piyotaの【ちぇブラで行こう】

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• 論文不採択通知(1)

  論文不採択通知が来ました．「愚痴は～いうまい，こぼすまい～♪これがぁ男の，生きる道～♪」と植木等を口ずさみながら，不退転の決意で頑張ることに・・・＃でもなんとなくですが，構造生物学者って偏屈な人や頭が固い人が多いのか，他分野にコンプレックスをもっている人が多いのか，同業者どうしでの足の引っ張り合いがそれなりにあるような気がします．他分野でそういうのがあるのかないのか実は知らないので，単なる被害妄想かもしれませんが．

  2006.05.22

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  ひまわり

  夏といえば『ひまわり』です．二週間ほどまえのことですが，以前から注目していた漫画家，あずまきよひこ先生の新刊「よつばと！（５）」が出ました．で，新横浜から京都にむかう新幹線の中でじっくりじっくり読むだけじゃあきたらず，京都についてから（１）～（４）もひっぱりだして，しっかりしっかり読み返したのでした．すると（４）巻のおわりのほうのエピソードで，よつばが扮する夏の妖精（秋の妖精？）「つくつくほうし」が魔法のステッキのかわりに持ち歩いてふりまわしているひまわり（しかも根付き）がえらくあっけらかんとしていて天真爛漫で，きっと京都の夏にもひまわりは似合うだろうなあ，と思ったのです．というわけで，４月の終わり頃に植えたひまわりが，ひょこひょこと出てきました．大きく育つといいな．写真は次回！あずまきよひこ先生のブログはこちら

  2006.05.20

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• 口コミ情報の威力

  携帯型音楽プレーヤーを新調しようと思い立ちました．Piyotaは滅多に携帯型音楽プレーヤーをつかわないのですが，わりと雑音には神経質なほうなので，電車の中とかお店とか，ざわざわしていたり大声で話している人がまわりにいると，すぐ消耗します．そういうときに音楽があると，一人の世界に遮断してくれるので，ストレスがかなり抑えられるというか，消耗がはっきりと少なくなります．・・・・一人の世界に埋没・・・暗いなぁ．閑話休題．で，現在，持っている（本来はYokotaが買ったのですが，使わないからというので借りっぱなししています）のは少し古いタイプのRIOのSU10の128MBタイプのものです．これは軽いし，USB端子内蔵型なのですが，128MBなので2時間くらいしか持ちません・・・・つまり，「のぞみ」で新横浜-京都間1回片道分のみということなのです．というわけで，まずネットで検索して，そのあとソフマップやらミドリ電器やらで物色しながら，できれば1Gタイプのものをとおもい物色しました・・・で，当初，シャープの品に魅かれたのです．シャープのMP-S300シリーズです．なぜシャープのMP-S300-Bなのかというと，それはFMトランスミッター機能があるからです．最近，インターネットでブロードバンドで海外のインターネットラジオを視聴することが多く，http://www.shoutcast.comあたりで検索して，ジャズやプログレなんかを聴いています．で，そういう曲をお風呂でも聴こうと思い，なんとか風呂場内の防水型CDラジカセにデンパを飛ばせればいいなと思ったのでした．で，シャープの品，良さそうではあったのです．現在，FMトランスミッター内蔵型はほとんど唯一なんじゃないでしょうか？価格も手ごろだし．そもそも，PiyotaはiPodには興味ありません．そのむかしPawerPC7200とかいうので痛い目にあったトラウマですね．たぶんよほどのことがない限り林檎社の製品は買わないようなきがします．蛇足ですが富士通のPCも買う気が起きません．大昔FM77なんてマシンでものすごく痛い目にあったからです．閑話休題・・・で，良さそうだったのですが，kakaku.comのほうの口コミ情報で，あまりよろしくない性能情報，つまりFMトランスミッター機能の実用性に疑問を投げかけるような情報があったので，シャープ製はやめにしました．口コミ情報，おそるべし．さて，それではPiyotaは結局なにを購入したのでしょうか？次回，明かされるMP3プレイヤーの謎！試聴記もレポートします．請うご期待！写真は，庭の枝豆です．荒れた土地でもなんとか育つらしい．

  2006.05.19

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• 膜蛋白質の構造生物学の黎明(3)

  なぜ膜蛋白質の研究がなかなか進まないのかについて，イロイロ考えてみた続きです．もともとの話題は，11日の飲み会が発端です・・・さて，次は，大学院における特有の問題，とくに学生さんの事情について書き散らしてみることにします．大学院で，膜蛋白質の構造生物学的研究のような中長期的にハイリスクな研究を行うとき，教員が必ず直面するジレンマがあります．それは大学院の研究室における教育方針または教育ポリシーに関連してくるので，PIの先生方のアイデンティティーにも関係する重要な問題点です．具体的は，どういうポリシーで指導を担当する大学院生に対するテーマを設定するか？という問題点に発展します．Piyotaの知る限り，先生によって，大学院生にテーマを与える時のスタイル（またはポリシー）には以下の２つに大別できると思います．【１】　大学院生を数人のチームとして編成し、本質的には同じ一つのテーマを分担して行わせる方法。（欠点）本来は研究におけるリスクを下げるためにこの方法を採用したのだが，リターンがあった場合には成果もやまわけとなるため、学生の達成感が少ない。そのため当事者のモチベーションを高いままに維持するのも，実験における技術レベルを維持するのもいずれも困難を伴う。同時に，誰かがやるだろう，という当事者意識の希薄さが，研究におけるミスにつながる可能性も大．稀にこの方式で成果が出る場合，成果の取り合いに類する問題が生じる．これらについて下記の解決策を適応すると，PIの人望ポイントが下がる危険性もあり．（解決策）大学院なら博士課程学生またはポスドクまたはスタッフの徹底的な優遇と，逆に一部のスタッフの納得ずくの献身と，（入れ替わりの激しい）卒研生・修士学生に対する冷酷な使い捨て制度の徹底によって，成果の取り合いの問題は回避できる． 一方，【２】一人一人の独立性を尊重して，各自に１テーマを与える方式．具体的には，前任者や同じラボ内の同僚・先輩後輩の受け持っているテーマとは，ゆるい連携性を保ちつつも，基本的には一人1テーマという方式（たとえば一人１蛋白とか一人１遺伝子とか一人１ドメインとか）　基本的には，Piyotaの教育方針はこっちです．これにももちろん問題点があります．（欠点）現実問題，「スケールの小さいテーマ」しか設定できない．上記の方法では，１テーマに費やされるマンパワーの上限（＝１人力）が決まっている．卒業までの年限の間に，それなりの研究成果が出ないと，学生が卒業できない．たとえば修士は，修論研究の他に，就職活動＋中間発表＋修士論文書きを二年間の間に行わなければならない．博士は論文投稿が必須であることが多い．各大学院のシステムにもよるが，学位論文提出時にピアレビューがある英文誌に一定数（うちでは１報）の受理済み論文が必須．こうした場合，実質２年である程度の結果が見込めるテーマ設定になってしまう．研究テーマのスケールをどのように定義するかはともかく，直感的には１０年越しのテーマ＞２年で絶対結果が保証されているテーマ，だと思われ・・・．余談ですが，しかも又聞きで恐縮ですが，関西のほうの某大学院大学の先生が，上記二種類の教育方針をいみじくも「モーニング娘。方式」（＝１）と「SMAP方式」（＝２）と表現した，と伺いました．前者はチームワーク＋セット販売重視，後者はソロ活動＋個人技重視，といったところでしょうか．こうして考えると，１．【２】の方式では膜蛋白質の息の長い研究は無理である，２．リスク覚悟で【１】をしないといけない，３．その場合，ラボ所属のすべての大学院生が等しくhappyになるとは限らない，ということになります．う～ん，こりゃなかなか大した覚悟がいるなあ・・・・やれやれ

  2006.05.17

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• 膜蛋白質の構造生物学の黎明(2)

  なぜ膜蛋白質の研究がなかなか進まないのかについて，イロイロ考えてみました．思い込みかもしれませんし，まちがっているかもしれませんが，とりあえずこのときの考えを残しておきます．最初に，うまくいかないことの責任をとりあえず社会システムのせいにする，という頭が悪いヒトの常套手段を僕も踏襲してみます．いわく，膜蛋白の構造生物学のような中長期的な研究は、いまのシステムでは全くもってやりにくいとおもいます。それは、まず第一に，膜蛋白質の生化学的研究は純粋に実験技術として技術的にいろいろ困難なので、準備（仕込み）だけでも結構時間がかかるからです。生化学系研究の中では，ハイリスク・ハイリターン研究の典型例と位置づけられると思います．こうしたハイリスクの研究，息の長い研究を可能とする体制，というのは具体的にどういう体制なのでしょうか？数年の間，成果らしい成果がなくて，まったく鳴かず飛ばずであっても，引け目を感じることなくのほほんと働き続けられる環境，これに尽きます．ところが現実には，そうではない機関がほとんどです．とくに人事面と資金面の体制が，成果主義・競争的資金の導入と大学の独立法人化と若手大学教員・研究員任期制の導入などで，すっかり不可能になってしまいました．研究者の楽園を目指して創設されたはずの理研や，古きよき時代の旧帝大の最近の変貌は，科学の変質を示していると思います． この話，まだまだ，続きます・・・・・

  2006.05.15

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• 池を作る（２）

  今日は日曜日． 午前中，伸び放題の金木犀の枝の剪定（というか伐採？）をして，お昼に野菜一杯の焼きそばをたべて，午後は池をつくるの続編をしました． さ て，池は，1050x200x150mmと700x200x150mmの枕木を，縦において組み合わせてあるので，それだけでも水深15cmくらいにはで きるのですが，もうちょっと深い部分もあったほうがいいかな，ということで，中心部分の土を少々掘りました．ただし，うちの庭は，ちょっと盛り土をして土 台よりも70cmほど高くなっているのですが，入っているのが瓦礫のような石ころのようなあまりよくない土で，土のほうも粘土質なので，ちょっと掘るたび に大きな石ころにあたります．細かい石やバラスをふるいわけながら，土と小石をわけて処理していたので，結構じかんがかかりました． なお，写真は，中を掘る前の写真です．まだカスガイで固定してません． ほ るだけ掘ったところで，体力が尽きたので，ライナー（防水シート）を貼る作業は次回に持ち越しです．そのあと，Yokota（奥さん）とJとお散歩がてら 近所のオートバックスに行きました．タイヤ交換をする時期になったらしいので，その価格調査なり．YokotaはDVDナビとかETCとかも付けたくてし かたがないらしいですけど，実際型落ちのナビ製品50%オフとかの出物もあるにはあるんですけど，「ちょっとまて」，と．けちな訳ではないけれども，一度 にたくさんのお金を使うと不安になるので，ちょっとずつ，ということで今回は保留．

  2006.05.14

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• 復活の時

  今日のテーマは復活です．何が復活するのかというと，清見オレンジと八朔の若木苗です．プロフィールのところには書いてありませんが，Piyotaの最近はじめた妙な趣味の一つに，（１）果物をたべる（２）たべた果物の種を植えると いうのがあります．その果物シリーズの最たるものはアボカドで，その次のお気に入りが柑橘系でした．一昨年，ラボで間食としてたべた清見オレンジや八朔や レモンを，鉢に植えておいたら，それぞれ５～１０ｃｍくらいまで育ったのです．全部で１０本くらいあります．これが庭で大きく育ったら，それはそれは素適 な生垣になるでしょう．花も咲くし実もなるし，一石３鳥です・・・・しめしめ．そう思って，鉢から昨年直植えに切り換えたのです．ところが．直 植えして数日と待たないうちに，それはそれは美しいカラスアゲハが，まだ10cmに満たない柑橘系の若木の上を舞っていたのでした．そして案の定，数日後 にはまるで雀の糞のような，白黒の小さな幼虫が３匹．幼虫は日に日に大きくなり，いつのまにか真緑色のアゲハちっくな芋虫に成長し・・・清見オレンジの若 木はあっというまに丸坊主になったのでした．丸坊主のまま冬を越したのですが，このまま放置していたらきっと枯れてしまう，ということで，レスキューのた め鉢に植え替えなおしました．今日みたら，針のように，新しい葉の新芽がそれぞれ数個ずつ付いていました・・・・これぞ復活の時．ということで，今年度は，アゲハチョウがやってきても，お帰り願おうと思っております．やれやれ．

  2006.05.13

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• 膜タンパク質構造生物学の黎明

  京都から久しぶりにT先生が来ました。大学院生のSさんとディスカッションする予定が、その直前の会議が長引いたせいで時間切れになっちゃったそうです。夜遅くに学生さんつかまえるのは、悪いもんね。でも、T先生は鶴見まで来てくれて、夜遅くに鶴見のGGCでビールを飲むことになりました。参 加者はほかに院生のI氏、S氏が参加。それからスペシャルで、T先生が帰宅途中のYZ先生@理研をつかまえたらしく、久しぶりに一緒に飲むことになりまし た。そのときに当然のことながら、いつものように、NMRの構造生物学の話になったのです（このメンバーなら当たり前か・・・）。酒を飲みながら大好きな 学問の話ができるなんて、最高ですねえ。これというのもうちがR研と連携大学院になっているからなんだと思うのですけど。（＃これについては以前に、学生さんに、連携大学院のいいところってなに？って聞かれて、一緒に酒がのめることって答えたら納得してくれなくて怒られたことがあります・・・やれやれ）そ もそも酒を飲んでいる時まで科学の話をせんでもいーやろ、と普通の人は思うんだろうなあ、きっと。でも科学は楽しいんだからしょうがないじゃないか。とい うか、そこまで楽しいと思えるからこそ、長時間労働にも耐えられるし，いろいろ辛い国際競争にも耐えられ頑張ることもできるのです。プロっていうのは，そ ういうもんじゃないでしょうか？で、話の詳細は後日紹介することにして、この日の結論は「膜タンパク質の構造生物学を行うには、息の長い職人芸と人材養成が必要なのでは？」ということになりました。それなりに覚悟を決めて，体制を整えてからやらないと，大変だな・・・ということです．

  2006.05.11

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• 細胞におけるいろんなシステムのrobustさについて(2)

  前回の続きです．細胞内のイベントをつかさどるいろいろなシステムには，それにかかわる役者やシグナル経路が重複していて結果的にrobustなシステムとなっているものと，そうでないものがあるようです．そして，ある生物において，ある現象にかかわるシステムがrobustなのかそうでないのか，というのは生物によって異なっているようです．僕は，そのあたりの相対性みたいなものを理解したりうまく説明したりするときに，スポーツにたとえて説明したらいいんじゃないか，と思ったわけです．不適切なたとえを不適切に使うことで，わかったような気になることもあるからさ★今回思ったのは，生物の遺伝子破壊実験をスポーツの「選手退場」制度にたとえるのはどうか？という思いつきです．いくつかの球技では，反則やけが人で選手の退場や一時退場があってもゲームは続行されます（つまりviableであるということ）．人数が少なくコート面積の小さいスポーツでは，一人の一時的な退場でも，得点に大きな差がつくことがあります．バスケットやアイスホッケーがそうです．メンバーの人数が多いゲームでは，一人かけたくらいでは試合結果に差がでないこともあります．メンバーの役割分担が厳密なスポーツでは，特定のポジションのメンバーの退場が大きく関わりますが，役割分担があいまい（または重複している）な場合は，一人の一時欠場でも見かけ上差が出ないかもしれません．でも，そこで差が出ないからといって，その人（またはそのポジション）が「重要ではない」という結論を出すことは論理的だろうか？と思います．僕は，サッカーのリベロやラグビーのスリークォーターバックを想像しています．試合中の怪我・出血などで10分ほど途中退場しても，局面によってはほとんど試合運びに差が出なかったり，点差がかわらなかったりします．つまり，何かが「重要かどうか」とかいうのは，ある特定の局面において重要かどうかということと，システム全体を理解する上で鍵となるかならないかという意味で重要かどうかという二義性をもっていて，前者は理解しやすく，後者は結果を解釈するヒトの主観がものすごく入りやすい，ということでどうでしょう？「サッカーの攻撃フォーメーションにおいて，リベロとトップとどっちが重要か」とか，議論は成立するけど結論なんてでないでしょう．ましてや「サッカーにおけるリベロの重要性と，ラグビーにおけるスタンドオフの重要性を比較せよ」とか，そういう議論ってどうなんでしょう？ところが，生物学において結構その手のことが議論になってしまうのですよね．「分裂酵母では○○因子の欠損は致死だが出芽酵母では表現型がでない」みたいな．物質（たとえば配列）の類似性から機能の類似性を推測するというのは，分子生物学の基本的なテクニックの一つですが，システム全体とシステムの要素の関係にまで及ぶと，方法論にはかなり限界が見えてくるような気がします．だからといって具体的にどうしたらいいかなんて，僕にはアイデアはないのですが・・・やれやれ．【今日の教訓】生物学をスポーツにたとえると，話はますます混乱する

  2006.05.10

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• 細胞におけるいろんなシステムのrobustさについて

  今日は，K君の博士論文発表会でした．結果そのものはクリアなのだが，解釈のしかたやモデルの立て方，その表現の仕方など，いろいろ問題点が浮き彫りになり，それが議論を重ねる過程でどんどん浮き彫りになっていく様子が，興味深かった・・・と書くだけに，ここではとどめておくことにします．詳しく書いちゃうとイロイロあるからね★さて，それが終わったあと，そこそこ夜が遅かったのですがお疲れ様ということで一緒に晩飯を食いにいって，そのとき話していたことが面白かったので，ここに書きとめておきます．それは生物のもついろいろなシステムの多重性とロバストさについての議論でした．いろいろ話しているうちに，たとえばある生物（今日の話に関連付けるならば出芽酵母）のあるシステムで，そのシステムがその生物の生存にとって結構重要な役割を持つ場合には，たいていそのシステムには二重三重の安全策というか別経路とかバイパス経路があらかじめ備わっていて，一つの因子が壊れたり変異したくらいでは，表現型に影響がでなかったりします．で，ある因子をノックアウトして，明確な表現型が観測されないことを根拠に，その因子がそのシステムに対して「重要な役割を果たしていない」という結論づけてしまうという考え方に対して，そもそも「重要な役割」というとらえ方自体が主観的であんまり科学的じゃないじゃん，って思うっていう話をしたのでした．でも，たとえば学術論文を投稿して，受理してもらうためには，その論文のどこかに「～は～において重要である」みたいな記述をいれなければならない，そういう暗黙のルールみたいなものがある．でも，進化的観点から眺めると，あるいはシステム工学とかリスク管理とかまで考えると，「本当に重要なものはあらかじめロバストなしくみになっている」みたいな逆説もなりたつような気がするなあ，でもって，どっちが本当に重要なのかは程度の問題みたいな気もするなあ，という気分になってきたのでした．つづきます．【今日の教訓】夕方から学位審査会を始めると，お腹が空く．

  2006.05.09

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• 新幹線の中でWedgeを読んだ

  連休明けの月曜日は新幹線で職場に向かいます．ブルーマンデーにならないように，というわけでもないのだけれども，EXPRESSカードのポイントを利用してG車両に乗ってしまいました．G車両ではのんびりと文庫本を読んだり，眠ったり，眠ったり，眠ったりしていたのですが，せっかくなので備え付けのWedgeを読みました．この雑誌の編集方針や記事の論調，基本的には好きです．というのは，まあ職業柄，一応「国際競争」とか「国際競争力」とか「国家プロジェクト（笑）」みたいなものに関わっていて，職業倫理的にも一応の責任的な立場にありますので，個人的に（すくなくとも科学技術の分野では）「日本が世界をリードする！」みたいなフレーズが好きなのです．感傷的ですみません．

  2006.05.08

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• 池を作る

  庭に池をつくろうと思いました。とりあえずコーナンにいって枕木を購入してきました。あまり地面をほったりしないでかっちょいい池をつくるには、枠組みを枕木で組んで、防水シートというのを敷けばいいらしいです。ちなみに防水シートは数日前に，ネット通販で購入してあります．とくに設計図をつくらずに購入したので，かなりばかでかいシートです．これならきっと３つくらいの池ができるはずです．枕木というのはなかなか重くて太いものですね．コーナンの店頭でみかけて，これは自分でのこぎりでカットするのは不可能だと理解しました．瞬時にしてあきらめました．決断３秒．とすると，あらかじめカットしてある枕木を買って，それにあわせて池をつくればいいということになります．というわけで１０５０ｍｍの枕木を二本と７００ｍｍのを二本購入して，正方形に近い池をつくることに．ついでに枕木を固定する鎹（かすがい）も購入．そのうちにデジカメ写真をアップしますが，とりあえず，今回は庭に枕木を４本設置して，内側の砂利（バラス）をある程度どけたところまで．なお，近所の田んぼは，この連休明けくらいからそろそろ水をはりはじめるようです．昨年周囲を探索したときに確認済みですが，なんと周囲の田んぼにはホウネンエビとカブトエビが自生しているようです．最大４ｃｍくらいのシーモンキーみたいなひらひらした生き物です．Piyotaの壮大な構想では，庭の池にホウネンエビやカブトエビが自生する「なんちゃってビオトープ」をつくること．関係ないけれど，ここ数日，庭でカナヘビをみかけました♪

  2006.05.07

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• 鯛あらでつくるアクアパッツァ

  奥さんから、鯛あらを料理するようにいわれました。Piyotaは釣りが趣味だったもんで、魚料理は得意ということになっています。実際には・・・まあたべれればなんでもいいんですけどね。だもんで、その昔自分で自分のHPにのっけたレシピを参考に作ってみました。ちなみに、うちには現在、奥さん(1名)とＪ(哺乳動物生後5ヶ月)(1名)がいます。Piyotaは単身赴任なので，休日家にいるときくらいはJの世話か家事かどちらかを手伝うことにしています．もと記事はこちらレシピを書き直すと材料：冷凍の鯛アラ　１パックアサリ　　　　１パックたまねぎ　　　半個生トマト　　　半個オリーブ　　　１２個くらい（壜を１／３）にんにく・鷹の爪　それぞれ少々白ワイン　　　１カップ作り方は１．レンジで解凍した鯛あらを金網で湯通しして，魚にあら塩をふる．　　一切れにつき二つまみくらい・・・ちょっと大目がよい．２．フライパンにオリーブオイルを大匙２杯３．ニンニクのみじん切り少々と鷹の爪を炒める４．フライパン強火で鯛を裏表ともじゅーじゅー焼く．片面各３分くらいか？５．そこに白ワイン１カップと水０．５カップを入れる．６．薄切りにしたたまねぎとトマトを魚のうえに敷き詰める７．すきまにアサリを展開８．すきまにオリーブを展開　　５～８は大雑把に手早く９．フライパンのふたをして，中火にして１０分蒸し焼き１０．アサリの口がひらいてしばらくしたらできあがり．おいしく食べれました。今回の難点は、近所のスーパーで料理用にも飲料にも使えるリーズナブルな白ワインが入手できなかったことかな?気分的にはもう少しドライな白ワインのほうがいいとおもいました。写真はとりませんでした。

  2006.05.06

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