VC(GB)⇔ポケスタ間での仕様の違いについては各所で纏められていますが、
じゃあ実戦的な観点で見て、どういうポケモンが強くなったり弱くなったりするのか。
軽く洗ってみようと思います。（※一撃は無しのルールにします）


・眠りターンの影響
VCの方が眠りターンが倍も長いので、当然催眠使いは強くなります。
草ポケモンはもちろんなのですが、ハピの歌うやゲンガーの催眠術なんかが結構馬鹿にならないかも。
マイナーどころだとバタフリーとかヨルノズクを活躍させるチャンスがあるかも知れません。
あと、長く眠るってことは、悪夢もワンチャンありますね。
実際オフ会で悪夢ナッシーが使われたこともありましたね。
催眠対策として、ねむねご型を使う価値がちょっとだけ高いのかも。
催眠対策として、神秘の守りがちょっとだけワンチャンあるかも（？）

逆にポケスタだとすぐ目覚めるので、フシギバナを50残飯カビで受けるとかがしやすかったり、
ナッシーを無理矢理ファイヤーで受けて誤魔化すとかも比較的出来るかも。
なお、ジム城PBSでは眠りターンは、VCとポケスタの中間である、1〜4ターンとなっています。


・遺伝子の影響
ポケスタだと遺伝子の混乱が通常と同じように数ターンで切れるので、単純に強いです。
つまり遺伝子を持たせると強い、ケンタロスやプテラの地位が必然的に上がりますね。
そうすると相対的に、55サンダー、55ガラ、55カイリキー、55炎あたりは注意が必要ということになります。
また、遺伝子エースが強くなるということは、そこに繋ぐマルマインの地位も向上します。
遺伝子ケンタやプテラに強いという点で、ミルタンクもそれに釣られる形で相対的に強くなりそうです。
ミルタンクは催眠に弱いという点も相まって、ポケスタ環境だとVCより数段強くなりそうです。

VCだと遺伝子の混乱が永続してしまうので、どうしても弱くなります。
VCでこれを使うなら、サイクルの中で遺伝子を発動させ、解除しても戦えるような使い方が好ましいかも知れません。
また、遺伝子バトン＋奇跡or苦い木の実持ちのアタッカーというコンボもあります。
これなら、遺伝子の混乱を解除することが出来ます。
なお、ジム城PBSでは、ポケスタと同様混乱が解除されます。


・プレゼントの影響
VCだと例のバグがありますが、ポケスタだとそのような仕様は無く、公式の説明通りの効果です。
運が良くてもただの捨て身タックルと同じ威力の攻撃なので、使う価値はほぼ無いと言い切ってしまって良いでしょう。
ハピナスが尋常でない影響を受けますね。
歌うの強さもあって、VCハピナスはポケスタハピナスに比べてランクで言うと2〜3段階ぐらいの差があるんじゃないかと思います。

VCではハピナスの他にもプレゼントを使えるノーマルポケモンはもれなくワンチャンありますね。
ドーブルやピクシーやミルタンクの他、マイナーであるプクリンやグランブルにもチャンスが出て来ます。
ノーマルほどではないですが、飛行ポケモンであるトゲチックやデリバードのプレゼントもそこそこの強さです。

逆にポケスタでは、プレゼントに怯えずに済む特殊ポケモンが相対的に強くなります。
特にライコウやフーディンやブラッキー等が、ハピナスの前に堂々と居座れるのはかなり変わって来ますね。
バクフーンやオーダイルやデンリュウ等のような、物理技持ちの特殊ポケモンは、
ハピナスを対面から起点にした上で全抜きを狙ったりすることが出来ます。
もしかしたら、実戦ベースで言うと、このプレゼントの違いが、VC⇔ポケスタ間の最も大きな違いと言えるかも知れません。
なお、ジム城PBSでは、概ねVCと同じ、強力な仕様となっています。


・相手のHPが見える影響
VCでは相手のHP実数値は見えませんが、ポケスタではこれを見ることが出来ます。
この影響が特に大きいのが、めざパを持っている時ですね。
例えば50ナッシーは最大HP201ですが、めざ草を持っているとこれが189まで落ちます。
ポケスタだとこの数値を視認出来るため、相手のナッシーのHPが190以上ならば、
少なくともめざ草は絶対に持っていないことが分かってしまいます。
ここから言えることは、「VCだとめざパによる奇襲がしやすい」ということですね。
特にHPが大幅に落ちる、めざ草・めざ炎・めざ格への影響が大きいです。
例えば厳選中にめざ格ライコウなんかをツモってしまった場合でも、奇襲として使えることがあるかも知れません。
逆に言うと、これらで4倍弱点を突かれる、ヌオーやハッサムやバンギラス等は怯える日々を送ることになります。

ポケスタだと、これらのめざパを持っていると相手にHPからバレてしまいますが、
逆に言うと、これを生かして相手を騙すというテクニックもあります。
例えばめざ草を持っていない50ナッシーでも、育成の際に敢えてHPに努力値を満タンまで入れずに、
HP189に調整して使うことによって、相手には「コイツめざ草を持ってるぞ」と思わせることが出来るわけです。
（もちろん、HPからめざパを判断出来るような人にしかこの作戦は通用しません。知らぬが仏…ということもあるかも）

また、厳選の際に、どうしても理想個体が出なかった場合の妥協方法として、「めざパ持ちを偽装する」という手もあります。
例えば50ナッシーで言うと、「サイキネ/宿木/眠り粉/爆発」という型で使いたい時、理想個体はFFFFですね。
しかし、EFFFしかツモれなかったという場合。HP個体値は7、実数値で言うと193に下がってしまいます。
ここで、そのまま努力値を限界まで入れて、HP193で使っても良いのですが、
先ほど書いたように、敢えて努力値を少し余らせて、HP実数値189で止めておくことで、
めざ草を持っていると相手に思わせて、ミスリードを誘える可能性があるということです。
（余談ですが僕は昔、初代しか厳選・育成環境が無かった時に、3番道路でコイキングの厳選をして、
HPが理想値でないギャラドスを、少し落としてめざ飛に偽装してポケスタ金銀で使ったことがあります）

他には、「HPが下がらないことが利点」と言える、めざ悪・めざ氷・めざ蟲あたりは、
HPが見えるポケスタでは相対的に価値が上がることになりますね。
なお、ジム城PBSでは、ポケスタと同様お互いのHPが視認出来ます。


・複数催眠/凍結の影響

ポケスタでは、複数催眠・複数凍結がされないような「仕様」になっています。
つまり、相手のポケモンが控えで既に1匹眠っていた場合、
他のポケモンに眠り粉を打っても、「うまくきまらなかった」となるだけです。
しかし、VCではそのような仕様が無く、複数催眠・複数凍結が出来てしまいます。
そのため多くのオフ会では、「複数催眠/凍結させてしまったら反則負け」というルールが追加されます。
これによって、催眠技を持っているポケモンは、
相手の控えポケモンが既に眠っている場合、PP節約として催眠技を無駄打ちすることが出来ないということになります。
実際、決勝戦でこのルールが適用されて勝敗が決まったオフ会が近年では有名ですね。

また催眠だけでなく、地味に凍結にも同じルールが適用されるため、
VCでは相手の控えポケモンが1匹凍っている場合、安易に冷凍ビームを打ちにくくなるということがあります。
催眠と違って冷凍ビームは、普通にダメージを与えるために必要な攻撃技であるため、どうしても打たざるを得ない場合があります。
この場合、打つ側は逆に「9割の確率で凍らない」ことを祈るしかありません。
打たれる側が「凍れ！凍れ！」と祈る、奇妙な光景が仕上がります。
この影響により、ガン受けしながら冷凍ビームや冷凍パンチの試行回数を稼いで凍結を狙いまくるようなコンセプトは、
VCでは相対的に弱くなるということが言えますね。
複数凍らせてしまったら「その時点で一瞬で強制的に負け」というのは結構痛いです。
なお、ジム城PBSでは、ポケスタと同様、自動的に失敗する仕様になっています。


・麻痺の素早さダウンの影響

麻痺をすると素早さの実数値が1/4になりますが、
ポケスタではこの状態で鈍いや剣の舞や影分身などの能力ランク変化技を使うと、麻痺の1/4が解除されるという仕様があります。
したがって、麻痺という状態異常自体が相対的に少し弱くなります。
積み技持ちの相手に麻痺をかけて、先制を取ろうとすると、痛い目を見る場合があるかも知れません。
逆に言うと、素早いアタッカーは剣の舞などの積み技を持っている場合、麻痺をあまり気にしなくても良くなるかも知れません。
また、火傷による攻撃力1/2に対しても、同様の処理が行われます。
50残飯カビが火傷を負ってしまっても、鈍いを積めば、それはただの毒ダメージと同じということになります。
VCではこのような仕様が無いため、普通に素早さは1/4になります。
なお、ジム城PBSでは、VCと同様に特にこのような仕様はありません。

（※初代では、逆にVCでこのような処理が行われます。
また、初代では、麻痺をしたポケモンが積み技によって麻痺の1/4を解除した後、
その相手側が積み技を使った場合、麻痺が再計算されて再び1/4が復活するという仕様があるようなのですが、
ポケスタ金銀でもこのような仕様はあるのでしょうか？僕は知らないので有識者の方、情報提供していただけると有難いです…！）


・オーバーフローの影響

VCでは、積み技＋専用アイテムや壁などで直接実数値を2倍するような効果によって、実数値が1023を超えてしまうと、
実数値が-1024されてクソ雑魚になるという、オーバーフローと呼ばれる仕様があります。
Lv.100のポケモンが使われるウルトラカップでは一部気にする必要がありますが、
Lv.50〜55のニンテンドウカップ２０００ルールではそこまで数値が上がることはほとんどありません。
ほぼ唯一、気にした方が良いのは、ガラガラで腹太鼓を使ったり、剣の舞を3回積む場合です。
ふといホネを持ったガラガラ（レベル問わず）は攻撃ランク+5までは大丈夫ですが、
+6になると1023を超えてしまい、オーバーフローを起こしてしまって、攻撃力がクソ雑魚になります。
少し個体値を落とせば1023を超えなくはなりますが、当然その分、素の火力が落ちることになります。

ポケスタではオーバーフローは起こりませんが、その代わり実数値は997で打ち止め（カンスト）になります。
そのため、上昇しすぎると一気にクソ雑魚になったりはしませんが、
火力の最大値はVCの1023より少し落ちるため、ほんの少し弱くなるということになります。
例えば55ガラガラの腹太鼓＋岩雪崩で50エアームドを一撃で倒せる確率に、大きく関わって来ます。
なお、ジム城PBSでは、デフォルトではポケスタと同様のカンスト仕様ですが、
オーバーフローモードを選択することも可能です。


・滅びの歌の影響

やや小さめな影響ではありますが、
ポケスタでは「自分が最後の1匹の場合の滅びの歌・道連れは失敗する」という効果がありますが、
VCではそのような効果が無く、3ターン後に自分が滅んで、負けが確定します。
また、オフ会では、「お互い最後の1匹同士の場合、滅びの歌や道連れで相打ちになった場合、
使用した側が負け」というルール（大爆発と同じようなもの）が追加されることがほとんどです。
これによって、ポケスタでは滅びの歌や道連れをPP稼ぎのために使ったり、
そのまま悪足掻きモードに入って、相手を悪足掻きで倒す、みたいなことが出来たりしますが、
VCではそこへ行く前に、滅びの歌を使ってしまった時点で自動的に3ターン後に自分の負けが確定してしまいます。
まぁ、ここまでに挙げたことに比べればよっぽど小さな影響ではあります。（これ書かなくても良かったかもな）
なお、ジム城PBSでは、ポケスタと同様これらの技は「失敗」します。


あと何かあったっけ、細かいことは置いといて
影響大きめなものが他にもあったら追記します