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2013.03.11
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Vine5.1+RDKit install 備忘録
・tcshを利用する。
・作業は/home/gold/software下で行う。

・vi ~/SETUP.csh
setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/local/lib を追加

・多倍長演算のためライブラリを追加 ver 4.2.2
apt-get install gmp gmp-devel
・任意精度浮動小数点演算のためのライブラリを追加 ver 2.3.1
apt-get install mpfr mpfr-devel
いずれも/usr/libにインストールされたことを確認。

・mpc0.8のインストール
mpcはパッケージがないので
$ cd /usr/src/package/
$ wget http://www.multiprecision.org/mpc/download/mpc-0.8.tar.gz
$ cd /usr/src/
$ tar xvzf ./package/mpc-0.8.tar.gz
$ cd ./mpc-0.8
$ ./configure --prefix=/usr
$ make
# make install

・最新版のgccをいれておく gcc-4.7.2のようだ → 失敗
・gcc-4.4.7で再チャレンジ
$ mkdir gccbuild
$ wget http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-4.4.7/gcc-4.4.7.tar.gz
$ tar zxvf gcc-4.4.7.tar.gz
$ cd gccbuild
$ ../gcc-4.4.7/configure --with-gmp=/usr/lib --with-mpfr=/usr/lib
$ make
$ su
# make install

どうやらエラーなく完遂したもよう。

・CMakeのインストール ver 2.8.3
# apt-get install cmake

・Flexのインストール
* flex は既に最新バージョンがインストールされています。
flex-2.5.35-2vl5

・Bisonのインストール
* bison は既に最新バージョンがインストールされています。
bison-2.4.1-1vl5

・数値演算関係のライブラリインストール
$ apt-get install blas blas-devel lapack lapack-devel

libgfortran-4.1.2-21vl5.i386
blas-3.1.1-2vl5.i386
lapack-3.1.1-2vl5.i386
blas-devel-3.1.1-2vl5.i386
lapack-devel-3.1.1-2vl5.i386

# apt-get install python-numeric python-numarray
* python-numeric は既に最新バージョンがインストールされています。
python-numarray-1.5.2-1vl5.i386

さて残りは明日か。
Python 2.7を使わず2.5のまま、RDKITが入ってくれると嬉しいのだが

参考URL 
http://cheminformist.itmol.com/rdkit/install/30a430f330b930c830fc30eb-centos

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最終更新日  2013.03.11 23:32:24
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