さて、ImportExportToolsはmbox形式でのメールボックスごと書き出し・読み込みと、eml形式でメール一通ごと書き出し・読み込みの２種類あります。
まぁ安全を考えればeml形式が一番でしょうが、今回は多すぎるのとフォルダ構造もあるので、mbox形式を試してみます。
まず、extention入れた状態で、フォルダを右クリックすると「読み込み書き出し」があります。その中に
「フォルダを書き出す」
「サブフォルダと共にフォルダを書き出す（構造と一緒に）」
「サブフォルダと共にフォルダを書き出す（簡易）」
があります。
（以降上からＷ１，Ｗ２，Ｗ３と呼びますね）
（「フォルダにあるすべてのメッセージを書き出す」はeml形式やhtml／テキストで書き出します)
読み込みは「mbox形式を読み込む」を選択すると、
「ひとつ以上のmboxファイルを直接読み込む」
「サブディレクトリと共にひとつ以上のmboxファイルを読み込む」
「読み込むmboxファイルを検索するディレクトリの検索」
があります。
（以降上からＲ１，Ｒ２，Ｒ３と呼びますね）
作業手順と実験
（１）フォルダごとに右クリックして保存・読み込む
サブフォルダがないフォルダはＷ１、サブフォルダがあるフォルダはＷ２で保存。
読み込みはＲ１・Ｒ３だとＷ２のサブフォルダ部分が読み込めません。
手間を考えてＷ２のみＲ２で読み込み（ファイル指定時には一番上のフォルダになるmboxファイルだけでok）、
その後Ｗ１を保存したディレクトリをＲ３で指定して読み込みます。
フォルダごとに読み込むかどうか聞いてくるので、Ｒ２で読み込んだフォルダは飛ばせばok。
これできちんと構造化されますが、フォルダ名に自動で連番が挿入されるので、嫌ならリネームを。
（２）面倒なので、一気にローカルフォルダで右クリックして保存・読み込むと……失敗。
この場合、「すべてのフォルダを書き出す」というのがでます。ってかそれしか選べません。
できたファイルはサブフォルダもフォルダもごっちゃのmboxファイルの羅列のみ。
Ｒ１でもＲ２でもＲ３で読み込んでも、構造化されずフォルダのみだらだら。
手で仕分けしないといけませんし、これでは使い物になりません。
という訳で、（１）でフォルダとメールを移行させて、アドレス帳を移行すればOK。
自分は１からやり直しするので不要でしたが、ひつようなら振り分けルールは「thunderbird_message_filter_import_export」で移行できますよ♪
