場所（２F階段付近）もそれなりに寒かった．３．Jの指攻撃．Jをだっこしていると，唾液でべたべたの人差し指を「父ちゃんも食うか？うまいぞ？」とPiyotaの口の中につっこんでくることがある．ありがとうJ．だがそれはいらん．いらんのだ．あ，こら，むりやり突っ込むな．おい，そこは鼻の穴だ．もっと不可だ．風邪をうつされた原因は，おそらく３だと思う．最近Jは離乳食をよく食う．今日は小粒ナットウの小分けパックをぺろりとたいらげた．たいらげたのはいいが，納豆のついた匙をふりまわして，それで頭を掻いたりした結果，髪の毛ががびがびになってしかも納豆くさくって，とてもとても情けない子になった．もちろん風呂で丸洗いの刑である．Jは風呂が大好きである．ちょっと熱めの(大丈夫かおぃ）シャワーをあてるときゃぃきゃぃ喜ぶし，湯船の中でもおおはしゃぎして水をはねかす．風呂好きはよいことだ．Jが風呂のなかでゴキゲンなのをよいことに，最近は風呂の入れ方もかなりぞんざいになった．簡単にいうと丸洗いである．顔の正面からシャワーをかけようがなにをしようが多分平気．時々むせているが，それもご愛嬌．

  2006.12.10

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• 生活発表会

  今日は保育所の生活発表会であった。Jは結構マイペース。はやくみんなと一緒にお遊戯とかができるようになれ！

  2006.12.09

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• post-CASP7 meeting

  今日は午前中は東工大のO先生主催のBIRD会議、午後はその流れでBIRDメンバーやその他の国内選りすぐり精鋭部隊の人たちの「Post CASP7 workshop-GSIC symposium」に参加した。それにしても今回のCASPも日本勢の大健闘が目立つ。CBRCのN先生のプログラムpoodleがディスオーダー予測で強さを誇り好成績をおさめる。北里のU先生のチームは。それぞれに微妙に手法をかえた複数のチームで参戦し、おたがいのスコアを比較することで、どの手法がもっともクリティカルだったのかを相互検証しながら、新しい方法論を開発する、という念の入った方策。医科研のI先生のチームはSVMを巧妙に利用して、同じくディスオーダー予測で好成績をおさめる。そしてCBRCのT師匠（とO先生）のチーム、いくつかのFORTE改と自動化フロントエンドと新規実装のfront endが冴え渡り、ドメイン境界予測において（但し書きつきではあるが）世界一・・・！！！T師匠、おめでとう！！ということで、新年早々にもT師匠には某雑誌のinvited reviewを一緒に執筆することにしたのであった。ともあれ、こういうセミナーをきいていると、それなりに新しい方法論や試したいアイデアが次々とわいてきて、それはそれで、非常にやる気が出るのである。うちから参加した他の人々も、なにかアイデアを学んでくれたらいいなあ。Piyotaも頑張らなければ！！がんばるぞ～。ということでいくつか埋もれてしまう前にアイデアを。１．まずは今回話題になっていた２ＨＧ６：ＰＤＢ　これについてはちょっとさあ。って感じ。ここには詳しくはかけないけど。昨日提出したプチ申請書の企画の時に使ってみようかな。２．ところで多くの蛋白質が生合成時にＮ末端からfoldしていくのがある程度義務づけられているのであれば、ドメイン境界とcodon usageには何らかの相関があるんでしょうかね？気が向いたら調べてみることにする。３．年始のどこかの時期に産総研におじゃましてN先生らと作戦会議するのがいいんじゃないかとおもうのだけれども、その時にT師匠にT-coffeeについて伝授してもらうことにする。４．そういえば医薬基盤研のM先生に会場で会えたのもうれしかったなあ。来年早々に基盤研にお邪魔しますので、進捗状況なんかはそのときに。それにしても東工大の大岡山キャンパス、いちょうの巨木がいいかんじに黄色い枯れ葉を散らしていて、大学らしくていい感じであった。

  2006.12.08

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• 一進一退（３）

  今日はへろへろに疲れるまで芳香環側鎖の帰属にとりくんで、TyrとPheのほとんどを帰属して、atomatic NOESYのピークもいれて、もう入れられるべきものはほとんどいれたぞ～～という感じになった。なのに・・・・なかなか収束があがらない。何がいけないのだろう？ピークピックのあらさがしもかなりすすんでいて、化学シフトの微妙なずれや、ピークのリッジのまちがったピックなど、だいぶん修正がすすんだのに・・・そもそもNOEの数はどうやらまだ圧倒的に足りないとCYANAはいっているが。だがどうやらかなりlooseにパッキングしている構造なので、long range restraintsの数がいっこうに増えてこないのである。ともあれ、明日はBIRD会議で出張、来週は月～木まで講習会やらシンポジウムやら会議やら入試やらがつづくので、いまおもいついたことを書き留めておかなければ、これはきっと忘れるぞ。１．talos.acoはきっちりと見直す。というかtalosはやめて、そのかわりに自分でchemical shift indexをつくり、helixのところだけ、がっちりPHI/PSIのコンストレインとをかける、という今までの流儀にもどす。３．15N 試料、一発だけ再調製して、HD-exchange実験を行う。４．試料再調製するんだったらresidual dipoleもとろうかなあ・・・phageを購入してタメしてみるのはどうだろう？ともあれ、１月中のＰＤＢ登録を目指したい。

  2006.12.07

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• 一進一退(2)

  今週中に提出しなければならないプチ申請書（共同研究関連）と，蛋白質核酸酵素の著者校正（これも締め切り間近）と，大学院生Sさんの学位審査のための根回しや調整と，に忙殺されて，午後3時ころまでNMR構造計算の続きができず．OTL.やっぱりそれなりにこまごました仕事があるものです・・・やれやれ．それからKくんのプロテアーゼ限定分解が何気にうまくいっていることが判明・・これはよかった．trypsinがimidazole bufferで阻害されるという．へぇ～そーなんだ．７へぇくらい．大学院生Aくんの実験，微速前進中．大学院生MIさんの実験，なかなか困難な系の割りによく頑張っている，が大ブレークにはもう一息．ヘチッヒ社の卓上大型冷却遠心機ロタンタのアダプターが届くも，アダプターの一部のABS樹脂部分が欠損しているので，クレーム．集菌にも使えて，遠心濃縮にも使える大型の冷却遠心機というカテゴリーだと，ロタンタは安くておすすめです．ただし代理店の対応がなんというかビミョウです．ロシュディアグの試薬部門の人と面会．高校時代の同級生だった．蛋白質核酸酵素の記事を読んでいてくれたらしい・・・って，もっとはやく接触してほしかったよ．もう連載終了じゃん．そんなこんなで夕方からNMRの化学シフトファイルの修正を再開．CYANAにより帰属可能なシグナルが昨日にくらべて60個程度増える．finalのtarget functionも0.07まで低下！ただしRMSDは1.1まで上昇，一進一退が続く．明日はaromatic帰属に手をつけることにする．あとASN/GLN側鎖も・・・

  2006.12.06

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• 本日の進歩

  事態は一進一退であるが、確実に収束に向かって推移している模様Directory : altycu1:/home0/biophys/xxxx/061205Cycle : 1 2 3 4 5 6 7 finalPeaks: selected : 1905 1905 1905 1905 1905 1905 1905 with assignment : 1516 1348 1324 1331 1324 1311 1303 without assignment : 389 557 581 574 581 594 602 with diagonal assignment : 205 205 205 205 205 205 205Cross peaks: with off-diagonal assignment : 1311 1143 1119 1126 1119 1106 1098 with unique assignment : 234 816 868 904 932 951 945 with short-range assignment |i-j|

  2006.12.05

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• 立体構造計算・超久しぶり

  ひさしぶりに締め切りに追われる書類のない日々が戻ってきた．ので，やりかけのNMRの立体構造計算にとりくむことにする．まず問題点は，15N-edited noesyと13C-edited noesyにおけるpeakのシグナル位置のずれ．残基内NOEを自動的に発生するスクリプトを書いて，sparkyを立ち上げて，sparkyのpeak centre機能を使って微調整し，それをcyanaの*.protファイルに反映させる，という方法をとる．その後再計算を行い，アサインメントされない（おそらくノイズを多く含む）ピークを一時的に消去して，さらに再計算を行う．すると1st cycle target function 185,final taeget function 0.83, rmsd 0.88 というまずまずの結果がでた．なお午後は，阪大蛋白研のN先生の大学院生向きの講義があったので，それを聞きにいくことにした．いろいろ研究で煮詰まったら，バイオインフォマティクスの勉強をする，というのが個々最近のPiyotaのトレンドである．

  2006.12.04

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• 常夜鍋

  常夜鍋というのを食べました．１．鍋で日本酒１カップをにたててアルコールを飛ばす２．そこに水を３－４カップ加えて沸騰させる３．そこにネギ・豆腐・豚肉薄切り・ホウレンソウ・シイタケをいれる４．やわらかくなったら食べる５．たれは甘い目のゴマたれと，おろしポン酢ともかくこの鍋だとホウレンソウがたくさん食べられます．簡単な割においしい．常夜鍋をたべたあと，Jが異様にハイだったのだが，これって飛びのこっていたアルコール分のせいなんだろうか？

  2006.12.03

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• 論文投稿準備

  大学院生I君の「悲劇の論文」について，遅ればせながら側面支援を行う．これは，かれこれ一年以上前に完成しているのだが，かれこれ1年以上も積読になっていた悲劇の論文である．それが9月半ばにようやく復活の兆しを見せ，T先生が英文校正に出した．その結果をPiyotaがもらったので，論文投稿用ワードファイルにフォーマットをなおし,未確定部分を確定し，参考文献の様式も書き直して，T先生に返送する．これで，あとは投稿は時間の問題ということになると思う．投稿先は現時点ではJACSである．Piyotaの読みでは50%の確率でrejectとなりそう．だとすると，早めに結審してもらって，はやめにリターンマッチ(リターンマッチはNucleic Acids Red.がいいとおもう）に文章を練り直さなければならないのではなかろうか？NIHの岩原氏のものすごくよい研究がNature/PNASに立て続けに2006年に発表されてしまったので，なかなか痛いのである．

  2006.12.02

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• 名古屋会合，その他

  今日は大学院生Sさんの学位論文締め切り提出日です．まあ，直前に締め切りでぎりぎりになってしまって，かなりな危機的状況だっただが，無事乗り切れて提出できてよかったよかった，やれやれ．夕方，はやめに新横浜を発って，名古屋で下車して名古屋駅で名工大のTT先生と共同研究の打ち合わせ．coiled coilの一件以来お世話になりっぱなしなので，ここらで恩返ししなければ．というわけで15Nのアミノ酸によるトリプ側鎖解析のプロジェクトをはじめることにしました．

  2006.12.01

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• MITドメインにまつわる謎

  ここ数日，書き物の合間をぬって配列情報解析＆ドメインハンティングに注力を再開した．まあ，なぜかといわれると一つには，そろそろ新しいタンパク質の立体構造解析がやりたいので，小さめの素適なNMR試料がほしいからである．でもって，本来ならそろそろ一個くらい大学院生A君（彼は最近めきめき腕をあげていて，クローン→発現条件検討までノーミスで2週間を切るようになってきた）の狙っているサンプルから新しいドメイン試料があがってきそうなのであるが，マーフィーの第４法則にはまってしまっているようで，いい試料がとれないのである．ちなみにここでいうマーフィーの第４法則とは，「生物学的に面白いタンパク質はたいがい性質が悪い」である．閑話休題．というわけで，これまで手がけていたエンドソーム系から，MT系のMITドメインにシフトしてみようと思い，以前発現に失敗しているSpastin / Spartinの解析を再開したのだが．Spastin / SpartinはそもそもCicarrieriらが最初にMITドメイン発見のもととなった蛋白質ではあるが，EMBLとEBIでは扱いに温度差があるようだ．SpastinのMITドメインはSMARTでは見つかってもPfamでは見つからない．Spartinに至っては，どちらのサーバーでも閾値以下である．FORTEで探してやるとようやく見つかるが，それもかなりドメイン境界を絞ってやらないと見つけてくれない．こいつら，本当にMITドメインなのか，大丈夫なのかちょっと心配になる．SさんのD論の推移を見守りながら，この間アクセプトになった２報の論文のCopy right transferやらoffprint order formやらをやっつける．NIさんの論文のProofも行う．Springerのcorrection team centerっていまはインドにあるんですね～．Faculty1000をじっくり見ていたら，確かに面白い論文がみつかった．これ（PMID: 16954350）です．これってどうなんでしょう？ともあれFaculty1000は確かに面白い．

  2006.11.30

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• 集中力

  やはり連続での学会出張の疲れ（沖縄→京都）がたまっていたようだ．昨日は，午後からマンションの自室で用事（荷物発送）があったせいではやめに帰宅し，そのあと本来なら書き物をする予定だったのだが集中力がまったくなく，しかたなしに休養したのであった．そのおかげだろうか？今日は集中力がかなり戻ってきた．SさんのD論文とも関連する，彼女の二本目になる予定の投稿論文（短報とする予定である）を仕上げることにする．結局，深夜一時までかかったものの，一部Figure素材やら実験項やらがない部分をのぞいて，完成・・・・．文献も全部いれたし，あとは英文校正をかければ，投稿可能なところまでできてしまった．あとは強いていうならば図，だなあ．Sさんはものすごくたくさん実験したのだが，未整理の図・データがすごくおおいので，どのようにまとめるのかを学ぶことが，今後の彼女の課題であろう．深夜一時すぎ，アルミ鍋容器にはいって売っている鍋焼きうどんを買ってかえって，つくって食べる．簡単にできるわりに，おいしいね，これ（＾－＾）♪

  2006.11.29

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• 立体構造決定の論文を投稿

  ようやく京都から戻ってきた・・・．どうやら下痢は治まっているようだ．まず午前中，大学院生Sさんとミーティング．彼女は今週末に学位論文を提出せねばならないのだが・・・間に合うのか？戻ってきて最初にやらなければならないことは，大学院生K君の立体構造決定の論文を投稿すること，である．幸い，週末と新幹線の中を利用して，必要な書類などはほとんど揃っている．あとは，ファイルや添付する図を整えて，論文を発射するのみ．ところが，ようやくすべての準備が整った午後３時ころ，肝心のK君が不在・・・・あれ？なるほど，大学院博士後期向けの必修授業があるのであった（しかも講師は阪大蛋白研のA大先生）．ということで，こちらはオンライン投稿の発射準備の直前まで整えて，発射ボタンクリック寸前のまま，K君の帰りを待つ．でもって，午後6時．発射（投稿）．これで長い長い論文執筆作業が，ようやくひと段落である．その後，鶴見まで出て，講義を終えたA先生を慰労する懇親会に出席して，ビールやら梅酒やらを飲んだ．昨日まで，お腹がひどいことになっていたのに，今日はぜんぜん平気！である．これまでの乳酸菌大量投与が，回復を早めたに違いない．ウイルス性胃腸炎，ウイルスさえやっつればあとは回復するのみなのである．

  2006.11.27

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• 止瀉薬のハナシ

  確かに金曜日と今日と苦しんでいたには違いないのだが，自分自身の体の免疫がウイルスに対してある程度の対抗措置を取りきることができるようになるまでは，止瀉薬の使用は控えていたのであった．一つには，効かなかったら困るというのがある．もともと止瀉薬は長期連用はしてはいけない薬だから，短期で治して打ち切るようにしたほうがいいのではないだろうか？さて，今日も午前中から午後にかけて寝たり起きたりして，固形物はほとんど口にせず，「飲むヨーグルト」と「ポタージュ」だけで過ごしていた（それでも何かいれるたびに，胃腸がぎゅるぎゅるいって，切ない痛みに襲われるのだ）．午後，小康状態の間を狙って，岩倉ちかくの本屋と薬屋に買出しにいく．ひとつには，手持ちの文庫本を二冊とも読みつくし，（東直己「かけてきた少女」）（佐藤賢一「王妃の離婚」）そろそろ篭城にも退屈の影が忍び寄ってきたこと，あと，勘違いしていてストックに止瀉薬がないと思い込んでいたので（後で見たらワカ末があった）それを調達に行きたかったのである．薬屋に行くと，他にも整腸剤を買い求めるお客さんがいるので，確かにこのお腹に来る風邪はそれなりに流行している模様．店頭で止瀉薬が何種類かあるので，全部手にとって成分を確認する．止瀉の主成分としては，・塩化ベルベリン　か・タンニン酸ベルベリン　を含んでいるものが薬局ではOTCで売られていて，そのほかはあまり一般的ではなさそうである．・ロートエキス　を補助成分として含んでいるものがある．やはり下痢止めといえばベルベリンだろうか？これは確かPiyotaが薬理学をならっていたころに最初に出てきた化合物ではなかったか？記憶がまったく定かではないので，いくつかリンクをはることにする．ベルベリン・リンク１ベルベリン・リンク２生薬である黄柏（オウバク）の主成分であり，抗菌作用，抗炎症作用，中枢抑制作用，血圧降下作用等が認められている。Ca2+チャネルブロッカーであり，腸の運動を弱めることで止瀉作用を発揮するが，抗菌作用もあるので細菌感染性の下痢にはよい（にもかかわらず細菌感染性の下痢に対しては基本的に禁忌のようだ）．ウイルス感染性の下痢の場合，本来はウイルスの排出を遅らせる可能性があるので，使うべきではない．なお市販薬でベルベリンを含むものはいずれも８歳以上しか使用できないようである．肝毒性も変異原性もあるので，手放しで安全であるといえるような薬ではないと思う．今回は，土曜日の段階ではまだ服用せず，ただし睡眠後，寝汗をかいた後，熱がひくという風邪がなおったような感覚が実感できたので，翌日曜日の外出時に初めて服用することとした．

  2006.11.25

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• NMR討論会三日目

  最終日・最終セッション．座長兼オーガナイザー兼発表者．よぉし，無意味にもりあげるぞ！と昨晩は決意していたのだが・・・嘔吐胃腸症キタ－－－－－－－－－（°▽　°)－－－－－－－はい．見事にうつされました．幸いそんなに熱は出ないはず，とおもったのだけれども，午後とかはかなりぐったりでしたねえ．なぞなぞに「上は洪水，下は火事，なぁんだ（風呂）」というのがありますけれども「下は洪水，上は火事，なぁんだ？」って感じです．いやぁきつかった．結局24時間でチョコバー二本しか食べれない状態で，なんとかかんとか頑張って，座長と発表とこなして，自宅に帰り着き死んだように眠りました・・・嘔吐胃腸症のおもな特徴は１．糞便から経口でうつることが多いので，厳密に手洗いをすることでかなり防げる．（でも乳児がまず感染したら，オムツを替えることが避けられない親はまず罹患は不可避）．２．潜伏期間は２４～３６時間程度．３．今回は腹部膨満感はあるものの，吐き気はそんなにない．４．へそ上こぶし一個分ていどのエリアに連続的なじりじりちりちりするような不快な痛み．５．激烈な下痢．６．空腹感は感じず．７．口渇感は割りとあり・・・８．おそらく抗ウイルス剤・抗生物質などに有効な処方はない．９．とするとビオフェルミンを飲んで耐えるのみ．という感じでした．やれやれ．なおこの病気，今年は平年の4倍近く流行しているようです．そもそも，首都大のI先生が，早々にダウンして，発表はキャンセル，座長も交代という大惨事になっておりまして，うちもか・・・とおもっていた矢先ですから．皆さんもご注意を．

  2006.11.24

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• NMR討論会二日目

  はい．ごめんなさい．Piyotaはプレナリーレクチャーをほとんどさぼって，別件で共同研究打ち合わせにいっておりました．なお，昨日よりJにうつされたせいで，Yokotaまで「嘔吐下痢症」（ウイルス性胃腸炎・たぶんロタでもノロでもない奴）が発症した模様で，昨日もつらそうだったのだけれども，今日はもう本格的にあかんというので静養をかねてJを連れて実家に非難してしまったのです．嘔吐下痢症に関して，いくつかリンクしておきます．リンク１リンク２え～ん．JもYokotaもはやく元気になってぃくりぃ．

  2006.11.23

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• NMR討論会初日

  今日より三日間，京大は吉田キャンパスの時計台記念館にて，NMR討論会が開催される．今回の主催研究室は，京大大学院工学研究科のS川先生のところである．ここまで書いたら，まあそれがどんなことか，想像できる人には想像できるであろう．T先生と，ポスドクのT君，他に知った顔の大学院生諸氏が，額に汗して駆けずり回っていたのであった．あとから聞いて驚いたのは，会場を借りるときのミスで，準備のために前日から押さえておくのを忘れた！とのこと．朝9:50の最初のセッションがはじまるまでのわずか50分で，ポスター会場と企業のブースと，その他セッション会場が立ち上げられたのであった．これはNMR学会史上「50分間の奇跡(Fancy 50minutes)」として永遠に記憶されることになろう快挙である．（これって何のパロディーかわかるひと，コメントかトラックバックにねたばらししてしまっていいですよ♪）．なおPiyotaは選挙管理委員なので，総会に付き合い，そのあと蛋白研のI先生に随伴して，業務委託のために事務引き受け会社との折衝にのぞんだのでありました．追伸：この日，NTさん(旧姓Gさん)の論文受理通知がBBA-MCRという雑誌から届きました．

  2006.11.22

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• 足踏み

  大学院生のK君の論文，JMB投稿直前で足踏み状態である．なにがいけないかというと，PiyotaもK君も，面倒くさがって論文投稿規程をまともに読んでいない，というのがまずいけない．更にちょっとした手違いがあって，K君が決定した立体構造をPDBに登録するときに，何をとち狂ったのか（あるいはPiyotaがちゃんと言ってなかったせいか）日本のPDB(蛋白研のN先生が仕切っている奴ね，あるいは盟友のノンちゃんとか，ランチのブログで有名な医科研のK先生とかがコミットしていた奴）に登録せずに，本家サイトに登録したせいで，NMRのデータがBMRBに移行されていないせい，とかがある．JMBの投稿規程には，NMRの論文の場合には帰属した化学シフト表を添付すべし，と書いてあるのであった．どひゃぁ．こんな表，急につくれるわけないじゃん！（まあ，PDBの登録の件には同情すべき点もあるのだが・・・なぜか知らないが，回線が細いのか，サーバーが非力なのか，登録した当時阪大蛋白研のPDBの鯖はめちゃめちゃ遅かったのである．実習で４０余名が同時アクセスしたときなど，完全に数十分単位で沈黙したこともあった・・・DoS攻撃じゃないよ？授業の一環だも・・）まあ，それでも Piyotaたちはがんばった．本家のBMRBのサイトにいくとCYANA/XEASYの*.prot形式の表を，BMRB登録形式のNMRStar形式に変換するウェブサービスのサイトがある．そこを通すことでまず，NMRStar形式のファイルを得る.するとそれをもとにPublication gradeの*.rtfファイルを吐くという便利なフリーソフトが落ちている（ことになっている）．・・・・リンク切れかいっ・・・（怒）ということで8年前くらいに書いたPiyotaの手製perl scriptが登場．それでまずtext fileを吐いて，それを手作業でフォーマッティング．やれやれ．この作業に結局2日かかり，投稿は先延ばしになったのであった．なお大学院生SさんのD論のイントロをみてあげる約束だったのだが，明日の学会出張（京都）のためにPiyotaが出立する時間までにドラフトまにあわず．やれやれ．

  2006.11.21

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• 論文再々投稿

  今日は，懸案事項の二つの論文を片付ける日であった．まず，Gさんの論文．先日「あと二箇所なおせば」受理してくれる，という受理通知が，BBA-MCRという雑誌から来ていたので，その二箇所を直すべく，PCに向かう．カバーレターを書き直して，再々投稿できあがり．はやくよいニュースがくるといいな♪でもって大学院生Kくんの論文．いろいろ紆余曲折があり，見直すたびに新しい発見とふるい間違いがみつかり，ああでもないこうでもない，といじっているうちにPiyotaもKくんも完全に飽和した模様．もうこうなったら投稿するしかない，とこちらはJMBをめざして投稿準備作業をはじめる．結果，今日はとりあえずオンライン投稿を始めて，ほぼ7割まで完了．明日，FigureのPDFファイルとsupplementを作成してuploadすれば出来上がり，のはずである．さて，その合間にbioinformatics解析を行った．まず，お得意のMITドメインに関して，別の疾病に関連するMITドメインを複合体コミで構造解析してやろうと，コンストラクト設計を開始したのだが，これがなぜか難航．原因不明だがForteがMITドメインを正しく認識してくれない・・・どういうことなのだろうか？それともMITドメインだとPfamとかSMARTとかは予測しているが，そっちがガセなのであろうか（ないわけではない）．もうひとつ．HMMERを使ってやろうと，沖縄のあいだにKT師匠とうちあわせた立体構造情報を活用してHMMERの精度をあげる，というわざがうまくいくかどうかを試してみた・・・・結果は，思った通りにはいかず失敗．いや，おそらく精度はあがっているのだろう？sensitivityは落ちてしまったので，「落穂拾い戦略」が頓挫した，という話．やはり落穂拾いなんていうショボいことは考えず，初心に帰り，新規ドメイン探索にあけくれよ，ということなのだろうか？首都大のI先生から悪性のウイルス性胃腸炎でダウンというメールあり．はやっているらしい．

  2006.11.20

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• 入試説明会

  今日はPiyotaの大学院の入試説明会であった．好景気を反映してか？4回生の就職内定率がいいせいなのか？ご多分に漏れずどこの大学院も，大学院生の確保に苦労しているようである．そもそも，いま日本で，生物系の大学院を出ることが就職その他に対してどれほどのメリットがあるのか，という非常に大きな問題を含んでいる．ここで，ひとつ問題なのは，日本において「生物系」を専攻することが直接職業に結びつくような産業的基盤，とくにいわゆるバイオハイテク産業の基盤というのが貧弱なのではないか？ということを指摘しておきたい．鉄鋼などの鉱物やエネルギー資源に乏しく，また平地も少ない日本において，エネルギー問題と食糧問題は非常に重要な問題である．バイオ産業は，たとえばバイオエタノールや遺伝子組換え食品による食糧増産といった方向性を与えることで，もっともっと日本の危機的な問題解決に役立つことができると思う．しかし，エネルギー産生への利用はいざしらず，遺伝子組換え食品へのバイオの応用という点になると，実用化はおろか，実用化のための試験栽培や，そのための基礎研究ですらおぼつかない．Piyotaが懸念しているのは，近年爆発的な急成長をとげているインドと中国の今後の発展振りである．インドと中国が経済力をつけ，購買力を増し，二大食料輸入国へと変貌するあと５～１０年後に，日本の食卓はどうなっているのであろうか？スーパーなどでは，とくに安全性を謳った「国産」食材が人気で，その価格は高止まりしている．しかし，食料輸入が今後ますます先細れば，食料の価格は輸入・国産をとわず急騰するであろう．頭の痛いことである．

  2006.11.18

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• 東北ではどんな景色がまっているのだろうか？

  都会に帰ってくるなり，忙しい分刻みのスケジュールに強制復帰されるPiyotaである．あの本土とは違った時間が流れていたあの島が懐かしい．で，来週は今度は京都でNMR討論会なのであるが，それはともかく，来年の5月末の蛋白質科学会が東北大学であるということなので，それに向けてワークショップを企画してみることにした．幸い，生物物理の学会期間中に，何人かと接触したところそこそこよい感触だったことも手伝って，やる気になったのだ．さてさて，どんなワークショップにしあがるか・・・・今日はその後相次いで学生さんと打ち合わせ．SさんはD論執筆中なのでいろいろと摺りあわせを．Kくんは論文投稿準備中なので，なんとか来週月曜日の投稿に向けて最後の詰めを．SくんAくんは実験経過と来週の方針の確認をそれぞれ．沖縄でKT先生に教えてもらったアイデアを実践すべく，新たに情報検索を始める．なづけて「落穂拾い戦略」である．

  2006.11.17

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• 生物物理学会４日目

  生物物理学会4日目である．今日は産総研のKT先生のポスターセッションである．ともあれ，レクチャーもなく午前中だけである．そういえば，昨日は休憩時間に，コンベンションセンターの裏の漁港の防波堤をのぞきにいったのであった．テトラにトビハゼみたいなハゼの仲間がびっしりとこびりついていて，波に洗われながら場所取り合戦を繰り広げていてちょっとおかしかった．あと，防波堤から漁港内側に向けて投げ釣りをしている人がいた．なんとキスがつれているではないか？それも２５ｃｍクラスのでっぷり太ったキス．すごぃ．メモメモφ（・＿・）あと，コンベンションセンターの裏の砂浜の公園，きれいに整備してあるが内側も外側も遊泳禁止のようだ．外側には「危険，サメ注意」と書いてあり，内側は「ハブクラゲ」である．沖縄の海には危険生物が一杯．昨日までは，16日にJALとANAがストライキをするということであった．どうやらストライキは無事に回避された模様である．さて午後（午後ということにしておく．なにせこっちは本土とは違った時間が流れているのだ），のんちゃんとつるんでレンタカーを借りて美ら海水族館に行くことにする．生物学に携わるものは，沖縄に来たらその海洋生物学の真髄に敬意を表しなければならない，からである．それと，BERI時代から記憶がある限りのんちゃんことI先生が車を運転しているのを見たことがなく，本人も完璧なペーパードライバーだと言っている．沖縄は前述の理由で運転が荒いので，そんなことで日本の結晶学の貴重な個性を失うわけにはいかないのだ．というわけで，ジンベイザメの大きな水槽が正面に見えるカフェテリアでジンベイザメが回遊してくるたびに「じんべいくんがｷﾀｰｰｰ!!!(ﾟ∀ﾟ)--------」「じんべいくんがｷﾀｰｰｰ!!!(ﾟ∀ﾟ)--------」と2chノリで感動しながらタコスサンドをたべながらまったりとすごしたのであった．だがそれにしても魚たちの多様性のなんと豊富なことよ．

  2006.11.16

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• 生物物理学会三日目

  今日は午前中にTamir Gonenさんのプレナリーレクチャーがあるのでそれを聴きにいく．そうですか，水平方向で分解能1.8Åですか．そうですか，分子と分子のすきまにうまっているlipidも全部見えますか．と，高分解能の技術に圧倒．ところでAQP0のC末端を特異的にプロセスしているプロテアーゼはなんなんだろう？？そのあとポスターで大学院生MIさんのポスター．京大のS先生がきっちりと見に来てくれました．あといつもお世話になっているKさん，九大のT御大．印象に残ったポスターといえば奈良先端のK先生のところのin-gel-NMR法のポスターです．これはそれなりに面白いことが判明．はやく論文でないかな？午後は，構造インフォマティクスのシンポジウムにいきます．ここにも口頭発表をとりやめの人がおりました・・・・さすが沖縄時間．なので，そういえば一昨日「発表を20分にみじかくしなければならない」と嘆いていた九大のT御大，「肩透かしをくらいました」とのこと．やれやれ．で，ともあれ，今回参加したセッションのなかではこのシンポジウムセッションが一番おもしろかったでございます．今日はバンケットには参加せず，宿に戻り，休養を．昨日東工大のO先生がいっていたことを反芻することにします．「いまこの時点でどれくらい真面目に・深くdisorder領域について考えているかが，（構造・情報）生物学者の試金石になるんじゃないの？」だそうで．Piyotaはそれには「ひょっとしたら言いだしっぺの片割れのP.Wright自身も実はあんまり深く分かって言っているんじゃないんじゃないか？もちろん（うちらの元ボスの）M先生は問題のとらえ方が完全に違うし，N先生もまだちゃんと考えていないか，考えていても対策をきちんと立てて行動を始めているわけではない・・・」って答えました．

  2006.11.15

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• 生物物理学会二日目

  今日は生物物理学会の二日目である．午前中，プレナリーレクチャーのキャンセルがあったらしい．すばらしい．やはり沖縄には本土とは違った時間がながれている．さて，今日はポスターを適当にきりあげたあと，お昼にコンベンションセンターから5分ほどあるいたところにある寿司屋にでかけた．産総研のKT師匠が案内してくれた．ありがとうKT師匠．イラブチャーとかグルクンとかの刺身がたべられた．うまい．これだけでも沖縄に来た甲斐があるというものである．そのときにKT師匠と今後の共同研究方針を徹底的に議論．たとえばドメイン狩りをどうするか，とか「落穂拾い戦略」を徹底化したらどうか？とかそういうことを．結局，構造屋としてのポリシーをしっかりもって，構造情報を正しく活用することでMSAの精度を丁寧にあげる，という戦略はどうか？ということになった．こういうマニアックな奴はいいのではないか？あとは，昨日の構造NMR系シンポジウムのときにA先生からも言われた来年の蛋白質科学会でのワークショップ公募への申し込み．一応腹案を練ってメールで理研のMさんが作ったメーリングリストに流してみる.夜はおみやげ物やさんを物色して，横浜市大の大学院生3人組と合流して沖縄料理屋へ．そこにさらに市大の大学院生2名が合流する．牧志の公設市場のそばのスターバックスの裏のお店で11時くらいまで，いろいろ飲んで話す．途中から，産総研のKT師匠やO先生，東大のA先生が合流．

  2006.11.14

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• 生物物理学会

  今日から4日間，沖縄コンベンションセンターにて生物物理学会年会が開催される．ちなみにこのコンベンションセンターは，那覇中心部からバスで４０－６０分と，環境はよいしホールもよいのだが，学会参加者には不評な立地である．OISTが立ち上がったら，ここを利用する学会ももっとふえるのだろうか？さて，学会初日．今日はポスター発表で大学院生のNIさんの発表がある．NIさんは京大の所属なのでボスのS先生にある程度進度報告をしなければならないが，ポスター会場でS先生が見に来てくださったので，そこできっちりと報告を．彼女の研究しているチューブリン結合ドメインはとてもおもしろい性質があるので，そろそろ論文を書き始めていいんじゃないか，ということになった．一応の及第点というところであろう．やらなければならないことはまだまだたくさんあるが・・・・例えば変異体作成実験．ともあれ一つのドメインで，現時点で二つの結合パートナーならびに金属イオンの結合が判明しており，そのうち二つのインタフェースは近日中に確定できそうである．さあ，どういうふうにまとめていこうか？ポスターには日本の微小管学会の大物のT先生が来て，しつこく質問をされていた．いろいろしつこく質問されていたが，NIさんのせいなのかT先生のほうが悪いのか，あまり議論がかみ合ってなかったようだ．NIさんがんばってください．午後はシンポジウムを二つきく．raft(nano-particle)のシンポジウムと構造生物学のシンポジウム．raftの概念は以前から実験データを拡大解釈するような概念が含まれていたが，今回もどこまでその概念を信じていいのかという点で実験データがおいついていないかもしれない，と感じた．「あるんだけどサイズが小さいので，普通の方法では見えなくてもしょうがない，でもあるんだよ」っていうことらしい．いいのかそれ？一方，NMR構造のシンポジウムはあまりもりあがらない．後日九大のK先生にもいわれたが，構造生物学オンリーのシンポジウムはなかなか人が集まらず低調気味になってしまうようだ．夜は，BIRDのMさん，長浜のS先生とOさん，東工大のO先生と5人で旭橋ちかくの沖縄無国籍料理屋で食べました．沖縄食材の料理もおいしかったけど，鉄板餃子やキムチ鍋もおいしかった

  2006.11.13

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• 沖縄には本土とは違った時間が流れている

  いうまでもないことだが沖縄には本土とは違った時間が流れている．おもしろいのはその「違った時間」が沖縄につく前から予定調和のように流れ始めていることだ．その予定調和はこんなふうにはじまった．今朝は停電復帰のために計算機サーバを立ち上げてから，生物物理学会に参加するために沖縄に向かう予定であった．10時始まりのはずがだんどりがくるって10分遅れだったのはよしとしよう．無事サーバもたちあがり，京急で羽田空港に向かい，すこしはやめの昼飯を食べ，ゲートをくぐり，出発ロビーのベンチで文庫本を読んでいたときである．ちなみに今回の旅の友は高村薫著「照柿」．ちなみに表題の照柿は色の名前である．堕落と破滅の物語である．閑話休題．さて，出発ロビーでその照柿を読んでいると，おなじ沖縄便なのか，見た顔が売店の前のウィンドウを物色しているではないか．医科歯科大のI大教授，通称のんちゃんである．のんちゃんに会って挨拶した瞬間，その瞬間から，もうすでに普段とは違った時間が流れ始めたのであった．那覇着は午後4時．ホテルにチェックインできたのが午後5時．のんちゃんのホテルとPiyotaのブライオイン那覇はモノレール美栄橋ちかく，お互いに目と鼻の先である．一足先に到着しているらしい産総研のKT先生に電話であたりをつけ，牧志の市場方面に繰り出すと市場の入口のほどちかいところで，なんと九大のHT師匠ご一行と出会うではないか．結局そのご，牧志公設市場の二階でラストオーダーまで飲み，途中で京大のS先生とか横市大のS先生とか関係者が入り乱れて，HT師匠には天神で"To heart"の名前を関したメイド喫茶かマルチ喫茶を開くようPiyotaとのんちゃんとで説得して11時過ぎまで，本土とは違った時間の流れを満喫したのであった．

  2006.11.12

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• 停電

  今日は全館停電の日だったせっかく朝一番で停電時に立会い，復電時にはいちはやくセットアップを行い500MHzの再立ち上げにもとりくんだのに・・・・・・クライオプローブが復帰しない・・・ＯＴＬ

  2006.11.11

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• 染めた・見た・勝った

  蛋白質核酸酵素の企画シリーズ連載の記事，Piyota担当の記事を（ウェスタン染色の項目）を今日ようやく脱稿しました．これで，一年分12本の記事（のうちのPiyota担当分7本）すべて完成！やったぁ．おめでとう～・・・・実際には，昨日もいろいろと文献をとりよせて調べたりして，ドラフトをプリントアウトしておき，それを昨日の阪大に向かう途中の新幹線と早朝の新幹線のなかで，がりがりと推敲してしあげたのです．本日は5時30分起きだったので夕方過ぎには朦朧としてきて，すっかり機嫌も悪くなってしまいましたけれども．しかも明日は法定の点検のための全館停電なので，ネットワークが18時には停止してしまうとのこと（やばい）．大慌てで編集長宛にメールで原稿を発送したのはなんと17:58！　やれやれ．　どっと疲れが・・・で，18時にはメールもインターネットのサーバーも落ちたので，ほとんど仕事が出来なくなってしまう状態に．ホント，ネットがつながっていないと論文書きも全然すすまないんだよなあ．それにしても停電はめんどくさいっす．ていうか一年に一回の停電を義務付ける法律をそろそろ規制緩和してほしいものです．ディープフリーザーの手当てとか電源の手当てとかクライオNMRの停止（結局3時間かかる）とか計算機サーバの停止とか，自分のLinuxマシンの停止とかでばたばたと大変でした．JMBに投稿を予定しているYKくんの論文，投稿直前になってどうやら図を差し替えて，しかもディスカッションももう１パラグラフ足さなきゃならなくなった模様．まずいなあと思いつつも科学としての完成度はあがっているのでよしとしなければ．(ところでPDBどうなったんだろう？)

  2006.11.10

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• 大学の先生のミドルエイジクライシスのはなし

  今日はNMR学会の用事で，阪大蛋白研まで行ってきました．で，3時間ほど不毛な事務仕事を3人でやっていたんだけれども，I先生が，能率をあげるためにモーツァルトをかけよう，とか言い出して，作業後，A先生（学会理事）に報告にいったあとも，しばらく音楽談義でもりあがりました．Piyotaは最近，携帯音楽プレーヤーを使ったり， Winampでインターネットラジオ放送を聴いたり，大学の自室でも一応オフィシャルな時間終了後（夜7時以降？）の論文執筆時・申請書執筆時などは，音楽を聴くことがおおいです．で，なぜ音楽が必要になったか，というと，それがどうも(軽い）鬱状態と関係があるんじゃないか，という話を，I先生としてました．I先生がモーツァルトにはまりはじめた１－２年前，テンション最低だったそうです．Piyotaは 2-3年前かな．去年はもう憑き物が落ちたようにテンションは回復してました．でもそのころから音楽をかなり長時間聴くようになり，たとえば通勤中の車の中の朝一番のゴンチチとかが，その日の一日のテンションを維持するための必須項目だったりしましたねぇ．Piyotaは，とくにストレスの多い中間的立場の研究者は，ひょっとしたら男性ホルモン低下・男性更年期障害の前兆現象みたいなものが30代後半～40代はじめくらいからはじまるのかもしれない（もちろん個人差あり），それが３８～４２のネガティブ思考化現象なんじゃないか，って仮説をたてております．はい．で，I先生との一致した意見としては，「やはり音楽療法が効くようだ」ということでした．（元ボスのS先生も横浜市大の教授室に，オーディオセットいれてたし．） 男性更年期の診断項目１．性欲の低下がある２．元気がなくなってきた３．体力あるいは持続力の低下がある４．身長が低くなった５．「日々の楽しみ」が少なくなったと感じる６．もの悲しい気分、または怒りっぽいと感じる７．勃起（ぼっき）力が弱くなった８．最近、運動をする能力が低下したと感じる９．夕食後、うたた寝をすることがある１０．最近、仕事の能力が低下したと感じる（米国モーレイ氏の理論に基づく）生命系・生物物理系の研究者って，（わりと紳士っぽいか線が細いかしていて精力旺盛ではなさそうな，神経質そうな先生）と（女性大好き！女子生徒大好き！下ネタ大好き！セクハラ一歩手前おぃおぃ！なタイプの先生）とわりと両極端に別れてるんじゃないかなあ，なんて考えたりして．「萌ぇ～」とかいってちゃ更年期は乗り越えられないんだろうか？#061111追記　こんなリンク（男性更年期を乗り越えるための食事）がありましたので張っておきます．話はそこから飛躍して，なぜか（いやここに書けない理由があるのですが）アスペルガー症候群の話に．アスペルガーを鬱と誤診されるとかなりやばいことになるんじゃないかなあ．まあそれは男性更年期も鬱とは区別されないといけないんだけどなあ．

  2006.11.09

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• 論文採択通知！！

  というわけで，BBA-MCRに投稿中の論文，ついに最終ディシジョンがくだりました．"accepted with minor revision"であと二箇所追記（表現変更)をもとめられました．今週末中に片付けてしまうことにします．うれしいなぁ．NMR屋なのにNMRが一切出てこない細胞生物の論文です．蛍光染色の写真が載ってます．これで蛍光顕微鏡のもともとれたんじゃないでしょうか？むふふｗ実はきょう，もうひとつ嬉しいニュースがあったのですけれどもここに書くのもはばかられるので．まあともあれがんばろう．さて，話はかわって，今日の日中は別件で作戦会議に出ておりました．理研のMさんが主催することになっている，「分子間相互作用研究会」の会合です．いくつかのグラントを共同で出すための作戦会議なのですが，参加しているメンバーが理研の中でもとくに（ふつうとは少しかわったNMRの使い方）に詳しい人たちばかりの集団なので，話をきいたりディスカッションをしているだけでもすごく刺激になり勉強になります．各人の個々のネタから「ブレークスルーしたい点」「ブレークスルー出来たらいいなという点」をリストアップしてカテゴリー分けしたら，整理しやすくなるんじゃないか，なんてことを偉そうに提案しました．

  2006.11.08

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• カチオンーπ相互作用

  「タンパク質中のカチオンーπ相互作用」の共同研究をながらく一緒にやっている名古屋工大のTT先生が，助手のM先生や学生さん2名と，ペプチド討論会のために横浜に来た．お誘いをうけたので一緒にお昼をたべ，その後研究の打ち合わせをすることに．まずは横浜駅で待ち合わせだったのですが，そごうのバス停16番バス停にいきつくまでに，いろいろ落ち合えなくて大変．しかも，日中は市場にいくバスは30分に一本しかありません．そこで，TT先生おすすめの横浜中央市場内の海鮮料理屋さんもみじ屋さんに行くことにした．ここは・・・すごい．安い．魚がネタが新鮮で，しかもおいしい・・・・平日だったのと，すこし時間をはずしたせいで，かろうじて５分も待たずに店内にはいれたけれども，もうお腹いっぱいに海の幸を堪能しました．ちなみにPiyotaが食べたのは海鮮丼です．近所にもあと２～３件，やすくて美味しそうなお店がならんでいてとてもおすすめです．その後，徒歩で学会会場に移動し，ポスターのまえとロビーのテーブルで3時間ちかく共同研究打ち合わせを行いました．

  2006.11.07

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• Linuxマシン修復（Vine3.2)

  一応日記なので今日やったことを羅列しておきます．１．午前中，大学院生TSさんから進捗状況のヒアリング．彼女は今月中に英語のD論をしあげて提出しなければならないので，うまく時間配分しているかどうか，支援が必要かどうか，いろいろと打合せする．前回打ち合わせたとおりでなんとかなりそうだという結論．ただし，英文についてはこれから突貫工事が必要．２．海外宅急便が届いて，もと大学院生のEMBLのKSさんの別刷りが届く．FEBS Jの表紙付きの別刷りがうつくしくて，なんかとても嬉しくなりました．またFEBS Jに投稿しようかな，という気になります．論文はIFじゃない，とはよく言いますが，別刷りの表紙のかっこよさというのもまた一つの選択要因なのでしょうか？それともそんな理由で選んでいてはだめだめでしょうか？とりあえず共著者に宅急便で分配発送することにしました．３．共著者のM先生とO博士から，執筆中のJMBについて修正点とコメントがついてかえってきました．やはりこういうときに頼りになる共著者の存在というのは，論文のクォリティにとても響きます．ありがたい存在です．産総研のM先生とは，現在のテーマに関連する別の蛋白質の構造生物学でも，今後とも共同研究体制をとっていくことをメールで約束しました．いい関係を築くことが重要かと．４．Linuxマシン修復．SATAのマシンの扱い方がいまいちわからない，というところでしょうか？IDEのHDD上のデータを有効活用する目的で，IDEにリムーバブルトレイをさして，そこにIDE-HDDを突っ込んでいるのですが，これがクラッシュしたのがシステム不調の原因でした．近日中にSATAをもう一台入れて，重要データのHDDバックアップをとっておいたほうがいいのかもしれません．修復手順は結局のところインストールCDを入れて，再起動して，システムの更新を行うと同時にLILO書き込み．その後apt-getupgradeしてカーネルを最新にして，もう一度LILO書き込み．こんなところです．５．自宅のマシンのLinuxも修復しなければ．メンドクサイなあ．

  2006.11.06

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• ゲームのルール

  さいきん，Ｊがいろいろな物事のルール？を理解するようになってきたみたいなので面白いです．１．「絵本が終わると泣く」とくに谷川俊太郎の絵本「もこもこ」を「もこっ」「もこもこ」といろいろみぶりてぶり満載でよんであげて，最後に「し～ん」・・・「もこ」おしまい，って最終ページを閉じると，怒って泣きます．２．「自分が食べてるものを人にもたべさせてくれる」離乳食を食べているとき，一方的に受動的に食べさせられるだけでは飽き足らず，自分でも手に持ってなにか食べたいっっとばかりに，何かを渡さないと怒っていたのがここ数日でしたが・・・最近は，「あぃ」と唾液でべたべたのたべさしを Piyotaに差し出してくれます・・・うぅ・・・いらないんだけど・・・しかたなしに食べますけどね．Jよ，君いま風邪ひいてるんじゃないの？アデノウイルスどうなったの？３．「食べ物じゃなくても他人に何かくわえさせようとする」白い大き目の洗濯バサミがだいすきです（へんな子や）．それを「あぃ」ってもってきます．くわえて，はぃはぃしながら piyotaが逃げると喜んで大急ぎで追っかけてきます．追いついたころに洗濯バサミを床に置いて，逃げます．すると，その洗濯バサミを拾って，また追いかけてきます．で，「あぃ」ってもってきます．その繰り返し．10回ぐらいつづけても飽きないみたいです．最近，腰とか背中とかが痛いんですけど・・・

  2006.11.05

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  妙満寺＠岩倉

  鎌倉から母がJの様子を見に来てくれたので，きれいな景色をもとめて，近所に散歩に出かけました．今年は例年にもまして紅葉が遅く，紅葉見物は望めないということで，近所のお寺でまだいっていなかった妙満寺（顕本法華宗総本山）にいってみました．ここ，寺自身は昭和40年代に移設したものなので，建物の風情はいまいちですが，比叡山の借景も見事なよい庭があります．雪の庭，と名前がついております．なお，顕本法華宗は，実はPiyotaの祖父(母の父)が一時期かなり入れあげていた宗教だそうで，母から昔話をきくことができました．顕本法華宗の説明はこちら．Jは風邪もかなり治ってきて，だいぶ元気になってきました．まだぶつぶつは完治していないけどね．食欲も戻ってきたみたいだし．

  2006.11.04

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• アデノウイルス感染症

  吐き気とちいさなぷつぷつの発疹を伴うJ（11ヶ月）の風邪の件ですが，病院によるとアデノウイルスではないか，ということでした．アデノウイルスといえば「流行性角結膜炎（プール熱）」で有名なあれですが，いろいろ種類がたくさんあるのでしょう．今回の症状は１．だるい（機嫌も悪い）２．高熱がでる３．全身に小さな発疹（熱がさがるまえに発疹なので突発性湿疹とは別）４．吐き気もあるらしい（食欲が冴えない）５．下痢はあまり極端ではない６．４－５日かかるでした．なお大人も感染するようです．Yokotaがやられました．PiyotaもJにつばがべろべろについた指を口に突っ込まれたり，たべかけの小松菜を「あぃ」って渡されて食べなきゃならなくなったりで，現在経口感染の可能性大．潜伏期間におびえながら様子を見ていますが・・・こわいよ～アデノウイルス感染症についてはたとえばこちらhttp://www.city.yokohama.jp/me/kenkou/eiken/infection_inf/adenovirus1.htm発しんが出るのは３型のようです．感染力が強いらしい．

  2006.11.03

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