実習の準備
実習の準備 これだけの情報をアップするのにそれなりに時間がかかった。多分野融合実践実習で紹介するいくつかのサーバ:データベースへのリンク (1) 米国NCBIのデータベースhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/このなかで特に汎用するものPubmed / Nucleotide (遺伝子配列)/ Protein (蛋白質配列)/ OMIM / UniGene (遺伝子)Field tag についての説明 / その他の制限法 / 日大歯学部作成日本語マニュアル京大医学部図書館Howto 名大医学部院・基盤医学実習PubMed(2) 相同性検索 : blasthttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi(3) SwissProt / Uniprotと呼ばれる蛋白質配列サーバhttp://www.uniprot.org/(4) 蛋白質ドメインのDB二種類SMART : http://smart.embl-heidelberg.de/smart/set_mode.cgi?NORMAL=1PFAM 英国sangerセンター : http://pfam.sanger.ac.uk/(5) 変性領域予測サーバ disopred2 : http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/disopred/(6) 変性領域とdomain予測サーバ globplot : http://globplot.embl.de/(7) 立体構造データベース PDB本家サイト http://www.pdb.org/日本ブランチ http://www.pdbj.org/index_j.html全世界統合 http://www.wwpdb.org/PDBSUM わかりやすくまとまっている http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/(8) 配列からの立体構造予測 FORTE : http://mbs.cbrc.jp/forte/query/main.do(9) ヒトゲノム立体構造の網羅的モデリング SAHG: http://bird.cbrc.jp/sahg/(10) 可溶性予測 ESPRESSOhttp://mbs.cbrc.jp/ESPRESSO/TopPage.html(11) 立体構造比較と簡易homology modeling MATRAShttp://strcomp.protein.osaka-u.ac.jp/matras/index-j.html(12) 日本語情報源いくつかバイオサイエンスデータベース(横断検索)http://biosciencedbc.jp/?lng=ja医薬基盤研究所統合DB横断検索http://sagace.nibio.go.jp/(13) いま活動中の研究 天然変性タンパク質DB IDEAL http://idp1.force.cs.is.nagoya-u.ac.jp/IDEAL/(14)分子構造ビューワのマニュアルページへのリンクCueMol2 [日本語]PyMol 本家(英語)PyMol [BioKids, 日本語]ブログ村で蛋白質立体構造関連のブログを探してみる