piyotaの【ちぇブラで行こう】

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  梅見

  北野天満宮で梅見。Jは病み上がりなので機嫌があまりよろしくない。昼食はオムレツ専門店fu-fu-fu。

  2008.03.09

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• 留守番

  Ｊが熱を出して三日目。Yokotaがさすがに今日は仕事が休めない、ということなので、Piyotaが代行で子守。ちなみに明日土曜日も子守である。出張疲れでかなり疲労が溜まっていたのでちょうどいい、と思ったものの、結局家で休めるわけではなかった。

  2008.03.07

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• 会議・会議・また会議

  朝起きたら、Jが熱を出していた。先週末、登山して疲れたのだろうか？本人いたって元気いっぱいだが熱は39度近く。可哀そう。Yokotaが付き合うことになる。午前中、バイオインフォマティクス推進事業、継続審査申請書類のドラフトの締め切りである。Piyotaの役割は、ヒトゲノム構造アトラスDBの利用法を出口を提案する役になっているので、細胞の写真や、マウスの写真やNMRスペクトルなどをとりまぜて、。こてこての図を作成する。役に立つといいな。教授会が二回。人事案件など。夕方の会議はその後スペース配分委員会（小委員会）になり、いろいろアイデアを出し合うも、懸案事項山積みであり、みな疲れ果てる。F先生、K先生、お疲れ様です。

  2008.03.05

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• 最近読んだ本、短評。

  なんとなくなのだが、軟便が続くのは薬の副作用なのではないかと疑いはじめたので、あとで調べてみることにする（忘れないように）。それさえなければ、この花粉症予防の薬はなんとも具合がいい。どうやら三月になり急速に暖かい日が増えてきて、関東ではかなり本格的に花粉が飛んでいるようであるが、眼も鼻もいまのところ大丈夫である。というわけで、最近読んだ本、短評。妖精探偵　梶尾伸治　出だしは快調で、妻を亡くして特異な能力に目覚めた引きこもりの主人公が、探偵としての問題解決能力を発揮していくあたりは、楽しめた。楽しめたのだが・・・途中からストーリーの荒唐無稽さについていけなくなってしまう。なぞの教団、異次元生物による憑依、はあ、そうですか。塩を播いても祓えませんか。そりゃそうでしょう、異次元生物ですもん。え？鵺ですか？窓際の死神　柴田よしき　こちらの死神、なぜか、次の伊坂幸太郎の死神と設定がとてもかぶっている。偶然かそうでないのか？読み比べてみるのはおもしろいが、ストーリーと展開のクールさでは、伊坂の勝ち。柴田が描こうとしているのは、死神に魅入られた主人公たち（二人とも女性）の「心の揺れ」みたいなもの。正直いって、Piyotaは信念の人なので、「揺れ」ている主人公には感情移入がまったくできない。だが、柴田の描写のある種容赦のない点は、そういう「揺れ」る主人公たちの、どちらかといえばあまりぱっとしない生い立ちなり実家なりの、リアリティーである。死神の精度　伊坂幸太郎　というわけで、死神対決は伊坂の勝ち。ここに出てくる勤め人風の死神カンパニー調査部の千葉は、とっても死神らしく、クールだ。映画化されたらしいが、映画のほうもぜひ見てみたい。あと、死神の千葉はひたすらミュージックを聞きまくるという設定だが、Piyotaも携帯プレーヤーで無性に音楽を聴きたくなってしまう。ディスパレイトコンプ　榊一郎いやもう、ほとんどぜんぜんまったく面白くない。（軽くないからか？）軽文章家の榊が軽くない文章を書くとここまで面白くないのかという見本のような、そうでないような。縮尻京三郎　佐藤雅美まあ、なんとものほほんとした間の抜けた雰囲気の、それでいてよく描きこまれている時代小説である。正直、こんな時代小説は今まで呼んだことがない。雰囲気からいえば、御宿かわせみ、あたりに近いのであろうか？だが中身は実はかなり硬派の経済小説というか法廷小説というか、そんな感じである。書き口の穏やかさにだまされてはいけない、のかもしれない。

  2008.03.04

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• 旅の終わり

  旅の終わり、測定の終わり。早朝より鶴見へ。2月より何度も理研出張が入った、NMR外部利用制度による測定の最終日である。今回はクライオプローブ付きの600MHzを使用する。午前中は、神戸T先生のプロジェクトのGPCRの測定と条件検討、一進一退。巻き戻し完成後の試料はかなり安定であることがわかる。でも、それを煮ても焼いても、あと30発の信号が出てこない。一方、もう一つのプロジェクトのリガンド複合体のPDZに関しては、試料も濃くクライオプローブも高感度なので、安心して3次元NMRを7発まとめがけすることができた。でもまあ、設定は全部T先生にお願いして、Piyotaは見学とチェックだけだったのだが、それでも7つも連続でやると、疲れるねえ。夜、鶴見で宴会。外の店で誰かと酒を飲むのは実は久しぶりで、ちょっとうれしい。メンツは神戸のT先生と、味の素のYさん。場所はいわずとしれたGGC。GGC、相変わらずビールも料理もおいしいが（そういえば今回はコンビーフ鍋は食べなかった。カッセラーが旨い）店員が変わったみたいで、ドイツ料理の知識がなさそうで話が要領を得ない。子供向けの店には子供の店員を、大人向けの店には大人の店員を、というわけには、きっといかないのだろうなあ・・・でも、ビール主体とはいえドイツ料理屋なのに、あまりにものりがたどたどしいので、ちょっと焦る。そういう微妙な変化で常連客の足が遠のいちゃうのかもしれないよ。そのあと、あまりに気持ちよかったので、もう一軒ハシゴする。京急東口正面にある渋いジャズバー「クロコダイル」。ここも久しぶりなのだが、マスターが覚えていてくれたようで嬉しかった。しこたま？飲んで、前後不覚寸前になる。やばいやばい。マスターと、最近の若い人が大人のお酒の飲み方を知らないし覚えようともしないので困る、という話をする。日本酒のサービスショットもいただきまして、どうもごちそうさまでした。

  2008.03.03

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• 最近購入したCD

  ひさしぶりに、自宅のデスクトップPCの前に座る時間ができた。このPC、別に格別スペックが高いマシンではないのであるが、Piyota家では音楽専用PCの位置づけとして、CDのmp3エンコードなどを一手に担っているのである。というわけで、今日は一日エンコード三昧である。最近購入したCD一覧。妹尾武　Seasons.妹尾武　星霜妹尾武ほか　ピアノコンピレーション　天使の涙　~The SilentPiano Collection [Compilation]Dimitri from Parins In the House of Love

  2008.03.02

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• かむなぎっ

  午前中蛋白研セミナーで英語でトーク。K先生の話（2007年暮れのStructureの社説特集号の話、おもしろい）。昨日のスピーカーの九州大学のバイオインフォマティクスの麒麟児、To先生と話す。千里中央にまで帰られるルートがちょうどPiyotaと同じだったので同道させていただいたのだ。そういえば、昨年の9月のターゲットタンパクのキックオフミーティングの帰り道も同道させていただいた。To先生、非常に多忙そうである。まともに仕事しようと思ったら、秘書がいるとか、その秘書を自腹で雇わなければならない、とか、そういう話になる。研究費ではなく、もし本当に自腹で雇った秘書だったならば、服装、たとえば制服に少々雇い主の趣味をいれてもいいのでは？とか、メイ×服はいかがでしょう？とか、そういう話にはならない、決してならない。それと、BIRD次期プロジェクトの新しい構想とか。海外におけるドメイン関連網羅的解析の動向と日本の遅れとか。それから本とか。To先生は読書家である。というわけでこんかいはかむなぎ（GA文庫、沖垣淳著）のご紹介をいただいた。ゲットせねば。午後、三宮着。既にエーザイで神経科学系のカンファレンスが始まっているのであるが、腹ごしらえが先。そごうの裏手の喫茶店でビーフシチューを食べさせてくれる店を見つける。カンファレンス、学術的にはとても面白い話が。順天堂大学すごい。東京医科歯科大もすごい。ビタミンEすごい（これだけではきっと意味不明だろうなあ）。詳しくは書かないけれども。パーキンソン病の分子病態に関して、今回の講演を聞いてかなりクリアな全体像をつかめた。病気の増悪因子は、やはりシンクレインの重合体。ただし、アミロイド化しているものは、むしろ無害化・無毒化している印象。Parkinが入ることで、シンクレイン沈着の速度も遅くなるし、毒性（神経症状の発症速度）や進行も抑えられる模様。あと、S先生の話は、分子生物学・生化学主体で分かりやすく面白かった。PC12細胞に一癖もふた癖もあろうとは、目からウロコが落ちた一日であった。

  2008.03.01

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• 移動日

  朝１はホテルで充実した時間を過ごす。すなわち、午後から蛋白研セミナーに出ることにして、朝はホテルチェックアウトぎりぎりまで、昨晩のパワーポイント作成の続きをする。新幹線の中でもデスクワークを続行するが、途中で何回か意識が薄れたので、PCを閉じて爆睡することにする。昼過ぎ千里中央到着、ロッテリアでコーヒーとランチ。どうも腹痛が治まらず。タクシーで蛋白研に移動して３演題くらい講演を聴く。海外のシグナリングベンチャーの人の話が非常に面白かった。夕方、名工大のTT先生が来られたので、談話室に移動して、先生から預かっていた進行中の論文（新規人工設計金属センサー蛋白質）について、コメントをつけて返す。青色銅蛋白質についても面白い情報をもらう。

  2008.02.29

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• 修士論文発表会＠鶴見

  朝一で鶴見へ。今日の目的はA君の修士論文発表と、それからNMR測定と。A君は学籍番号が早いので、当然時間も早く、新幹線も早いものとなる。新幹線の中では爆睡。朝の４演題くらいを聞いて、理研に移動。今日は、二台のNMR装置に来週の初めまでの測定を仕掛ける。比較的のんびりと設定などを行いつつ、結局夕方の５時くらいに終了させることができた。その後、なぜか横浜市大のN先生が遊びにこられていたので、いろいろと情報交換。６時ころ新横浜に向かう。宿は新横浜国際ホテル、快適。なぜか腹具合が悪くて、かなりピンチに。小康状態になったので、夕食は日本海庄屋で鉄板焼きステーキを食べるが、肉が固くあまりおいしくない。ビールはプレミアムモルツ瓶ビールで、これは思いのほかうまい。かなり疲れているのであるが3月1日に行う発表の準備が、例によって例の如くまったくできていないので、これまた大慌てでパワーポイントを作る。今回は英語で話すということなので、緊張なのであるが、にもかかわらず全然進まない。

  2008.02.28

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• 基礎配属総括日

  今週は、週のうち3日も出張などで予定が詰まっていて、その合間を縫って一月かかった基礎配属実習の総括をしよう、と思ってセミナー予定をいれていた、のである。のであるが・・・・朝一番でC研究科長とS病院長と経理部長に拉致られて、山の上の本部に連行される。追加分の予算要求のための説明らしい。いろいろNMR装置を導入することのご利益を説明するが、理事会は渋い。全体的にお金が削られていて、渋いのである。基礎配属学生のみなさん、ごめんなさい。午後、教授会。新しい研究科長の人事の全貌が明らかになる。この全貌の内容（特にパブリケーション）は驚嘆に値するすごさである。まじ、すごい。こういう人になりたいと思いつつ、もう無理だろうなあ。なれないだろうなあ。良い子はまねしちゃダメなんだろうなあ。

  2008.02.27

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• 入試業務免除

  入試業務が早朝から入るはずが、今回は義務免除となった。学務課からの電話口で、「やった～♪」と思わず喜びの声をあげたら、あまりにその口調が嬉しそうだったんだろう、先方があわてて、「再度確認しますので待ってください」とのことだったが、やっぱり今回は当番はなかった模様。やったぁ。というわけで、ようやく一日空いたので、懸案事項を片付ける。といっても、書類かきばかりなんだけどね。２９日～１日の蛋白研セミナーで発表をしなければならないので、その草稿とパワーポイントを作製しなければならない。昨年末の生物物理での発表データをもとにプレゼンを作り直す。

  2008.02.26

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  鶴見出張

  １．理研NMR測定今週はなんと２台もマシンタイムを借りているのである。non-cryoの600MHzと700MHzである。でもって、今週は隣の横浜市大の修士論文発表会があるので、どのみちもう一度木曜日に横浜にこなければならないのである。というわけで、ともかく木曜日までかかる測定を二種類のサンプル、二種類のマシンで行う。それぞれせっせとパラメータ設定して、その間、日中の時間を利用してちょっとした二次元のテストデータも測定して、夕方4時過ぎまでに何とか3D-NMR測定を4発仕込み終える。まずまずのタイムに満足。２．横浜市大で大学院生A君の予聴会なので、急遽連絡して大学院生A君の修士発表の予聴会を行うことにして、4Fの情報研に出向くことにする。K先生は居られなかったが（何でもB学長がサラリー増で米国の大学に引き抜かれて、後任の学長選があるらしく、多忙らしい）、I先生が居られたので、久しぶりに情報交換。I先生と話すのはいつも勉強になるし、楽しい。I先生の「ハブレス研究－実験生物学と計算生物学の融合－」プランのお話（現在進行中）を伺う。Piyotaの「マシンレスNMR構造生物学研究」と相通ずるものがある。その後A君の発表にいろいろとダメ出し。３．神戸にトンボ帰り、神戸ワイン明日に備えて、神戸に宿をとって関西に戻る。週末にもやしもん６巻を読んだせいで、なんだか無性にワインがのみたくなるので、コンビニで神戸ワインを購入して飲んだくれる。飲みやすいし、悪くないので、こういう夜にはよいかも。ただし、料理と競えるほどの風味や風格があるかというと、まだまだ、である。きっと「初心者向き」のワインしか創るつもりがないのだろう。

  2008.02.25

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• 映画上映会

  アンパンマン怖い　ラーメン食わない　夜寝ない今日は朝から、吹雪である。その吹雪を押して（四駆なのでへっちゃらさ）、京都市の保育関連イベントでチケットをゲットしたアンパンマン劇場公開版の映画鑑賞会にJを連れて行く。ところが、映画館が暗いせいか、大音量なためか、Jが「こわいこわい」と、泣き出してしまう。そもそも彼にはアニメを見るという風習というか習慣というか文化がないのである。昼飯は二条にラーメンを食べにいったが、もちろんJはほとんど食べない。夜になっても、体調が悪いのか、昼間の経験が怖かったのか、寝つかない。そんなわけで、Yokotaが切れる。

  2008.02.24

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• 魂は貸せねえ

  １．病院に行く　耳鼻咽喉科に花粉症の薬をもらいにいく。ついでに、吸入もしてもらい、のどとか鼻とかかなり楽になる。処方してくれた薬は、クラリチンとトラネキサム酸。妥当な投薬。２．日中、寝込む　寝込んでいる間、もやしもん6巻でなごむ　今日は共同保育の日らしい。ということで保育所の用事でYokotaは大変そうだったのだが、体調不良でついにダウン寸前ということで、家事手伝いは勘弁してもらう。そうはいってもやらなきゃいけないのが、家事である。ということで、晩御飯のためのハタハタの調理をする。３．夕方、ハタハタ唐揚げをつくるなぜか冷蔵庫にハタハタが大量にあるので、から揚げにすることにする。病院の帰りに「からあげ粉」をゲットしてきたのであった。ビニール袋にからあげ粉１：小麦粉１の割合で粉をいれて、ハタハタをいれて、全体にまぶす。揚げ物なべに油をいれて、180度に。でもって揚げ具合と色を見ながら3～5分くらい、あげる。本日の読書。最近はまっている漫画、もやしもん第六巻から、 川浜拓馬（かわはま・たくま） の名セリフ。朋友の美里薫に、愛用のポンチョを変装用に貸せと言われて。「この服は俺の魂だ。魂は貸せねえ。」こいつら、しょうもない奴らだが、ときどきめちゃくちゃハードボイルドなのである。

  2008.02.23

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• K大学修士課程（BMS)研究発表会

  今日は朝から修士発表会である。午後、座長が当たっている。一演題あたり10分と、短めである。すべての演題に相当する採点表が配られるので、ちゃんと採点しなければならないのでめんどくさい。内容は、どこまでが本人がやった研究分なのか分かりにくい。研究内容自体は、これまで構造生物学・プロテオミクス関連の話しか某Y市大の鶴見キャンパスに比べれば、より生物学的な内容が多く、臨床系の話もそこそこあって、新鮮である。とくに面白かったのが医療情報学関連の発表である。リスク評価学というらしい。だが、他の基礎系の先生方も、このもっとも毛色の違った発表をどう評価していいのかわからないようである。リスク評価の発表をした学生さんに、会場の先生方から多くの質問が出る。ちょっと、かわいそうかも。

  2008.02.22

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• ホウレンソウ・・・コミュニケーションが重要だってばよ♪

  したくないのであるが、このところ研究の進捗速度が思わしくない大学院生のYK君に檄を飛ばす（というかほとんど説教）。一番の不満の一つは、【結果が出るか出ないかやってみなければわからない探索発見的な実験】に対する腰が重いこと。腰の重さの裏返しか、インターネットや文献や図書館の教科書にかじりついている時間が長すぎる。前例を入念に調べることも重要だが、調べたからといってうまくいくわけではない事案というのもある。なぜなら、やろうとしていることが最先端に近いからである。ひとあたり調べられるだけ調べて、でもなるべく早く手を動かして、【まずやってみてから問題点をたたき出す】。その上で【Go / No-go dicisionを早めに行う】。後者はリスク回避となるべく幅広い探索空間を限られた資源で条件探索する時のコツである。何か言っても不満そうなので、言わなければ良かったと後悔。Yokotaや他の大学教員の話によると、世の中にはこういうことを言われなくとも空気のように体得している大学院生もいるらしい。うらやましい限りである。別の先生の意見では、そういう素質を持っている人だけを大学院→アカデミックに残すべきで、今の大学院生重点教育の方針は間違っている、ということらしい。正論かもしれない。さらに別の先生の意見によると、そういう研究や実験や社会における様々な問題解決の現場での能力と、高校卒業時の学力の相関は、無視できない以上に高い、とのことである。大器晩成というのは、本当に稀に見るような大器のみのことかもしれない。さて、日中は電話やメールにせかされながら、予算申請書を書く。ミッションはバイオインフォマティクス推進事業の申請、で、Piyotaの立ち位置は「ヒトゲノムアノテーションDBの出口」を提案することである。というわけで、なるべく面白く「こてこてに」作る。　

  2008.02.21

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• 休みたいのに～休めない～

  休みたい～～　でも～～　休めない～～まあようするに体が悲鳴を上げて休息を求めているのである。先週は週のうち2回も終電に乗りそびれて、しかも日曜日も出勤したので、疲労がかなり溜まっている。そんなわけで、今週の平日、代休を取ろうと思っていたのだが、それが叶わず。休もうと思っていたのに・・・・（>_

  2008.02.20

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• P-ROIシステム

  P-roi system起動 基礎配属の学生さんに、解析してもらうという趣向のPDZドメインのシグナル。3次元NMRのFTなどは無事終了したので、それぞれのスピンシステムにアセンブルしてデータをプリントアウトするのであるが、それを児童に見やすい形で行ってくれるのが、九州大学の神田先生が作製したP-ROIシステム、である。基本コンセプトは、３次元NMRのデータすべてを、一スピンシステムに対応するストリップをすべて集めて、一枚の紙にプリントアウトする、という仕組みであり、これを並べ替えることで連鎖帰属が完成する。紙を見ながら帰属解析するので、PCの前にかじりついていなければならないという必要がないという利点がある。それと、解析が直感的なので、解析ソフトの使い方を学ぶ必要がない。さて、NMRPipeでピークピックを行って、ストリッププロットを作製するのであるが、すべてのピークが表示されないせいで、コネクティビティーのヒントが表示されず、難儀する。結局、誤差に対するトレランスの設定値resolfac 0.7->1.2　とすることで、比較的改善した。され、あと10日間あまりで、K君は100残基を帰属できるのであろうか？　基礎棟改修説明会第二段そういうNMRデータ処理の合間に、またもや会議が。今回は場所移動とともにスペース縮小なども含まれるので、話はややこしい。学位審査そういうややこしい会議のあとは、学位審査である。こちらは特に問題もなく、さくさく進む。

  2008.02.19

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• 理研で測定したNMRデータの件

  午前中は文献セミナー午前中、基礎配属学生とのセミナー。一週間に一方の割合で英文の原著論文を読んで他のメンバーに説明してもらうという形式。だが、少なくとも実習期間中、彼らはどこで文献を読んでいたのだろう？という疑問がわくくらい、彼らの勉強している姿を見なかった。にもかかわらず、そしてまったくの新分野にも関わらず、どうやらかなりきちんと理解して読み込んできているようなのである。さすが、医学部の学生、同じ年齢のM1（たとえばY市大のM1)と比べても、その手の読解能力やら言語能力やらは格段に優れているようだ。理研のNMRデータさてその合間に、理研のK君から測定中の3次元データをまとめてFTPでデータを送ってもらうが、開いたところうまく展開できない。いろいろデータの圧縮法やアップロード法を検討してもらったところ、ftp起動時にbinaryを明示的に宣言しないとダメなようである。ようやく無事データを取得して、特に設定に苦労することなくNMRPipeを利用してフーリエ変換を行う。データは美麗である。GCOEリサーチリーダーコース　報告会 そのあと大学院生の研究発表会である。G-COEでは毎年１０人の学生に、少なくない額の奨学金（RA）が出る。そのかわりに3か月に一度、研究報告会があり、年度末には評価会もある。大変である。内容は、それなりに面白いものではあった。今後が楽しみである。あと、医学部にきたせいで、Piyotaにとってはこれまでとは毛色の違った研究スタイルの話を多く聞くことになり、非常に勉強になるのである。もちろん、すべてまじめに真剣に聞くと、結局のところかなり集中力を使い、疲れるのである。へとへとだぁ。

  2008.02.18

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• 選挙・日曜出勤・ホームページ作り

  選挙の話。午前中、京都市長選挙の投票に行き、自転車で紙おむつなどの大量買い出しにつきあう。そのあと、書類作成のために、休日出勤してラボ（オフィス）に出る。休日出勤（＞＿＜）の話。明日朝一番でエラい人たちの会議に配る、ホームページ委員会の提言提案のペーパーである。夕方五時くらいまでにはおわるかな、と思いながら音楽聴きながらバンバン書類書きをしていたのである。でも、メールに返事したり、他のグラントのためのアイデア素案を考えたり、来年度にうちのラボに来てくれる予定の人に対する推薦書（ここでは意見書というらしい）をA4一枚分作文したりと、いろいろ書いていたおかげで、本業はなかなか進まず。結果的に７時過ぎになってしまう。明朝が早いので、大学のそばに宿をとる。選挙の話。ふたたび。夜、何気なくTVをつけると、市長選挙の開票が延々と行われている。最終的に一位と二位の差は僅差（1,000票を切る差）で、保守系の候補が勝ったのだが。今年の京都市長選挙は、民主党地区支部が推薦した保守系の候補（現職市長の所属セクションの後輩にあたる、後継と思しき人物）に、自民公明が党推薦を出し、そのせいで、民主が党公認を出しそびれた、という人が本命。だが、もともと共産党の支持者の多い土地柄でもあり、教育熱心な土地柄でもあるせいで、必ずしも保守系の人の基盤が盤石ではないらしい。すくなくとも、自民・公明が保守分裂を避けるために民主に相乗りを決意するくらいに。

  2008.02.17

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• 朽木村本陣

  朽木村本陣昨晩、またもや雪が降った。今年は本当によく雪が降るのである。というわけで、Ｊを雪遊びに連れて行くために、車を出すことにする。またもや鯖街道を行く当てもなく北上、なのだけれども、先週とは違って今日はきっと葛川少年自然の家のところではそりあそびはできないであろう。ということで、朽木のオートキャンプ場付近まで行けば何とかなるか、と思って車を出したのである。今日は、Yokotaの同僚兼、魚肉ソーセージ友の会副理事長兼、ＪのＧＦのアコちゃんが同行。余談だが、アコちゃんは優しい。Yokotaの128倍くらいやさしい。朽木の周辺を流れている川が安曇川というのだが、そこを通りかかったときにPiyotaが「くっくっくくく～」っと歌っていたら、「それってひょっとして水森亜土ですか」と突っ込みを入れてくれた。ああ感涙。えっと。というわけで、休憩と買い物をかねて道の駅朽木（朽木新本陣）に駐車したのであるが、そのすぐ裏手の安曇川の川原の土手がそこそこよいスロープになっていたので、雪ならしをしてそり遊びをしている幼児連れがいた。お昼をたべおわったあと、その同じ場所でそり遊びをする。今回は動画も撮る。ギャラリー喫茶　ｋａｚｅ（風）ひとしきり遊んで、帰途につく。途中で暖かいものでも飲んで休憩しようと、葛川を過ぎて5分ほど走ったところ、国道の西側にあるギャラリー併設の喫茶店、Ｋａｚｅにお邪魔することにした。ログハウス風のお店の中はあたたかく、この日は写真展のギャラリーを併設していて、ＢＧＭの音質もとてもよく（もちろん選曲もとてもよくて）、4人で意識を失うくらい忘我の境地になっていたのであった。Piyotaは香味柚子茶とタルトタタンを、Ｊは冷たいミルク、氷なしを、Ｙｏｋｏｔａはシナモンコーヒーとサンドイッチを、アコちゃんは魚肉ソーセージ盛り合わせを、じゃなくてチャイを頼んだ。タルトタタン、美味しうございました。アコちゃんと別れた後、西大路にお買い物。ポンパドールのチーズ入りパンが食べたいのだそうな。Piyotaは入浴剤を二種類買う。小袋に入っているタイプの入浴剤、出張のときのビジネスホテルで使うのに重宝するのだ。

  2008.02.16

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• 備忘録　この論文はすごいらしい

  いきなり備忘録、である。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?list_uids=17420288&holding=f1000,f1000m,isrctnこの論文、ちょっとすごいらしい。今日は午前中はA先生と来年の講義についてミーティング、その後、短時間だけれども学生とディスカッションをして、午後は急遽施設の改修委員会がはいってしまい、へとへとであった。まず、A先生との打ち合わせである。先週の蛋白研ツアー中に、メールで依頼があった来年度の講義依頼を承諾する件で、A先生に会いに行く。講義の内容は、学部一年生向けの細胞生物学講義であり、エッセンシャル細胞生物学を一年間かけてびっちりやるらしい。その教科書のうちの立体構造に関する部分を2回講義するのがPiyotaのミッションである。講義の打ち合わせ1/3、A先生のところの研究の話1/3、NMRを使ったらどんなことができるか、が1/3。A先生のところは1ラボとしてはとんでもない数のKOマウス、Tgマウスを飼育しておられるので、話は当然NMRメタボロミクスなどの話になる。昼過ぎ、第二回の基礎研究棟改修移設委員会が開催される。基礎研究棟内のRI施設の使用頻度が低いようならば閉鎖したらどうか、とか、もし仮にNMRを導入したら、移設により一回500万円くらいかかるので、移設回数を少なくして浮いたお金をほかのこと（例えば建物のほかの部分の内装など）に使ったほうがいいよ、とか、そういう話がたくさんでるが、ともかく大変なのである。3時から初めて8時ころまでかかる。その合間に、来年度の広島大学での集中講義のシラバスの件をフィックスして、来年度採用のヒトの推薦書というか意見書というやつを作文して、現在申請しようとしている予算（バイオインフォマティクス推進事業）について、メールでいくつか議論をしたりアイデアを提供したりして、といろいろ大変だった。そして学生とのディスカッションである。結局、早く帰ろうと努力したにもかかわらず、京都地下鉄の終電を逃して、タクシーで帰宅することに。今週三回目、である。一体全体何のために働いているのかわからないというような赤字、やれやれ・・。

  2008.02.15

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• 横浜→関西へ戻ってくる　米原は雪

  睡眠不足解消のため、朝寝をする予定だったのだが、本日15時からの会議が気になってしまい、早起きしてしまう。こういう目覚め、良くないんだよなあ（欝病になっちゃう）。ともあれ、ネットに接続して少しでも資料をつくる。ウェブ委員会である。EPSON Endeavor N102のバッテリーを換装した。三島通過くらいから使い始めて、すでに米原通過時点でバッテリー残量66%。新大阪通過時点（約2時間経過）でバッテリー残量47%。これならスペック通り3．5時間くらいは持ちそうで、かなりいいんじゃないかな？少なくとも新横浜→新神戸の新幹線の時間内、おそらくパソコンがフルに使えるだろう。予算申請の話が共同研究が2件、単独出願が2件、同時進行ではじまりつつある。こちらのほう、いろいろとメールでの情報のやりとりをしていて、めちゃめちゃ大変。だがとりまとめのO先生はもっともっと大変だろうなあ。大学についてまずいきなり、キャンパスの情報センターの人に、理研からのNMRデータの取り込みのしかたについて、セキュリティー対策などについて交渉する。それから国際会議ができそうな部屋を何部屋か、電話で予約状況を確認して予約。今年の冬のG-COEのシンポジウムに用いるのである。午後、ウェブ委員会。ものすごくたくさんやることがあるのか、とも思われたが、かなり状況が整理された。これはとくにY先生の強力なまとめ力の存在が大きい。問題点の把握がすばやくて正確なのだ。どうもありがとうございました。ということで、今週の土日どちらかで書類を作りに出勤すればこちらのほうはなんとかなるだろう。

  2008.02.14

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• 鶴見！　理化学研究所、旧ザクのつぶやき

  理化学研究所でNMR測定理研NMR施設外部公開の制度を利用して、「成果非占有利用」の形態でテーマを申し込んだのが採択されたので、測定に行く。実際には昨日から測定可能なのだが、会議で身動きがとれなかったので、今日からの鶴見入りである。ところが朝起きたら昨夜からの雪が冷え込んでなにやら下のほうでは凍っている模様。新幹線が遅れるなあと思い、T先生との待ち合わせを遅らせていただく。それにしても今年はとても雪が多い。数年前の平年並みなのだろうがここ数年の暖冬に慣れてしまうと、異常気象に思えてしまうから不思議だ。さて、理研のNMR施設では、かねてよりNMR学会の企業での利用者の重鎮であり数年前に理研横浜に移籍されたY先生、および技術員で横浜市大卒業生でもあるK君、それと膜結合ドメイン構造解析のエキスパートの一人K先生が、我々のホストとなってくださった。Piyotaは「昔取った杵柄～」とか「リハビリ～」とかこぼしながら、Brukerの標準パラメータをもとに、HNCACB/CBCACONH/CCCONHの三つの主鎖帰属系3次元NMR測定のパラメータを設定していったのであるが、設定に関することやデータトランスファーなど丁寧にフォローしてくださり、まことに気持ちよく測定をさせていただいた。マシンも、今回はノンクライオ機（DRX600-AVANCE-TXI）なので最新鋭最高感度機種とは言えないが、良く使い込まれており、またパラメータなども非常によくメンテされており、理研NMR組の技術力の高さを目の当たりにした。旧ザクのつぶやき測定をかけながら、K先生と、タンパク3000その後の顛末や、ターゲットタンパクプログラムのこと、NMR構造生物学の分野全体が直面している逆風や、「重鎮のセンセイ」たちの政治に関するうわさ話情報交換などに明け暮れた。理研から外部に出かける機会が多くないのと、タンパク3000の矢面に立たされた影響などで、理研内部の若い人が委縮しているように見えるのは残念なことだ。だが、タンパク3000はそのプロジェクトの性質上まず構造を決定してPDBに登録し、そのあとに論文を書くという作業になるわけであるが、論文とりまとめと執筆（＆投稿のための戦略）のオーガナイズ・コンサルタント作業が、最終決定が横山先生や木川先生に集中してしまっているため、後回しになりがちであること、でもそれが現場の研究員の転職・求職作業のブレーキになってしまうこと、といった話も伺えた。Piyotaも、たった5～6人しかいない小さなグループではあってもPIとなると、その他の組織の業務なども含めて、日々とてもとても（過労死しそうなくらいに）忙しい。ましてや数十人のPhD研究者やそれに相当する技術員を抱えるグループの長の業務の多忙さは察して余りある。個々の論文を立案し、とりまとめて執筆するのに割ける時間は、稀少に違いない。そのほかにK先生と話したことの中に、「旧ザク同好会」とか「頭文字Dのメンタリティー礼賛」とか「ドメインハンティングの終焉」とか「外道」の話題があるのだが、気が向いたら書きます。読書コーナーそのほかの収穫。BK1で品切れになっていた富士見ファンタジア文庫「生徒会の一存」（葵せきな著）をJR鶴見駅のそばの書店でゲット。やったね。新横浜ナイトライフ測定が終了したあと、夜8時くらいになり、自宅に帰ってもよかったのだがデスクワークがしたかったので新横浜泊にする（実験が伸びてもいいようにホテルを押さえておいたのである。（ワシントン系列のR&B新横浜、一泊6600円。部屋とデスクは若干狭いが全室LAN完備、ウォシュレット、浴槽はやや広め、空調快適、コンビニ至近。よかった。ただし部屋にはポットはない。）もう一つの収穫は、その新横浜で夕飯にびっくり寿司新横浜店に行けたこと（と2000円で腹いっぱい寿司が食えたこと。アラ汁と野菜天ぷら盛りがコストパフォーマンス高く腹いっぱいになった原因である）。びっくり寿司は平成18年くらいまで鶴見の三角交差点のそばに鶴見店がありPiyota単身赴任先のそばであったので何回か愛用していたのであるが、閉店してしまって残念だったのだ。

  2008.02.13

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• 論文受理通知、ほか盛りだくさんの一日

  基礎配セミナー今日も朝から盛りだくさんである。まず午前中に基礎配5年生3人の文献セミナー。Piyotaが某R社（今は無き外資系製薬会社）に勤めていた時に斜め上の上司だった中山敬一先生（現・九州大生体防御研）が実施してくださった英語の文献を読むためのセミナーの方式を、初心者むけにヌルくして応用した。だが彼らは十分能力が高いことがわかったので、内容のあるセミナーとして成立。すごい。新年度、新M1を交えてのセミナーとしようと思う。おそらく新入学の修士1年ではこうはいくまい。昼飯をたべるまもなくカップ焼きそばで済ませて、午後もセミナーの続き。学生の一人に、NMRシグナルの帰属用ということで練習用データセットとして、P-ROIシステムでのプリントアウトを渡す。来週よりホンチャンで、PDZドメイン100残基を帰属してもらうのである。教授会14時より教授会。結局16時過ぎに終わるはずが全然終わらず、17時すぎまでかかる。修士課程・博士課程の入試の合格案や、GCOEのポスドク人事、特命教員や昇任人事など、議案通り承認。Piyotaは内職して東工大のO先生に送るBIRDの年度末報告書を作成する。今月の学位審査副査1件。蛋白研に試料回収に夕方、雨が雪に変わる。新大阪から千里中央経由でタクシーで蛋白研へ。I先生のところから測定終了したNMR試料を受け出して、明日理研横浜に持っていく鞄につめる。なお、これまでに蛋白研で処理していただいていたNMRデータ、HNCA/HNCO/HNCACOのいずれも非常にきれいにNMRシグナルが観測できていた。これは明日からの理研での測定にも期待がもてる。というよりも、測定は軌道にのりはじめたので、今度はNMRのデータ帰属が間に合わない。なんとかしなければ・・・とほほなメールそういうのをなんとかできるかと思われる、来年度ひょっとしたら採用できるかもしれないというポスドク要員の人から、公募応募書類の書式を間違えたという脱力系のメールが入る。どうしましょうねえ。このヒトはひょっとしてかなり困ったチャンなのかもしれない、と不安になる。論文受理通知受理通知、というよりは、論文がオンラインで公開されましたよ、というお知らせ。大学院生KIくんの修士論文のときの仕事が、無事アクセプトされて、公開されました。おめでとう。

  2008.02.12

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• AO入試の面接とか、その他の備忘録とか

  AO入試面接Piyotaが所属しているK大学医学部のAO入試、今年は昨年の15名よりも更に定員を増やして25名採用するらしい。ということで、朝から面接の説明やら採点基準を聞いて、昼過ぎから面接。各班10名面接である。大変なのである。最後のほうとか、集中力が切れてきてあまり鋭い突っ込みが入れられなくなってしまったし。（だからといって後のほうの受験生が有利かというとそうでもない。いい質問といい答えで点数が上がるからです。）会議終了後、大学院生Iさんの進路相談第二回目。Iさんの結果を早く論文にして投稿しなければならない。これはまじに真剣にスタートしなければならない。現在使用中のマインドマップ作画フリーソフトには限界がありそうなので、ひょっとしたら市販商用ソフトにシフトしなければならないかもしれない。そのあと、さすがにやばいので大急ぎでBIRD報告書を仕上げる。ともかく、活動内容の部分はなんとか大部分しあげることができたのであとは外部発表の項目だけである。学生さんや他のスタッフの分の外部発表項目は記入できた。Piyotaの昨年の学会やシンポジウム・セミナーなどでの口頭の発表歴が、ともかく数が多く、フォローに困難を来す。熟練の秘書の人が一名必要なのである。そのための年間150万円が、しかし、出ない。論文備忘録http://pubs.acs.org/cgi-bin/abstract.cgi/jmcmar/2008/51/i01/abs/jm701020f.htmlSALMONという新しいNMR測定技法に関して提案している論文である。忘れないようにここにリンクを貼り付けておくのである。F1000Biology、ときどきとってもやくにたつなあ。時間がなくて滅多にじっくり読めないけれども。

  2008.02.11

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• 市民雪まつり＠大津市葛川

  葛川（かつらがわ、と読むらしい）少年自然の家、というのが施設の正式名称らしい。朝、雪対策で完全防備して、JとYokotaと３人でエクストレイルに乗り込み、大原道(鯖街道）を花園橋から北上する。道は雪道ではあるが半分溶けていて凍結はなく、なんのこともなく３０分強のドライブ。目的地は一応朽木のスキー場なのだが、スキー場が開いていないのは調査済みで、どこかそり遊びができる場所が大原近辺にあるのではないか、という怪しげなYokotaの伝聞情報をもとにとりあえず車を出したのだ。すると、国道沿い、川をはさんで反対側に、ちょうどよさげなそり専用の５０ｍくらいのゲレンデがあり、子供たちがたくさん群れている様が。ナビで確認すると、どうやら公設のスポーツ施設で「大津市立葛川少年自然の家」というのだそうだ。行ってみると、大津市民雪祭りの会場であった。たまたま偶然雪まつりにあたったのである。Jといっしょに雪合戦をしたり、大きな雪玉(雪だるまにはならなかった）をつくったり、雪の上で鯖寿司やクリームシチューをたべたり、そり遊びをしたり、紙コップで雪を固めた「雪コップ」を１２個作ってベンチにならべたり、と、まったく入場料など無料でひたすら遊べて、とてもよかった。このそり専用ゲレンデ、今日だけしか(雪まつりの時しか)解放されないらしい。来年も予定をきっちりと把握して、また来ようと思った。おもしろかったのは、スタッフのひと（クリームシチューを売る係りの人）がガチャピンきぐるみをきていたのだけれども、Jがなぜかこわがって、「いやいや」といっていたこと。さて、帰り際に、車に積み込みなり、Jは爆睡していた。おつかれさま、J。その後、雑用があってYokotaのラボによる。するとなぜかYokotaのボス、F先生がJに「ぐりとぐら」シリーズの絵本をどっさり下さったこと。JはFラボのアイドルとなりつつあるらしい。Oさんにも甘えていたしなあ・・・F先生どうもありがとうございました。

  2008.02.10

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• ポトフのつくりかた

  Jの友人たち来る今日は保育所のJの友人たちが、Piyo家に遊びに来てくれることになった。Aちゃん（二歳半）、Aちゃんママ、Tくん（二歳半）、Tくんママ。そのまえに、Piyoは午前中に、その保育所の近所で評判の良いS耳鼻科に行く予定がある。鼻風邪（治療中・ほぼ完治）の経過報告と、アレルギー鼻炎予防薬の追加処方のため。今年は前もって抗アレルギー薬を処方してもらい、楽に過ごせるかどうか試してみたいのだ。なのでお客様おもてなしのための料理を朝一からつくることになるが、そのうちの一品、ポトフがPiyotaの当番である。というわけで、Piyotaのレシピを公開する。材料　ニンジン中２本、玉ねぎ１～２個、ジャガイモ２～３個、カリフラワー、鶏肉もも１枚、あらびきウインナー（今回省略）、白ワイン肉　鳥肉にはあらかじめ重さの１％相当の塩をすりこんでおくとよいらしい。鍋　鍋はシャトルシェフなどの保温鍋が楽ちん。保温鍋がないばあい、鍋ごと入れられるような大きめの発泡スチロールの箱があれば、それでも機能上問題ない。１．ニンジンをむいて、一本を大きめのかたまり３～６片にわける。半割か四半割がいい。２．鍋に水２カップ、白ワイン３００ｃｃ、ニンジン、塩小さじ１、ブイヨン２個をいれて火をつける。中火か強火。３．鍋が沸騰するまでのあいだに、てばやく玉ねぎ、ジャガイモ皮むき、肉類の下ごしらえをする。玉ねぎは一個に３～４本のつまようじをさして、厚さ１．５ｃｍくらいの輪切りにする。鶏肉は大きめの固まり。じゃがいもは半切か４半切。４．沸騰しつつあるなべに、３をできた順番に入れていく。材料を入れ終わったら、気分で塩を数振り、追加。濃くしない。今回は、小さい子供も食べるので、３の材料を入れる前に鍋を沸騰させて、ふたをあけたまま少し長めに沸騰させて、アルコールを念入りに飛ばした。大丈夫と思うけど・・・。５．沸騰して５分くらいしたら、鍋からおろしてシャトルシェフ外鍋に装着。６．一時間くらいでやわらかくなって味が染みている。食べる直前にもう一度火にかける。７．できあがり。大人は味が薄いかもしれないが、粒マスタードとテーブル塩コショウで調節。今回のでき、おおむね好評でした。ところでこの日、結構な大雪であった。ご家族二組を送りだしたあと、今シーズンのアウトドアのためには雪でも歩き回れるブーツが必要ということで、近所のWild-1に防寒付き長靴を買いに行く。YokotaがAigleとかいうブランド品で一五〇〇〇円以上投資したのとは対照的に、Piyotaのは４０００円。でもあったかいよ！

  2008.02.09

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• 蛋白研でNMR測定・・・今週二回目！

  蛋白研で3次元NMR測定、2回目！　まず、凍結乾燥したPDZドメイン試料に対して、HSQCを一発測定する。それから3次元測定を二種類かけることとする。昼過ぎ、神戸からT先生が到着するので、Brukerの一般的なパラメータを利用したHSQC測定のためのパラメータ設定手順を簡単にレクチャーする。午後二時より大塚製薬（安定同位体事業部）Tさんが来られて、最少培地ではない安定同位体標識培地(Bioexpress 1000)の使い方などについて情報交換を行う。来客を自分のラボのオフィスで迎えるだけの余裕すらないのである。やあれやれ。それからまた二十標識の試料にもどして、HNCOとHNCACOの測定を仕込む。よろよろである。 本来は早めにNMR設定を終了して、早めに蛋白研を離脱して、BIRDの報告書などを書き終えてしまおうとしていたのだが、その準備もできず。

  2008.02.08

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• 朝から予定満載の日々

  本日も朝から予定満載の日々である。まず、午前中。午前中は、Piyotaが務めている大学院の修士課程第二期募集の入学試験の試験監督である。英語の時間の試験監督であり、二時間のあいだ、内職をするわけにも、メールチェックするわけにもいかず、試験会場で監督するのである。実はPiyotaは試験監督の間の時間つぶしが得意、である。この二時間、適度に見回ったり出席をチェックする以外は、何もすることがない。何もすることがないが、監督要領やら実施要項などのプリントの裏など、メモ用紙には事欠かない。つまり、メモ用紙を使いながら、考え事をしたり、論文の下書きの文書をひねり出したりなどの、純粋な思考作業にはもってこいなのである。どうも、まわりにいるひとが何かをまじめに考えているようだと、その雰囲気が伝わってきて脳が活性化されるようである。そう考えると、過去、センター試験の監督の時に考えたことなども、実はすべて論文化に成功しているのである。試験監督の時間は、実はPiyotaにとって貴重な戦略考察と創造の時間なのだ。なお、センター試験の試験監督って退屈ですけれども、その時間を有意義に過ごす裏技を編み出しました。誰が見ているのかわからないからここではかけないけれども。あと、これはまあPiyotaのくせなんだけれども、考え事をするときや、人とディスカッションをするときには、なぜか（あとでみて意味がわからなくなることも多いのだが）箇条書きではなくどちらかというと図形的・模式図的な落書き、をすることが多い。考え事をするときも、かならず落書きをする。これをきちんと残しておくことが大事なような気がするのだが、この落書きを非常にしばしばよく無くす。これはまずい。ちゃんとしたノートをつくればいいのかもしれない。さて、来年度うまくしたらうちのラボに合流してくれる腕利きポスドクの人にどんなことをやってもらったら面白いのかを一応考え終わったところで、午後の部に突入である。今日の午後は、まずその修士の学生さんたちの面接。来年度、うちの分野に来てくれそうな学生さんを面接して、10分間話を聞く。まあそれなりにそれなりであったが、基礎知識はともかく意欲は買うことにした。失敗したかもしれない。一緒に面接官をしてくださった、膜分野のI先生と、それでも新人のパワーとバイタリティーに期待しようという話になる。それでもって午後二件目。バイオシグナルセンターのS先生・K先生のところの学生さんの学位審査発表会があるというので、それを聴きにいってコメントをすることになった。うちの大学の学位審査は、持ち時間20分のうちの10分を発表に、10分を質疑応答に、という形式である。短い時間にかなり濃い内容をきっちりまとめなければならないのだから、かなり厳しい条件が要求される、とPiyotaが思うのだが、もうひとつの演題のほうの副査であったF先生などは、「もっと厳しく長くやらないとだめなんじゃないの～？」みたいなことを仰っていた。PiyotaはY市大のときに今はSという製薬企業にいるF君の学位審査会で4時間30分の審査会をやってみんなへとへとだったんだよ～という話をした。それもちょっと、ね。そのあと、療養中の大学院生のIさんとか、進路で悩んでいる別の大学にいるFさんの複雑なメールとか、同業者の間ではKYかもと疑われているFさんの上司のヒトのメールとかに、時間を割いているうちに、ほぼ終電の時間になってしまって、へろへろになった。ともあれ、明日は蛋白研に測定に行くのである。辛いけど頑張るのである。

  2008.02.07

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• エプソンダイレクトに注文

  どうも最近、愛機のEPSON Endeavor NA102のバッテリーの調子が非常に悪い。どう考えても1時間でバッテリー切れになる。いくらへたってもこれはひどすぎる、まだ１年しか使っていないのに。一応ノートパソコンは２年間使ってから買い替えようという自主規制にしているので、それにHDDもまだまだ空きがあるので、とりあえず今年度は買い替えはしないで、これを使い続けることにした。でもこれでは新幹線に乗るのにも不便なので、ともかくバッテリーだけ新品を購入することにして、エプソンダイレクトに注文をいれることにする。ついでにアマゾンのサイトでCDも何枚か買うことにする。同じ形・容量のバッテリーにして、どれくらい持つようになるのだろうか？電源管理などがわるいのだろうか？ともかく６０分持たないというのはいくらなんでも都合が悪すぎる。

  2008.02.06

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• JBC論文受理通知

  今日はNMR測定の日である。蛋白研で0.9mMの蛋白質ドメインのHNCA測定をかける。測定の際に、助教のT先生に15N/13Cのパルスプログラムの中身の読み方や、蛋白研で磨きこまれているパルスプログラムとBruker標準パルスプログラムの差異や特徴、設定時の注意などをレクチャーする。こういう技術移転は、やはりコンソールの前「on-site」でじっくり時間をかけて行わないとだめだなあ。うちなんか、まだまだである。だが、それではよそではどうなのだろうか？現存する国内のNMR関連の研究室で、大学院の学生さんに、こういうshape pulseなども含めたノウハウを伝授して若いNMR研究者を育てることができるラボはどれくらいあるのだろうか？NMR業界の未来も含めて、ちょっと暗い気持ちになる。さて、測定の合間に、メールをチェックしたら、そんな暗い気持ちを吹き飛ばすような、嬉しい知らせが。投稿中の論文がJ Biol Chemに採用された、との阪大医学部のT先生からのメールである。これはPiyotaがCBRCのT師匠に泣きついてノウハウを伝授してもらい、一昨年の年越しでmodellerを動かして作成した巨大複合体（笑）のモデル図が載っている論文である。がんばって美麗な図は提供したものの、scientificな議論にはさほど貢献できなかったのが残念と言えば残念である。（まあ、構造生物学の生物学における貢献の多くは、scientificな直接的な貢献ではなく、論文そのものやdiscussionの議論の質を高めるというような、間接的な貢献になってしまい、それはそれで大事なことだと思うので、まあいいか、と思う。）主著者のTくんは、これで無事に年度内に学位がとれるらしい。期限ぎりぎりだったけど、よかったね。おめでとう！

  2008.02.05

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• 若い力

  若い力、である。今週から4週間、「基礎配属実習」の名目で大学の基礎系のラボに、基本的にはウェットの実験をしに、5年生の学生が来るのであった。今日はその第一日目である。気張っていくのである。まず、PiyotaとH先生とで、ラボの成り立ち、お互いが狙っているテーマ（膜関連蛋白質の構造生物学とアミロイドの蛋白質科学）の関連性、テーマの概略を説明して、3:1のグループ分けとテーマ配分を行う。その後、Piyotaチームに関して、さらに詳細な説明を付加する。そして、最初の一週間は共通実習ということで蛋白質の大量精製ネタを「体験」してもらう。今回のテーマの一つの画期的な試みは、蛋白質(100残基くらいのドメイン)のコンピュータを使わない主鎖シグナル帰属を、一人のパズル好きそうな学生に体験してもらうことである。4週間のうち、最初の週はウェット。2週目は、30残基ほどの「練習用データセット」でトレーニング。そして後半の2週間で本番データにチャレンジ、というシリーズである。後半で使用するデータは、すでに他のグループによって立体構造が解かれてしまっている蛋白質なのではあるが、そのせいでNMRでは手つかずなため、誰も主鎖帰属を付け加えていない、という代物である。ところがこの企画、とんでもない欠陥がある。シグナル帰属の人手を確保できたのはよかったのだが、まだデータがないのである。ではそのデータどうするか？これから測定するのである。自転車操業である。今週の蛋白研の500MHzの測定時間と、来週の理化学研究所の5日間の測定時間で、主鎖測定に必要な3D-NMRデータセット5組を急遽測定する、という、薄氷を踏むような自転車操業なのである。我ながら、正気じゃないかもと、ちょっと思う。（ちょっとですむのか？）ただ、まあ、この構想がうまく行きそうな気がしている根拠が二つある。一つは実験技術員Sさんのここ最近のスキルアップが著しいこと。二重標識のNMR試料が、コンスタントにスケジュール通りに（ここ重要！）調製されて出来てくるのである。これがターゲットタンパクではなく、タンパク3000プロジェクトだったら、うちのラボはNMRによる蛋白質立体構造決定で、理研に次ぐ年間最大構造決定撃墜数をマークできるであろう、というぐらいの生産性である。そしてもう一つは、これはPiyotaとしては非常に癪なのだが、今扱っている蛋白質の性質がめちゃめちゃいいこと。依然手がけた、MITドメインもそんなに悪くないとは思っていたのだが、今回のこいつらは特に素直である。Piyotaのポリシーは「性質のよい蛋白質ドメインに出会うことは稀であり、手放したら二度と巡り合わない。」なので、このドメインが絡むプロジェクトは丁寧に仕事していくことにする。ともかく、企業や独立行政法人の研究所と大学のラボの最も違うところは、きっと、若い力が入れ替わり立ち代りやってくることだと思う。若い人の潜在力を引き出すのも、ぼくらの仕事のうちなのかもしれない。

  2008.02.04

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• 論文revise通知

  RRRが終わり、G-COE国際ワークショップが終わり、いろいろやりたいことや試してみたいことが渦巻いているが、体力の低下は否めない・・・・うむ、年は取りたくないものだ。そんなわけで、何とか一月中にと思っていた大学院生YK君の再投稿準備中の論文の送稿、雑誌Protein Scienceに投稿しようとがんばるが、結局完遂させることができなかった。さて、それよりもまずやらなければならないことは、スタッフとの打ち合わせである。今日の議題は盛りだくさんである。まず、実習の打ち合わせである。Piyotaの研究室は、基幹講座ではないのだが、学部学生の実習（基礎配属・新医学研究など）には参加することとしている。そのため、来週から一か月、学部五年生が4名配属になるのである。そのうち3名をPiyotaたちのグループで受け入れ、一名は独立ユニットのH先生に受け持ってもらうのでその手筈を整える。その上で、その３人にそれぞれ最終的には個別のテーマを与えるのであるが、最初の一週目は共通で実習（タンパク発現実験）を行うことにした。そのウェットの共同実習やら、NMRシグナル帰属のための「練習用データ」の手配やら。2月中旬から3月初旬にかけて、蛋白研と理化学研究所にNMR測定に出張るわけだが、その手順の打ち合わせも必要である。最後に、先日きたスタッフのNTさんの論文のreviseのための打ち合わせである。査読者から付されたコメントについて、クリティカルなものはないのだが、こまごました実験をいくつか（おおざっぱに言って二種類のデータ）を付け足さなければならないので、その手順の打ち合わせを行う。夕方5時ころから初めて、9時過ぎまでかかる長い長い打ち合わせであった。

  2008.02.01

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• 自宅待機

  本日は、所要により、有給をとって自宅待機。自宅にてデスクワークにいそしむこととする。とはいえ、午前中若干の家事を片付けるのを手伝った以外は、平日とほとんどかわりなく、デスクワークをする。というのは、メールをあけてみたらひっきりなしに、いろいろと調整やら連絡事項やら書類作成依頼やらの書類が舞い込んできていたからである。それらに答えて、ようやく一段落したのちに、昨日の打ち合わせ方針に沿って論文書き直し作業などをすすめていたら、気づいたらもう夕方。しかも、２４日朝に必要な書類の作成依頼が２通、片方は予算申請関係で、もうかたほうは予算執行のための計画書関係。どちらも締め切りを破れない・・・この兆では、明日は徹夜だ。やれやれである。今日はYokotaが出張なので、Jを迎えに行って、夕ごはんをつくって（特製鶏肉煮込みうどんね）、おふろに入れて寝かせなければならない。まあ、最近は「本読んで～」「見てみて～」という自己主張以外は、だだをこねたりしないので、楽なものである。だが、それをしているとデスクワークはあまりできない。というわけで、論文についてはほとんど進まなかった。強いて言えば、予算執行関係の書類がそこそこ進んだこと。まあ、きっとなんとかなるさ・・・・なんとかなるかなあ？

  2008.01.22

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• 会議３連発

  今日は会議の日である。まず１０時から、本部財務の人なども交えて、Piyotaたちグループの商売道具ともいうべきとある高性能先端分析機器をどのように導入するのか、という予算獲得作戦会議。いろいろといい話題と悪い話題が錯綜しており、なかなか予断を許さない状況。ただ、かなり切実な問題なのは、現在「高度な測定」をかけに行こうとすると、とくに外部のマシンを借りた場合に高度な測定がかけられる人材が、うちのラボで限られているため、会議などと重なったりすると、めちゃめちゃしんどいのである。例えばこれまでに２回、蛋白研で午前中測定したあと、タクシーと新幹線乗りついで神戸にもどったりとか。そのうち倒れるに違いないと、マジ不安になる。というわけで、なるべくインハウスで高度な測定ができると、うれしいのだ。さて１３時３０分から、研究推進委員会会議＠ＧＣＯＥ。ポスドク公募などの件について、それから人件費執行の件について。予算に関して、ちょっとだけいいニュースあり。でもって１５時３０分ころから、事務部門契約係のＳさんと、予算執行スケジュールなどの打ち合わせと、固定資産管理など。ようやく時間ができたので、大学院生ＹＫ君と論文書き直しの打ち合わせをする。徐々に進むも、投稿まではまだまだかかりそう。最近、その手の迅速性が失せている、こまったものである。

  2008.01.21

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• ベルク余呉　今シーズン初スキー

  急遽、日帰りスキーにいくことになった。というわけで、前日一時まで眠れなかったにもかかわらず、朝４時におきて、５時に家を出発して、滋賀県北部のベルク余呉スキー場に向かう。自宅を午前５時に出発、小雪ちらつく名神自動車道・北陸自動車道（ほとんど車はいない）をスムーズに走り抜けて、木本インターでおりて、そこから地道を約２５ｋｍのところに、ベルク余呉はある。高速に乗るまでは３０分、高速にのってから１時間１５分、高速降りてから３０分と、非常に快適なドライブで、午前７時３０分開場のところ、会場１０分前にスキー場駐車場に入れる。この間、YokotaもJもずっと爆睡状態。道路状況はといえば、スキー場の９ｋｍ手前までは雪も凍結もなく、通常の路面状態。最後の９ｋｍだけ、道路のカーブの日陰部分などが若干凍結ということで、昨日スノータイヤに履き替えて４ＷＤオートモードにセレクターを切り換えたわがエクストレイルには何の問題もなかった。さて、ゲレンデである。基本的には「ヒーローコース」が閉鎖されているために、中級斜面を楽しもうと思ったら奥まで行かなければならなかったのだけども、手前でＪと遊ぶのを優先したため、４本くらいしか滑らず。YokotaもJのそり遊びやふわふわ遊びにつきあうため、結局２本しかすべらず。１日券昼食セットがほぼ一人分は無駄であった（このあたり次回要検討）。Jはそり遊び、それなりに気に入ったらしい。ということで、午後１時過ぎ昼食後には、帰投準備。午後３時半には京都市内着で、買い物などして４時過ぎには帰宅。おふろ入ってあったまって、やれやれ楽しかったね、の１日であった。基本的に、空いていれば家から３時間圏内ということがわかっただけでも、収穫であろう。というわけで、★★★☆☆評価ということで、ＨＥＲＯコースが滑れるようになる次回に期待である。

  2008.01.20

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• 西大路（風船）、スキーバッグ新調

  備忘録１５日　MOEセミナー　LinuxPC設定Piyotaたちのラボは、最近企業からのグラントがあたった。それを利用して、in silico screeningのソフトウェアをそれなりに安くない値段で導入したのだが、その設定作業とデモ作業を、九州富士通システムの人がやってくれ、それから基本的なドラッグデザインとインシリコスクリーニングの講習会を受ける。さすがに商用ソフト、グラフィックスが美麗だし、機能も豊富である。いろいろな方法論、それぞれに原著論文があり、背後に理論がある模様だが、このところまったく勉強をさぼっている。まずいまずい。１６日 講演会と学位審査話題のカリスマ医師の人の講演会があるので午前中はそれを聴講する。まあ人事からみ、とだけ、書いておこう。話はそれなりに面白かった。午後、学位審査のため、大学院生の研究発表を聴き、コメントをつける。１７日・１８日　阪大蛋白研でNMR測定今日はNMR測定の日である。得意技のフィチン酸による滴定実験を行うが、失敗。無意識のうちに、溶媒にリン酸バッファを支持していた。これじゃPhAがくっつくわけないじゃないか。T助教はGPCRの細胞外ドメインの測定を敢行している。分散したシグナルが少なくない数、見えるようになるが、これは非常により兆しである。翌日も引き続き測定。気を取り直して別の条件で滴定実験とか。待ち時間は一秒たりとも無駄にせず、必死にデスクワークを行う。作文は某蛋白研の某部門の外部評価の文書。１９日明日、急きょ日帰りスキーに行くことになった。場所の選定などは、とりあえずおいておいて(実は済んでいるんだけどね)、キッズコーナーでＪにそり遊びを堪能させるという目論見になった。となれば、必要なのはそれにつきあう親の足固めである。というわけでスノーシューの高性能なものを探しに行く。Yokotaが西大路のダイヤモンドシティーのAigle（ブランド名）あたりによさそうなのがあるに違いない、というので西大路まで、でかける。すると・・・なにやら風船を幼児に配るイベントと、幼児専用の逆バンジー（１０００円）が。ゴム紐につられて３階建高さまで跳ね続ける子供たちを不思議そうに見つめてはしゃぐJ、面白すぎ。Piyotaは、子供用品のお店で、洒落た赤ちゃん抱っこ用ストラップをゲットする。最近娘さんが生まれたばかりの京大のT先生にプレゼントするのである。赤ちゃんの写真がとてもかわいいのだ。スキーゴーグルとスキーバッグを新調する。まあついでといってはなんなのだが、Piyotaのいつも愛用の眼鏡（Michael Jordiフレーム）は現在修繕中で未だ戻ってくる気配がない。しょうがないので、もう一回りフレームの小さい眼鏡（予備というのにはもったいない某Fというブランドのもの）を使っているのだが、こちら、デスクワークなどには不便がないが、フレームが小さいので、アウトドアには不便を来たす。というのは、クリップオンの偏光グラスが乗らないのである。というわけで、眼鏡の上から使用可能なゴーグルを買うことにして、スポーツ館ミツハシに向かう。ついでに、これまでにキャスターが壊れたりして二つとも捨ててしまったスキーバッグの代替を購入することにする。ついでに９８０円でプラスチックのそり＠J用。それなりに納得のいく品物が手に入ってよかったよかった。しかし。ミラーグラスのゴーグルをかけると、Jが「怖いこわい」といって泣くのは、どうしてなんだろう。

  2008.01.19

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• BIRD会議

  今日はBIRD会議の日．現在チームで作成中のデータベース仮称SAHGにもりこむための情報などを整理する．Piyotaはプレゼンが当たっているのだが，昨夜は飲み会になってしまったので準備ができていない・・・というわけで，今朝は早起きして，京都駅近辺のネットカフェで新幹線の時間まで資料集め．その後，新幹線の中で資料作成．Epsonのノートパソコンのバッテリーの持ちがここ最近低下していて，下手すると90分持たないくらいの状況．京都→品川間持たないというのはちょっと問題だなあと思いつつ，PCを新調する気にはなれず，悩む．BIRD会議後，新年会とのことであったが，三連休もいろいろ育児することになりそうだったので，日帰りで帰ってくる．平成２０年最初の一週間，終わってみてともかくかなり蓄積疲労がたまっている模様．ビール飲んで弁当食って，桜庭一樹の小説（創元推理文庫）「少女には向かない職業」読了（すごくよかった）．そこまではよかったのだが，新幹線の座席に本を忘れてきてしまった．かなり参っているといえよう．やれやれである．

  2008.01.11

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• 仕事始め！

  今日から仕事始めである．昨年末に論文２報を投稿状態にする予定が，結局１報どまりであったことは残念であった．だがともあれ，今日はまだ事務仕事などもたまってはおらず，比較的ゆったりとした気持ちで，まずはメールの返事などを書き，それからインターネットやその他のデータベースで情報検索を行って研究のネタをしこんだりする．現在興味のあるネタは，PDZドメインやその他のこれまで蛋白質結合に関わると考えられていたドメインの脂質結合能に関してである．CREST研究計画書など京都大のS先生に頼まれていてまだ書き終えていなかったH20年度のCREST研究計画書の細部のツメ，などを行いそれを発送した．

  2008.01.04

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• 宮部みゆき「誰か」

  寝正月基本的には今日は一日寝正月，の体勢である．だが年末から正月にかけて鎌倉の実家に帰っていたせいもあり，家に食い物がない！しかたがないので北大路に買物にいく．だが混むかもしれないのがいやなのと，Jにお散歩をさせたいのと，で電車を使って買物に行くことにする．それが今年の初市．Piyotaは北大路ビブレのLL-Beanでフリースを買物する．宮部みゆき「誰か」そんなわけで，新幹線移動中も自宅にいる間も，この正月ほとんど読書していなかったのだが，ようやく本を読み始めるだけの余裕がでてきた．そこで，読んだのが宮部みゆき「誰か」である．さて，この「誰か」，日常で起きた交通事故の調査を依頼された主人公が，交通事故の真相とは別に被害者の家族の秘密をも暴いていってしまう，という哀しい物語なのであるが，主人公のの人物造詣がちょっといい．ある意味「癒し系」の探偵なのである（いや，本業は雑誌の編集者なのであるが）．主人公は、大コンツェルンの今多コンツェルンの会長の箱入り娘のセクハラを救ったことで，ひょんなことから娘婿になってしまった，しかし財閥経営陣に食い込む野心のまったくない，杉村三郎．この，本職は探偵でもなんでもない，庶民派の子煩悩な家族を大切にする彼が，特別な捜査テクニックやコネなどを全く使わずに，「取材」をしていくと・・・・最終的には意外な謎が，という作品である．宮部みゆきの他の作品，たとえば最近ではアニメ化もされた「ドリームバスター」などと比較して，あまりにも地味で，あまりにも読後感が暗いため，他のブログなどでは評価がわかれているけれども．日常的なミステリを人物造形と描写で読ませる，宮部みゆきの筆力がとてもよく堪能できて，一気に読んでしまった．秀作である，とPiyotaは思います．

  2008.01.02

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• あけましておめでとうございます

  あけましておめでとうございます．Piyotaは今年も迷走を続けるでしょう．もう少し心にゆとりをもった生き方をしたいものです．まあ立ち上げたばかりのラボ，最初の一年目はとてもいそがしいでしょうけれども．大晦日深夜昨夜夜遅く，環境がかわったせいなのか，それとも紅白を見るために夜更かしがしたかったのか，Jが夜中23時30分くらいまで寝付かなかった．それを無理やり寝付かせようとYokotaがかりかりしていた．感情的にかりかりしても寝ないものは寝ないのだが．まあ，Jも，まだ2歳なので紅白なんてみたってしょうがない，なんてことはまだわからないに違いない．初詣今日は初詣をして，そのあと午後から新幹線にのって京都に戻る予定である．というわけで今年の初詣は建長寺．建長寺から半僧坊まで歩いて登る．のぼりの階段はPiyotaが抱っこしてあがったが，くだりの階段(結構段数がある）はJは頑張って全部歩いて降りた．まだまだ弱ッちいけれども，歩く力はすこしずつついているみたい．これからもどんどん鍛えよう．晩御飯晩御飯は京都駅新幹線構内で買ったちょっと高級なお弁当．それなりに満足度はたかかったけどJはたべたりたべなかったり．つかれたのかもね．

  2008.01.01

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• 神戸バイオサイエンス研究会，他

  論文投稿最終段階さて，連休明けて今年ももう日がない．昨日は一日中，なんとか今年中にExp Cell Resに論文を投稿しようと，いろいろと頑張ったのだが，まだまだ書き直すところが多く，結局オンライン投稿までには至らなかった．ただ，名工大のTT先生から，いろいろと役に立つ助言をいただく．それから京大のS先生からも，ここの議論がわかりにくい，という指摘をいただいた．そういう変更点を盛り込んで，本文の修正追記は無事完成した．あらたに参考論文も加えて，カバーレターもおおよそ完成した．だが，web投稿直前というところになって，大きな瑕疵が発覚する．なんと，入れなければならないはずのSupplementary Figureがまったくできてないではないか？いや・・・・まてまて？この図は，以前投稿したBBAの論文の図と，かなり校正が近く，配列を直すだけでいけそうだぞ？？というわけで，至急論文の筆頭著者のNTさんに発注する．なんとか年内に投稿に行き着けるだろうか？だがともあれ，主著者の人がラボに在籍しているうちに論文投稿作業ができるというのは，主著が既に移籍したり卒業したりしてしまっている状態に比べると，ともかく非常に楽で対応も速くていい．この良さは，そうでない場合の不便さ歯がゆさを味わった人でないとわからないであろう．臨時教授会は大いに難航さて26日である．午前中，本日夕方開催される神戸バイオサイエンス研究会の，Piyotaプレゼン分のパワーポイントファイルの準備に明け暮れる．小康状態を保っていた，ないしは快復に向かいつつあった風邪が悪化の兆し・・・よくない．でもって今年最後の臨時教授会に出席するわけであるが，臨時ということもあり議題も少ないはずで，4時には終わるであろう，ともおもわれたこの会議が，ともかく難航につぐ難航．新たに採用することになっている臨床系の先生の案件で，もめにもめているらしい．詳しいことは絶対かけないのだが，簡単にいうと，「部外者であっても影響力のある誰かに非常にネガティブな評価をされてしまうことの不幸」に尽きる，と思う．少なくとも，関連学会などの重鎮に悪い印象をもたれるようなことはしないほうがいいんじゃないだろうか？医薬基盤研究所M先生セミナー教授会がのびたので，ついついセミナー開催ものびてしまい，Piyotaが遅刻してしまい皆に迷惑をかけてしまった．M先生の話はわかりやすく，おもしろい．今回は配列情報解析の基礎とトレンドを含めて非常にわかりやすい話をしていただけた．hoirige葡萄舎（ホイリゲぶどうや）ということで，セミナーのお礼とラボの忘年会をかねて，神戸は生田神社の旧大鳥居そばにある，ドイツオーストリア料理屋にワインをのみにいくことにした．お店の名前はhoirige葡萄舎である．でもでも　＞＿＜教授会の会議室が肌寒かったせい，セミナーで体力を使い果たしたせいで，急速に風邪が悪化してしまい，味もほとんどわからない状態．咳を他人にうつさないようにこらえつつ，ワイン3本寄付も，一番かるいワインだけ飲んで，結局おいしさを堪能できませんでした　＞＿＜残念　また行きたいなあ

  2007.12.26

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• クリスマス

  クリスマスということだが，特にイベントはなし．おうちでクリスマスである．先日の生物物理で体調を大幅に壊し，消化器系の不調でかなり弱っていたのが，ようやく直ってきたかなという感じ．年賀状を仕上げるはずが全く手付かずである．それと，現在欧州で活躍中の卒業生のKSさんが，次の職探し中ということで，何箇所からかいわゆる英文のreference letterの要求が届いているが，それを作成するだけの余力もない．Jを寝かせるついでに，何時間も眠りこけてしまう．蓄積疲労がピークに来ているということだろうか？

  2007.12.24

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• 大掃除・論文受理通知

  おそらく、いわゆる冬季のお腹に来る風邪、大概がノロウイルスが原因だと思われるあれ、に感染した模様だ。確かに、先週はJの食欲がなく、そもそもJはヨドバシカメラの帰りに外食で戻したりしていたし、軟便調で色も白っぽかったしで、調子が悪かった。潜伏期間が３日くらいとすると、計算もばっちりあう、というわけで、昨日は丸一日布団とトイレの間を這うように往復してすごしたのだが、ようやく今日になり、復活しつつある。というわけで、Yokotaに促され、コーナンに買い物に出かけ、大掃除を前倒しで行うことにする。台所周りと押入れを片付けるというコンセプトの元、押入れ収納用の金属製のワゴンを二台くみたてて、いろいろと収納力アップに努める。ついでに、押入れの中に死蔵されていた電熱鍋（鉄板つき、大型）を発掘、それを梱包してラボあてに発送する。ラボには何らかの宴会設備がないと、もりあがらない、というポリシーなのである。だが、ちょっと活動するとすぐ眠くなってしまう。Jと一緒に昼寝するが、それもいつになく長時間であり、体調は本復しない。本来ならこの連休で年賀状を片付けるはずだったのであるが・・・・ぜんぜんだめだめである。さて，そうこうしているうちに，京都大のT先生から，大学院生KI君の最初の論文が米国化学会のBiochemistryに受理された，というメールが来た．T先生が分子生物学会中にreviseされていたのは存じあげていたが，基本的には再投稿して，ほぼすぐに受理通知がきたらしい．KIくん，おめでとう！ただし京大大学院工学研究科は，そう簡単には学位がとれません．主著論文が三本必要です．KIくん，残りも必死になって頑張れ！！

  2007.12.23

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• 生物物理学会

  やれやれ。昨日は結局、G-COE研究発表会のあと、もう二時間だけ、PCでパワーポイント用の素材を作り、それをノートPCにコピーして、新幹線に飛び乗った。新幹線の中で神戸名物ビーフステーキどんぶり弁当を食べて元気を出そうと思ったのだが、妙にもたれて消化できず。車内ではほとんどうつらうつらと睡眠し、予定していたパワポ作成もはかどらないまま、ホテルへ直行して、とりあえずまた睡眠。体調最悪なので、連泊の予定を一泊に変更して、明日はセッション終了後帰宅することに急遽予定変更である。で、泥のような眠りの中、今朝は早くから起きだして、ぎりぎりまでパワーポイントファイルの作成。ホテルの前からタクシーで会場に直行し、9時丁度にワークショップ会場に入場して、デスクにPCを預ける。やれやれ、である。さて、生物物理におけるこの「蛋白質の揺れ動く実像を捉える」というやたらマニアックなセッションは、マニアックにもかかわらず、そして初日の午前中というのにもかかわらず、ともかく盛況であった。こういう方法論ばかり集めたセッション（しかも若手中心）が大盛況というのは、非常に喜ばしいことである。揺れ動く蛋白質の実像という切り口も、これまで静止画中心で進められてきた蛋白質の構造生物学の閉塞感に対するアンチテーゼとして、よいのかもしれない。揺れ動いている蛋白質に対して静止画の「分解能」なんていくら議論しても枝葉末節さ、という観点から、Piyotaにとっても都合がいい。なお6人の講演者の中のPiyotaも含めて3名がintrinsically unstructured proteinに言及した。旬のテーマというか、そろそろ手垢がついてきた、というべきか。ここらで固めて論文発表をしなければならない。N先生なんかに負けていられないのである（w無事ワークショップ終了し、食欲がまったくないのだがとりあえずセッションメンバーと昼食（タイ風汁なしラーメン）をとり、会場を離脱。新横浜駅のプリンスホテルPePeの伊東屋の出店で毎年恒例のALPSの横長美麗写真のカレンダーをゲットして帰路に。帰宅直後、風邪は悪化して腸を直撃。いわゆるノロウイルスであるらしい。

  2007.12.21

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• G-COE研究発表会と分解能至上主義に対する批判

  忙しくて毎日日記をつけておくだけの余裕がない・・・昨日は午前中講義。これでPiyotaが今年度担当すべき講義はすべて終了、やあれやれ、である。その後、午後生物物理学会のためのデータの準備。スペクトル変化をプロットするためのベースとして、VIPペプチドのホモロジーモデリングを行う。20日、午前中は生物物理の発表準備に明け暮れる。ようやく結論のスライドなどができるが、まだパルスプログラムなどは打ち込めていない。明日九時開場だというのに・・・ともかく午前中は必死になって素材を集める。午後は一時から約3時間の予定でG-COEの楠地区A班の研究発表会、実に面白い。特にK先生のところの大学院生のPLCeの話が素晴らしく面白かった。ホスホリパーゼ、奥が深いなあ。それといろいろな細胞接着受容体も面白い。だが研究を聞いていて、クリアカットな話を仕上げるのは難しいな、と感じた。セミナー終了後、大学院生と廊下で立ち話。我々が目指す構造生物学において、構造の分解能というのはどれほどの意味があるのか？という点である。というのはセミナーの中で、とある研究員の人が、高い分解能を目指すためにあえて迂遠な戦略を目指す、ということを強調していたのがPiyota的にはひっかかったからである。PiyotaはもともとNMR構造の専門家であり、NMR構造がどんなにがんばってもX線構造の分解能に及ばないことを知っている。また、解析プログラムや精密化方法を工夫することで、NMR構造も少しはましなものに出来ることも知っている。だが、はたして分解能を上げることで、我々のラボの目指している構造生物学は発展するのであろうか？最近論文を投稿して玉砕した経験からすれば、少なくともNMR構造に関する限り、RMSDをいくらよくしても、また複雑な測定を増やして構造のprecisionやaccuracyをいくらあげても、Protein Scienceの論文がJMBになることはあってもそれ以上のジャーナルになることはないのではないか？というのが現時点での諦観である。では複合体の構造を解いたらそのほうが価値が高いのではないか？確かにそう思っていた時期もありました。だが結局のところ、人気分子の人気インターフェースでない限り、マニアックな分子のマイナーな複合体構造を解いたところで、面白い生物学的論文にはならない、というのが現在の考えである。では構造生物学の醍醐味はどこにあるのであろうか？ここはやはり理学の本質に立ち戻って、「生物学的に本質的な・新規な概念の提出」または「生物学的に本質的な問いへの解答」ができるかどうか、そこに尽きると思うのだ。では、何が本質的・新規な概念であり、本質的な問いなのであろうか？それは、蛋白質それぞれのシステムに依存して、あるときは複合体の分子認識であり、あるときは分解能勝負の1オングストロームに満たない構造の微細な差であり、あるときは基本フォールドそのものであり、あるときはドメイン単位での大きな揺らぎであり、あるときはループの運動性である。それらの問いや概念の重要性は、永続的なものではなく、その分野・システムでの蛋白質の研究のステージに応じて、刻々と変わりうるものではないか、とPiyotaは愚考する。そんな枠組みの中で、初めて意味のある問い、本質的な問いというものが存在するのであろう。そうした全体像を見渡してみると、構造解析における分解能の役割は決して高くない。仮に構造ベース創薬にしたところで、水素結合一本の切った張ったが必要になるステージは最後の最後なのだ。ましてや創薬とは関係ない分野で、金属配位も化学反応中間体も関係のない分野において、高分解能に拘りすぎるのは、どうかなあ？　なんて話をYK君としたのである。そういうわけで、Piyotaが現在考えている構造生物学の中でもっとも重要な位置を占めるのは、変異体作成実験とインタフェースの切り分け、である。それと、これはH20年の課題になりそうな気配であるが、「生物学的に分子のリクルートとはどんな現象なのか？」である。いずれの話題も、テーマとしては特に高分解能は必要なさそうなので、ちょっと安心している。

  2007.12.20

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• 講義の準備

  いったんは直ったはずなのに、風邪がぶり返しつつある。土曜日に冷えたのがいけなかったのか？明日の講義の準備に明け暮れる。対象は二年生。結果的に、折り紙・家族マージャン・暗号解読、という三大話にすることになった。まず、蛋白質の構造と構造解析に興味をもってもらうために、「これはなに？」というクイズを用意する。そのために、折り紙シミュレーションソフトみたいなものをダウンロードしてみる。折り紙の展開図から、出来上がりを直感的に理解できるか？というもの。蛋白質のフォールディングもそれに類する問題と捉えることができるかな？あと、正月休みはみんなで家族マージャンをしてすごしましょう、という話もする。でそれらがみな暗号解読というキーワードでまとめられるかも、という話にする。これまでの例でいうともっとも食いつきがいいのは構造ベース創薬のところ、たとえばタミフルの話なのであるが。創薬、悪くないんだけれども、もっと別の構造生物学の使い道ってないものなのかなあ、と最近食傷気味のPiyotaは、若い人からアイデアを募集してみる。大学院生・ポスドク募集中の広告、いまだレスポンスなし。

  2007.12.18

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• 主鎖帰属、NMRデータ処理その他。

  21日の生物物理学会に向けて必死のデータ処理とパワーポイント作成である。NMRの解析とスペクトルの表示、スペクトルへのラベル記入、そのポストスクリプト出力作成などには、P-ROIシステム＠神田先生＠九州大を活用する。このシステム、NMRDRAW（by F. Delaglio@NIDDK）をベースとして、その上にピークラベルを打ち出して、それをPSで出力するときには非常な威力を発揮する。ただし、論文作成用の図とかパワポファイル用の図を作成するときには、小回りが利かない。つまり、自宅で解析に使用する際のプリントアウトには都合がいいのだが、打ち出しの図の縦横比を微調整できないのである。さて、どうするか？解決策はviで.psファイルを直接編集、なのである。これ、実は簡単。viの検索機能で/scaleと検索してみて、そこにある縦横比を記述してある数値を適当にいじってみればよい。ポストスクリプトはベクトル記述の言語で、このscaleの数値がすべてのスケールの係数としてかかるので、ここ一行の変化で好みの縦横比に変更できるのである。さて、ここで好みの縦横比を使ってしまうと、ラベルのフォントがゆがんでしまう。そこで、変換後にフォントがきれいに見えるように、フォントのスケール係数も別途変化させてしまえばよろしい。/scalefont /makefontあたりの検索後でファイル内を検索して、そこに記述してある数値を適宜いじってみると、フォントの縦横比がこれまた任意に変更できる。この二つの組み合わせで、みため美しいHSQCスペクトルが出力できる。さらに/setrgbcolor　/setlinewidthあたりのパラメータを適宜調整して、線の太さなども変更し、できあがり・・・・やれやれ。あともうちょっとだ！

  2007.12.17

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• 物欲番長番外編

  昨日は保育所の「生活発表会」で、多くの父兄がご子息の動くさまを必死に動画で記録していた。それに大いに刺激を受けたのか、Yokotaが朝からビデオカメラを買いにいくと宣言、年末商戦まっただなかの、京都駅西口ヨドバシカメラにでかけることにする。で、結局購入したのは、SONYのHandyCam HDR-SR7という奴。値段はあまりまじめに比較しなかったが、割り引きがいろいろあって他社製品とくらべても価格競争力は高かった。で、ともかくHDDを60GB装備していて、最長LPモードで22時間の画像が記録できる（らしい）。画像もきれいで動画で有効画素数220万、静止画総画素数610万とのこと。画質はハイビジョン画質とスタンダード画質が選べ、ハイビジョンAVCHDにはビットレートでさらに4段階（LP→XP)モードがあり、AVCHD-LPで最長22時間、AVCHD-XPで最長8時間の記録が可能である。ただしバッテリーのもちは悪く、本体付属品で連続撮影をすると45分しか持たない。これは困る。ところで、このAVCHD規格なのだが、どうやらこれを編集するソフトとパソコンの組み合わせが限られているようなのだ。具体的には、本体に付属しているPMBというソフトを使わないことにはAVCHDモードでのDVD書き込みもできないし、それをSD画質モードに変換してDVD-videoに焼くこともできないし、変換は時間がかかる、らしい。ではこれをVAIOを購入すればもっと高速に簡単にできるのであろうか？というとどうもそうではないらしい。追加情報を検索する必要がある。だがともあれ、ほかのAV製品ならともかく、PCとしてVAIOは買いたくないというのが本音なのだよなあ・・・・・

  2007.12.16

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