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2013.03.12
カテゴリ：オーディオ・PC・Linux
RDKit導入2日目 さて、本日はRDKit導入の2日目プロセスに突入である。 python >> import numpy でエラーがでる。これは、numpyが入っているにもかかわらず後付けでいれたpython2.5に認知されていないからのもよう。VineLinuxの困る点は、こういうところである。 これはあとで何とかすることにして、apt-getで入りそうなものをどんどんいれていくことにする。 # apt-get install sqlite sqlite-devel sqlite3 sqlite3-devel zlib zlib-devel sqlite-2.8.17-1vl5.i386 sqlite-devel-2.8.17-1vl5.i386 ＊ zlib は既に最新バージョンがインストールされています。 ＊ zlib-devel は既に最新バージョンがインストールされています。 sqlite3-devel-3.6.16-1vl5.i386 sqlite3-3.6.16-1vl5 # apt-get install libboost libboost-devel libboost-1.36.0-2vl5.i386 libboost-devel-1.36.0-2vl5.i386 freetype2 はすでに最新バージョンがインストールしてあるがこれでいいのか不明。 ImaginghはVineではおそらくこれ。 # apt-get install python-imaging python-imaging-1.1.7-1vl5.i386 ここでnumpyに関する勘違いに気づく。 python-numeric / python-numeric-develとnumpyは無関係。 Vine5.2のこのマシンにはnumpyはまだはいっていないようだ。 だとすれば簡単で、 $ wget http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.6.1/numpy-1.6.1.tar.gz $ tar zxvf numpy-1.6.1.tar.gz $ cd numpy-1.6.1 $ python setup.py build # python setup.py install これで $python >> import numpy 最初の何回かerrorが出たが、これは、LD_LIBRARY_PATHに/usr/local/libが正しく加わっていなかったせい $ source ~/SETUP.csh を行うと回避できた（setenv文はここに格納してある） ということで、atlas-sse2とatlas-sse2-develはVine5.2コンパチブルのバイナリパッケージもソースパッケージもないようだ。 これはソースからビルドしてみるか。。。とも思ったがnumpyがすでに入っている以上、不要かも知れぬ、と思ったので、後回し。 RDKITのビルドにとりかかる。 $ vi CMakeLists.txt 上の方に、以下の4行の情報を追加。 set(PYTHON_NUMPY_INCLUDE_PATH "/usr/lib/python2.5/site-packages/numpy/core/include") set(PYTHON_EXECUTABLE "/usr/bin/python") set(PYTHON_INCLUDE_DIR "/usr/include/python2.5") set(PYTHON_LIBRARY "/usr/lib/libpython2.5.so") ~/SETUP.cshに以下の情報を追加 setenv RDBASE "/home/gold/software/RDKit_2011_06_1" setenv PYTHONPATH "/usr/lib/python2.5/site-packages" $ mkdir build $ cd build $ cmake -D BOOST_USE_STATIC_LIBS=OFF -D BOOST_ROOT=/usr/local -D RDK_INSTALL_INTREE=0 -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local .. するとエラーが Unable to find the requested Boost libraries. Boost version: 1.36.0 Boost include path: /usr/include Detected version of Boost is too old. Requested version was 1.39 (or newer). ということでboostを入れ直す。 apt-get build-dep http://updates.vinelinux.org/VineSeed/SRPMS.plus/libboost-1.45.0-2vl6.src.rpm 取得:1 http://updates.vinelinux.org/VineSeed/SRPMS.plus/libboost-1.45.0-2vl6.src.rpm [39.2MB] 39.2MB を 3s 秒で取得しました (11.1MB/s) パッケージリストを読みこんでいます... 完了 依存情報ツリーを作成しています... 完了 以下のパッケージが新たにインストールされます: bzip2-devel lam libaio libaio-devel libicu libicu-devel アップグレード: 0 個, 新規インストール: 6 個, 削除: 0 個, 保留: 1 個 18.0MB のアーカイブを取得する必要があります。 展開後に 48.5MB のディスク容量が追加消費されます。 続行しますか? [Y/n]Y 取得:1 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/main bzip2-devel 1.0.5-4vl5 [11.2kB] 取得:2 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/plus lam 7.1.4-1vl5 [3415kB] 取得:3 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/plus libaio 0.3.106-2vl5 [19.3kB] 取得:4 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/plus libaio-devel 0.3.106-2vl5 [11.0kB] 取得:5 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/main libicu 4.0.1-1vl5 [6861kB] 取得:6 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/main libicu-devel 4.0.1-1vl5 [7710kB] 18.0MB を 1s 秒で取得しました (10.6MB/s) 変更を適用しています... 準備中 ############################## [100%] 更新/インストール中 libicu-4.0.1-1vl5.i386 ############################## [100%] libaio-0.3.106-2vl5.i386 ############################## [100%] bzip2-devel-1.0.5-4vl5.i386 ############################## [100%] lam-7.1.4-1vl5.i386 ############################## [100%] libaio-devel-0.3.106-2vl5.i386 ############################## [100%] libicu-devel-4.0.1-1vl5.i386 ############################## [100%] 完了 $ apt-get source -b libboost-1.45.0-2vl6.src.rpm # apt-get install libboost*.rpm でやると、今度はglibcのバージョンエラーがでてしまって入らない。 libboost-regex: 依存: libstdc++.so.6(GLIBCXX_3.4.11) それをインストールすることができません 依存: libstdc++.so.6(GLIBCXX_3.4.9) それをインストールすることができません どうしてくれようか？ (長い道のりだったので中略 覚えていたら明日いこうに補足します） cmake -D BOOST_USE_STATIC_LIBS=OFF -D BOOST_ROOT=/usr/local/lib/boost -D RDK_INSTALL_INTREE=0 -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local -D BOOST_INCLUDE_PATH=/usr/local/lib/boost/boost .. Python Install directory /usr/local/lib/python2.5/site-packages -- Configuring done -- Generating done -- Build files have been written to: /home/gold/software/RDKit_2011_06_1/build どうやら完成したようだ。 ミソは ＝＝＝＝＞ boost 1.40.0を手動でコンパイルしてインストールした ＝＝＝＝＝＝＝＝＞ RDKitのインストーラが上記のいれた場所を見つけられなかったので（まあそりゃそうだろ）cmake -D の下にパラメータを書き連ねてみた。 参考にしたサイトはこちら http://code.google.com/p/rdkit/wiki/BuildingOnCentOS http://cheminformist.itmol.com/rdkit/install/30a430f330b930c830fc30eb-centos  ブログ村でchemoinformatics関連のブログを探してみる お気に入りの記事を「いいね！」で応援しよう
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