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2006.11.21
カテゴリ：生命科学
大学院生のK君の論文，JMB投稿直前で足踏み状態である．
なにがいけないかというと，PiyotaもK君も，面倒くさがって 論文投稿規程をまともに読んでいない，というのがまずいけない． 更にちょっとした手違いがあって，K君が決定した立体構造を PDBに登録するときに， 何をとち狂ったのか （あるいはPiyotaがちゃんと言ってなかったせいか） 日本のPDB(蛋白研のN先生が仕切っている奴ね，あるいは盟友の ノンちゃんとか，ランチのブログで有名な医科研のK先生とかが コミットしていた奴）に登録せずに，本家サイトに登録したせい で，NMRのデータがBMRBに移行されていないせい，とかがある． JMBの投稿規程には，NMRの論文の場合には帰属した化学シフト表 を添付すべし，と書いてあるのであった． どひゃぁ． こんな表，急につくれるわけないじゃん！ （まあ，PDBの登録の件には同情すべき点もあるのだが・・・なぜか 知らないが，回線が細いのか，サーバーが非力なのか，登録した当時 阪大蛋白研のPDBの鯖はめちゃめちゃ遅かったのである．実習で４０余 名が同時アクセスしたときなど，完全に数十分単位で沈黙したこともあ った・・・DoS攻撃じゃないよ？授業の一環だも・・） まあ，それでも Piyotaたちはがんばった． 本家のBMRBのサイトにいくとCYANA/XEASYの*.prot形式の表を， BMRB登録形式のNMRStar形式に変換するウェブサービスのサイトがある． そこを通すことでまず，NMRStar形式のファイルを得る.するとそれを もとにPublication gradeの*.rtfファイルを吐くという便利なフリー ソフトが落ちている（ことになっている）． ・・・・ リンク切れかいっ・・・（怒） ということで8年前くらいに書いたPiyotaの手製perl scriptが登場． それでまずtext fileを吐いて，それを手作業でフォーマッティング． やれやれ． この作業に結局2日かかり，投稿は先延ばしになったのであった． なお大学院生SさんのD論のイントロをみてあげる約束だったのだが， 明日の学会出張（京都）のためにPiyotaが出立する時間までにドラフト まにあわず． やれやれ． お気に入りの記事を「いいね！」で応援しよう
最終更新日
2006.11.27 23:52:26
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