piyotaの【ちぇブラで行こう】
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むぅ~~~~。Piyotaはなぜか、この4月より7つもの委員会の委員に任命されているのであるが、正規の常置委員会の職務もそれなりに大変ながら、WG(ワーキンググループ)のほうの活動もそれなりに大変であるのだ。今日の活動は一種の渉外活動。神戸市内の別のとある名門大学にお邪魔して、意見の摺り合わせ・・・・いやあ、それがもめる、もめる。どんな内容でもめたのか、とかはちょっとここでは書けないのが悔しいが、書かないでおいておくと悔しさを忘れてしまうので、たとえ話にして書いておくことにする。たとえれば、久しぶりに年賀状の交換が復活した「遠い親戚」が、いきなり夫婦げんかの仲裁に呼ばれたような感じ。あるところに共働きの夫婦がいた。夫は研究関連、妻は教育関連に就いていて、なんとか家計はまわっていた。夫はどちらかといえば研究関連の副業もしていた。何年か前に、税制が改革されて全体的に税金があがり、副業には厳しいような状況になってしまった。これまで、夫の趣味と実益を兼ねた副業があまり家計の役に立ってないと思っていた妻が、この機に副業のための原資となっていた夫の小遣いを全部カットしてしまった。しかし制度改革に伴う家計のピンチである、夫は泣く泣く副業をやめることにし、ここ数年、本業にいそしんできた。多くの同好の志も副業をやめちゃったり、大幅縮小してしまったようだ。しかし、少子化などにともない、妻の本業の教育職の将来がだんだん不安になるような状況が出てきた。いまのタイミングで副業を復活させておいたほうが、リスク分散につながるのではないか?いまなら税制の特例で、副業にかかる投資の控除がうけられそうだ。だが、妻の説得がうまくいかない。最近、交流が復活した「遠い親戚」は、むしろ副業のほうで親戚内には有名である。副業のほうの共同経営者になってもらうついでに、どうか税制の特例について説明して、そのついでに妻を説得してほしい・・・・そんな感じ、である。Piyotaの個人的意見。「夫婦喧嘩は犬も食わない」。よそでやってほしい。夫婦喧嘩の仲裁に外圧を利用するのはやめたほうがいいんじゃないの?午後、GCOEの委員会昨年度の実績報告書を急遽とりまとめて、本部に送って、文部科学省に送らなければならないのだそうだ。大急ぎでやらなければならないのである。ということで、とりまとめの作業分担を。PiyotaとF先生とで、結構重要なコアの部分を引き受けることになった。
2008.05.15
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新メンバーいろいろ大学院全体レベルでのしくみ改正やらなにやらがあって、きょうからラボに新メンバー二名が合流。昨年から一緒に仕事をしていたSくんと、新人のWくん。Wくんの風貌は、昔計測に所属していたKくんを髣髴させるので、ちょっと話題になる。ところで、そのあたりの所属変更の委員会での承認が完了したのが昨日、正式の許可は本日の午後の会議、ということなので、学生さんたちへの連絡がちょっと遅れた。そのせいもあって、Sくん、初日から遅刻・・・やれやれ?セミナーまあともあれ、午前中はセミナー。きょうはYKくんは京都大で論文リバイスのための打ち合わせで欠席。Kくん、Mくん、微速前進中。M先生、変節か?ここしばらく、研究員Fさんに、FさんとPiyotaの以前の上司であった、あのM先生のラボから最近出版された構造生物学の論文を、おもにその着眼点や論理構成を学ぶために、読んで学ぶ、というコンセプトでセミナーの時に簡単にアウトラインを紹介してもらっている。今日のお題は、とあるDNAに結合するマルチドメイン酵素の(フリーフォーム)の結晶化の論文。読んで紹介してもらって、論文を通すための苦労がありありと読み取れる。論文を書いている時の(あるいは主著者のNさんとのディスカッション中での)、M先生の苦渋の表情が目に浮かぶような、そんな論文。だが、こういう論文が、それでもそれなりの立派な雑誌に通ってしまう、というところに、X線構造生物学のここ数年の急速な衰退の遠因があるのではないか、と思ってしまうのだ。マルチドメイン蛋白質の結晶構造から、やれオープン構造だのクローズド構造だのを議論しても、結晶場のアーティファクトを過大評価してるだけ、みたいなことにならないか?せめて、そのコンフォーメーションが優位な量で溶液中に存在していることを示すSAXSかMDシミュレーションを示すべきではないか?X線結晶が語る真実が強力なだけに、X線結晶がもたらす科学のミスディレクションもまた重罪である。会議、人事問題で大荒れ例の事件の終結宣言なども出され、委員会報告も淡々と進み、神戸大学のヘンな内規改正への圧力とか、本部キャンパスの頑固なとある委員会委員長への批判とか、今日はさくさく進みそうだ、と思ったのだが。最後に、大荒れの内容に。採用に関する人事案件で、議論百出。学位を持っていない人を助教以上の待遇で採用するかしないか、という、2月くらいにも一度大激論になってしまった議論が、ふたたび再燃した。さらにそれにからんで、利益相反と某IT企業の不手際に関する現場での不満の噴出と、が一斉にまきおこり、会議、のびるのびる。やっぱり学位は大事。
2008.05.14
会議2件、長電話1件午前中、大学の建物の改装工事のためのラボ移転ヒアリングが開催される。「事件」のおかげで、移転のための委員会が延び延びになり、財政難のために、大々的なラボ移転計画が大幅に縮小され、それでも地下室に1部屋、あまり使い道のなさそうな部屋を大型の計測機器の設置場所として確保したのであったが・・・・その後、現時点でその部屋に大量に存在している、施設(機械)の撤去作業の工事が、今年度導入予定の装置の納期に到底間に合わないことが判明したのであった(残念!)。というわけで、Piyotaのラボの地下進出計画は、ヒアリングわずか30分で断念することになったのであった!13時、外部予算獲得のためのWGの委員となったので、そちらのMTG。およそ60分くらい。うちの大学の他の先生のアクティビティーが理解できていないので、あまり有効な助言ができない。横浜にいたときにN先生のおかげでさんざん勉強させていただいた、地域結集がらみの役割を申し出る。日本の6年制薬学教育を憂う15時、先週開かれたもう一つの「戦略的なんと事業WG」の件で、Piyotaのことをいまだに「ちゃわん」と呼ぶ、大学院時代の大先輩、K大学薬学部のM師匠に電話で取材をお願いする。制度開始後2年がたって、薬学部6年制教育について貴重な現状を教示していただく。明日開かれることになっている会議に関連する、PiyotaたちのWGの最大の興味は、その6年制の薬学部の上につくられることになるはずの大学院薬学研究科(4年制博士課程)の教育内容やカリキュラムについてである。6年制の医学部・歯学部の上に作られている大学院博士課程が4年であることを考えると、薬学研究科も4年制を採用せざるを得ないはずなのであるが、現行では経過措置で4年制薬学部+修士課程2年+博士課程3年の大学院が多くの、特に国公立大学に存在している。それとの整合性はどのようになるのか?特別なカリキュラムが必要になるのか?しかし、それにしても薬学の修士課程2年間における基礎薬学・創薬関連の教育が日本の製薬業界に果たしてきた貢献は非常に大きいと思うのであるが、その「よい点」が急速に失われてしまうというのはいかがなものであろうか?
2008.05.12
鴨川の川原にて、Jとお散歩。園芸店で枝豆とゴーヤの種を買う。Jが、箸にさした鳥のから揚げをもって、にこにこと走り回る。ご飯粒に、ハトがむらがる。アオサギやカモも、パンをもらいにやってくる。鴨川の浅瀬には、3cmくらいの稚魚が群れている。小さなエビもまじっている。ちょっと風が肌寒いけれども、おだやかな一日。空には、トンビ。
2008.05.11
(1)雨西大路ジャスコ(ダイヤモンドシティ)まで車で買い物に行く。途中、西松屋で子供服をゲット。Jがサーモンをたくさん食べる。(2)電話。雨の休日の大学からの電話はこれまで縁起が悪いニュースが多かったのだが、今回は別。これまで全学で停止中だった遺伝子組換え生物等を使用した実験の解除がなされた。本部がどういうふうに動いているのかがよくわからんが、どうやら記者会見があったようだ。とりあえず月曜日朝1の仕事が一つ増えた、ようだ。なお、関連記事が、読売や産経新聞や神戸新聞にちらほら。事件に関与した大学院生の数まで発表されたらしい。(3)ECRフォントの不都合でSupplementary Materialファイルが開けないらしくて、reviseの査読が止まっていると編集部から連絡があった。月曜日の緊急の仕事がもう一つ増えたようだ。
2008.05.10
朝一からラボに出て、講義のための資料を印刷。それから講義。緊張のせいか、寝不足のせいか、腹痛が始まる。そもそも、昨夜は計4時間未満しか眠っていないのだ、歳のせいか、こういう生活サイクルがめっきり体にひびくようになってしまった。午後はもうほとんど放心状態なのだが、WEB委員会関連のめんどくさい仕事が山積。明日の午前中ももう一つ講義。例によって何にも準備ができていない。どうしよう。明日は、講義→会議→会議、である。
2008.05.08
うちの大学の遣伝子組換え実験にからむ「事件」のおかげで、他の研究室における適正使用の実態が精査されている。その一環として、遣伝子組換え実験安全講習会の徹底と、ミニ試験が開催されたのであった。Piyotaは当然それは受けなければならないのだけれども、実は委員でもあるので、試験の採点も行わなければならない。というわけで、講習会後に会場に缶詰めになって、一斉に採点★・・・・しかし、この試験問題、なかなか微妙な設問で、考えすぎるとかえってひっかけにあったりする問題なのであった。そのせいで、試験後の自己採点?でTT先生とDH先生がそれぞれヘコむ結果になったのであった。考えてはだめなのさw
2008.05.07
晴れたので琵琶湖までドライブ花園橋→途中トンネル→堅田→浜大津という微妙に無意味な遠回り。途中、釣具屋で2000円で短い渓流竿と、ミミズ一箱をゲット。これをつかって、ブルーギル釣りをJに見せることが今回の狙い。浜尾大津アーカスのロッテリアで昼食を購入、Yokotaは(その後判明した珍しい感染症とは無関係に)、昨日からお腹の調子が痛い、と訴えていて、食欲がまったくないようだ。昼食後、ミシガン護岸のほど近くで竿をだす。3.6mの延竿に木製の浮子をひとつ、針は海タナゴ、浮き下50cmくらい。餌はミミズの一匹がけ、ブルーギル入れ食い。入れ食いすぎてつまらないくらい。Jは30分で飽きたので船を観に行ってしまう。あと、ミミズを触るのはちょっと恐いらしい。魚はしっぽをつかまえてびちびちさせていた。まだ釣りの楽しみはわからないのかもしれない、ちょっと残念。その後、西武でいくつか買いものをして、山中越えのルートで家路に。山中越えは運転はめんどくさいが、混まないし近いのでよいかもしれない、と思った。実際、自宅から10kmしか離れていないことが判明。また今度連れてこよう、と思った。今日のちょっとファンキーなニュース・・・かものはしのゲノム解読されるhttp://www.afpbb.com/article/environment-science-it/science-technology/2388402/2908952これかな?Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution.Nature. 2008 May 8;453(7192):175-83.PMID: 18464734哺乳類と鳥類と爬虫類の遺伝子のつぎはぎなんだそうだ。進化って不思議・・・・というか、冷静に考えると進化論って本当にあっているんだろうか?とよくわからなくなってくるような。それにしてもこういう記事にコメントするなんて、Chris Ponting先生って偉いんだなあ。
2008.05.06
朽木で清流あそびGW2日目 JとJのいとこ二人とその両親と、7人・車二台で朽木村まで。目的は、清流遊びとピクニック。行きの大原街道はなぜか微妙に渋滞気味。大原に行く車とか観光バスとかで混んでいた模様。朽木新本陣に車を入れて、朝市で買い物。おいしそうなカツサンドとかサバ寿司とか、山菜天ぷら盛り合わせとか、そんなものを買い込んで、河原にでてピクニック(でもめんどくさいのでバーベキューはしなかったのね)。サンダルに履き替えて、川の中に入ると、水がとても冷たい!!河原の草むらにはカエルも。Jもいとこたち二人も大喜びであった。ハーブガーデンで買い物帰り道、葛川のあたりにある国道沿いのハーブのお店に立ち寄る。しゃれた感じのハーブ専門の園芸店で、いい感じの店構え、リーズナブルな価格、周りをとりまくシャガの自然の群生(売り物ではない)。ブルーベリー一鉢とフェンネル二株を購入。帰宅後、フェンネルは池の傍に植える。ついでに、昨年の残りの枝豆の種を植える(追記:後日判明したことだが、これは結局発芽しなかった。教訓、枝豆の種の発芽期限は一年!)
2008.05.04
MINI STOPのソフトクリームがGW特別価格の120円だった。Jは従兄弟二人と大はしゃぎ。--------------------------朝日新聞に敬愛する内田先生の大阪府知事橋下府政に対する批判(コメント)が載っていたのだが、内田先生のブログを見ていたら数日前の記事にネタバラシがあった。http://blog.tatsuru.com/2008/04/29_1124.php一週間くらい前かな、京都駅から家までタクシーにのって帰ってくることがあって、そのときにタクシーの運転手さんとずっと橋下府政の話をしていたのだけれども、その時に出てきた意見と、今回の内田先生のブログの主張の内容が、同じだったので、ちょっと嬉しかった。ようするに、橋下さんは、「コストを削減する話」ばかりをしている。「コストを据え置いたままで行政サービスを向上させる話」とか、「行政サービスを据え置くために、府の税収を増加させるための話」とか、はどこにも出てこない。そういう人が、選挙で通ってしまう。内田先生の仰る士気を保つ必要性云々、の話はまあおいておくとしても。経営者として集団のトップとして、ただのけちん坊というのはいただけない。さて、では橋下知事が当選してしまった元凶は誰か?といえば、対抗候補だった元阪大教授の不甲斐無さに尽きると思う。
2008.05.03
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緊急招集・本部ヒアリング昨晩、夜10時ころメールがきて、今朝は9時半から事務棟で、本部のDNA安全委員の人がくるから、ということでヒアリングの招集がかかった。どうでもいいけれども昨日と今日と、キャンパスのLANの通信状況が悪い。きっとメールが見れなかった人が続出するだろう。それにしても、ここ数日、この手の緊急アンケートが続いている。事態は終息するのであろうか?作文依頼日本語文書一件,英語文書一件。日本語文書は上層部からの直々の直電。おろそかにはできない、ということで、全力を尽くす。英語文書のほうは、以前自分がもらった海外の学会を参考に作文をするが、経験が乏しくあまりマシな英文にはならない。やれやれである。PC修復ハマルWinXPをいれたりLinuxをいれたりしているうちに、よくわからなくなってきてしまった。Winを一つのHDDに複数回いれると、わけがわからなくなってくるのである。それと、Winが入っている状態で、Linuxの側のパーティションを統合したり再フォーマットしたりすると、Winが立ち上がらなくなるのである。そんなこんなで、なんとか最終的に立ち上がるようになって、GRUBの使い方を覚えた。立ち上がるようになってしまえば、今回中古で14000円で買ったOptiplex GX270 HDS(Pen4 2.6GHz)は、すごくお得で、よい。杉井光著 「さよならピアノソナタ」電撃文庫いやあ、こいつはすごい。この小説は、この音楽(ロック)にすべての情熱を注いだ美少女ハーレム系の小説は、しかし青春小説としての王道と、読む人をにやりとさせる音楽のさまざまなウンチクと、を備えている名作である。杉井光氏の前作、「神様のメモ帳」シリーズも主人公の成長譚として、きちんとツボを押さえていて悪くないなあ、とおもっていたんだけれども。この「さよならピアノソナタ」は、それにもまして、本当にすごい。リリカルで、勢いがあって、キャラもしっかりと立っていて、いうことなしである。
2008.05.02
事件の収集は着々と進んでいる模様で,ようやく多くの先生や事務の人々が平常業務のほうに戻りつつあるようだ.そのせいで,のばしのばしになっていた平常業務関連の書類提出や会議などが一挙に集中しつつある.というわけで,あさ一番に基礎棟改修委員会でも実際には,これまで最大の問題であったすべての基礎系のラボの引越し,というプランがなくなったので,作業などはかなりらくなことになった模様である.我々のグループは,地下にNMR室をいただくことになったので,それだけやっつけることにする.本日の読書ひびき遊 メタルウィッチシスターズ1・2 GA文庫著者のひびき遊についていえば,前々作(デビュー作?)の「天華無敵」のシリーズが,独特の世界観と元気いっぱいのヒロインと実力十分だけど情けないヒーローの取り合わせが最高で,とてもよかった,のである.だが!前作「魔銃使いZELO」で,どうもはずしたようだ.ひょっとしたら富士見書房から切られたのかもしれない.というわけで,今回GA文庫からの登場である,が.む~~~.どうも悪い方向に進んでいると,思う.設定においてもストーリー展開においても,ウケを狙いつつも独自性を出すために王道をはずす,ということを試みていて,しかもその試みがちょっとずつ悪い方向で外れている,といった感じであろうか.今回,1・2巻をまとめて読んだが,三巻に期待といったところであろうか?頑張ってほしいと個人的に応援している作家である.
2008.05.01
面接事件の後始末はまだまだ尾を引いている.今後収集しなければならないのは,学生に対するケアである.ということで,今日は修士課程の教務学生委員会主催による,学生のカウンセリングと希望調査.ぶっちゃけ,研究室が変わることになるのである.それをどういうふうに調整するか?学生さんと受け入れラボの満足度を高めるにはどうすればよいか?問題である.審査こちらも事件の後始末の余波といえば余波.グローバルCOEのプログラムのほうの,RA/TAの審査について,諸委員の先生の都合がつかなくなってしまったので,プレゼンではなくて書面審査となってしまった.というわけで,英文のリサーチプロポーザルに関する審査.英作文英作文の依頼が来ているが,どうしようか?神戸プラザ宿泊.室内内装がクール.机,照明,LANいずれも使いやすい.ベッド寝やすい.
2008.04.30
午前中休養午前中、休養。ともかく睡眠時間が必要。でもメールで仕事が追いかけてくる。池の水の交換池の水が濁っているので交換を。水質が水温上昇とともに急速に悪化。パピルスみたいな鉢植えは冬を越せずに枯死したもよう。なにか水草をいれないと、ということで、ありきたりのホテイアオイを購入。庭の手入れでは、種から芽生えたモミジを多数発見。大きく育つといいな。花壇ににょっきり生えてきた謎の植物は、食べそびれて埋めた百合根からでてきたユリであることが判明。写真の整理とりあえずデジカメ写真の整理など。買い物中古ショップでDELL Optiplex GX270 DHSを15,000円ほどで購入したのが明日ラボに到着する。これを利用してパソコンを一台復活させて、それを利用しようという腹積もり。 本日の読書さよならピアノソナタ・・・・いい!
2008.04.29
なにやら緊急のアンケートが。最近こういうのすごく多いのね。とりあえず片付ける。Molecular Cloningを引っ張り出して、EtBrの処理法のrecommendation部分を熟読する。上層部より急ぎの仕事が。週末サボったことがばれたのか、お叱りの言葉とまではいかなかったが、緊急の作文の仕事が来る。これが来たため、当初予定していた午前中のYK君とのディスカッションをキャンセル。例の斜め上、のFさんがなにか質問したさそうに来ていたが、こちらも却下。学位持っている人は自律的に動いてくれ、と切り捨ててしまう。試験問題作成の依頼が。午後は、別件で大至急、うちのラボの本業に係るような内容を問うような試験問題を。3題作成して、助教のT先生に見ていただいて、そのうち2問を採用とする。TT先生@名工大 来訪2時間ほどいろいろな問題についてディスカッションしていただく。NMRによるデータ追加のための、打ち合わせ(TT先生の論文のreviseのための作戦会議、など)。淡々と、堅い仕事で、着実に成果を切れ目なく出していく、というスタイル、好感が持てます。会食はキャンセルそんなわけで会食をキャンセルして、電話応対やメールの返事かきにいそしむ。と、ようやく、時間がとれそうになったので、午前中にキャンセルしたYK君と、学位論文の基礎になる論文書きの打ち合わせができる。いろいろ話しているうちに結局8時過ぎになってしまったので、ようやく帰宅、やれやれと思いきや、JRが事故で遅延。なかなか楽をさせてもらえない。本日の読書垣根涼介 クレイジーヘブン 幻冬舎文庫主人公の一見まっとうなサラリーマン生活を演じつつ、胸の奥に秘めている狂気と兇暴性が、実にクール。不可抗力で犯罪に巻き込まれて、道をはずれた行為をしてしまい、居場所を失って逃げることになる、という話なのであるが。似たようなストーリー展開と似たようなクールでタフな主人公が出てくる小説として北方謙三のものがある。だが垣根と北方とで、明らかに違うのは、北方の場合はしばしば破滅的な結末を迎えること。垣根の場合には、主人公の逃亡先に、なんともユーモラスな希望が残されているのである。
2008.04.28
写真だけアップします外聞をはばかるので?ほとぼりがさめるまでどこに行ってきたかは書けない。うまれて初めて飲んだシェリー酒は気に入ったけど味は予想とちがった。ドライな白ワインにドライなグラッパを足した感じ。Jの写真とかパレードとかもたくさん撮ったけれども、今回は芸術的?な作風の写真ばかりこちらにアップしてみました。あと、ひまわりの湯(温泉)は最高っす。
2008.04.27
午前中生化学の講義午前中は生化学の講義。酵素の活性の制御機構について、など。アロステリッ機構とか。今回の講義の一つの主題は「http://www.expasy.ch/ はエロサイトではない」であった。緊急の学務教務委員会Piyotaは今年度から、委員会に委員長一つ、副委員長一つ、それ以外のWGなども含めて全部で9つの委員になっているのである。忙しいのである。今回は緊急の教務学務委員会で、とある行き場を失って卒業できなくなりそうな大学院生たちをどうやって指導するのか、という話。職場放棄GWは暦通り出勤予定。4月前半に温泉旅行を企図していたのだが、Yokota多忙につき、流れてしまう。上層部からの緊急事態宣言・待機命令を押し切って、職場放棄で夕方5時にラボを出て、びくびくもので、新神戸→京都と新幹線で遁走。更に京都に乗り入れている某長距離私鉄の特急に乗りこみ、南東の方角へ遁走。リゾートだぃっ。ただし、万一に備えてパソコンはしっかりもっている。ストレスで体調が悪い>_<。なんとかリラックスしたい~~>_<
2008.04.25
(1)Exp Cell Researchの投稿論文のリバイス作業が完了した。長かった。集中しすぎたせいか、それとも蓄積疲労か、体がばてばて。明日の講義の準備がぜんぜんできない。どうしようか。(2)緊急呼び出し。昼食の最中にケータイがなって、大学上層部から緊急呼び出し。重要な作文の草案作成を依頼される。もちろん引き受けるが(断わるという選択肢がないのだが)明日、講義なんだってば。(3)斜め上。うちのラボの新メンバーのFさん。視線が斜め上を見ているというか、直前とか足元とかをまったく見ていないというか。あまりに頓珍漢な質問をされたので、瞬間湯沸かし器のようにブチ切れてしまった。まあともかく、そんなにやりなおしの効かない人生なんだから、現在(現実)を見つめて考えて行動してほしいな、と。でもまあ、言われてわかるようなら、・・・略(4)そしてまたリバイス。YKくんの投稿中の論文、Protein Science。9週間放置されたあげく、Accepted with major revisionという裁定が下った。よいんだか、悪いんだか。Piyo的には、ようやく一つ終わったのに、また次の論文リバイスか、という感じだが。だがまともに対応できれば、YKくんの年度内の学位取得という線が見えてきた。良いことなんだろう。「本当の戦いはいまはじまったばかりだ!」というありきたりのエンドロールが耳のなかで谺する。
2008.04.24
(1)セミナー水曜日の午前中はうちのラボの文献セミナーである。今年度からラボに加わった修士一年の学生2名に、毎週一本の予定で論文紹介をしてもらって、それに関する知識を増やしてもらうというのが目論見である。これまでまったく分野の違う学生さんに新しい分野の論文を読解する能力を身につけてもらうのはなかなか大変ではある。だが、実験そのものを行う時間を短縮することができない以上、何かを要領よく遂行しようとおもったら、情報収集(検索・論文読み)と論文執筆の時間を短くする以外に方法はないのである。論文を早く正確に読む技術というのは、トレーニングで容易に身に付くであろう、と信じて、がんばって読み込んでもらうことにする。(2)緊急教授会今日も会議である、大変である。事態が収拾の方向に向かうことを心より祈る。(3)論文リバイスExp Cell Resに投稿中の論文のリバイス作業が大詰めである。査読者の要求に完璧に答えられたわけではないが、大かたは追加実験に成功し、さらに情報が増えた。それをうまく記述して収めることができればこの論文は受理に成功するのである。本文の直しなどは昨日のうちに完成したので、今日の作業は「ポイントごとの変更箇所リスト」の作成である。会議終了後、ぼおっとした頭でなんとか取り組む。(4)委員会の委員の依頼またひとつ、副研究科長からとあるワーキングGの委員就任の依頼があった。売れっ子はつらいね。というか、Piyotaはそんなに有能ではないので、仕事が増えすぎると困ってしまう。
2008.04.23
今日は昼過ぎより、おもにWEB委員会活動で、非常に忙しいことになった。流れとしてはこんな感じ。・事務部(庶務3)よりメール、各分野のWEB更新の依頼・G-COE独立メンバーについてH先生と意見交換・事務部の意向確認・委員会メール会議・その間に、とんでもないこと(緊急事態)発覚・副研究科長に相談→決済→緊急事態対応・ついでに、他の附属機関についても対応要請その間に論文revise作業を進めるべくNTさんと打ち合わせしたり。鶴見出張から帰ってきてU先生と打ち合わせを済ませてきたYK君と情報交換したり。Protein Scienceに投稿のままたな晒しになっている、YK君論文をそろそろ決着つけるべく、YK君に英文の作文を依頼したり。
2008.04.21
以下、下のURLの記事からの引用です。ようやく復活した。http://lion.zero.ad.jp/~zba78522/setup_linux/install_printer.htmlghostscript 7.07のバグの対応Vine Linux 4.1 の ghostscript にはまだバグが残っているようで,初期設定では lpr によるテキストファイルの印刷ができません.また Acrobat Reader からの印刷もできません.これらのバグに対する対応をします.スーパーユーザになって,次の3つのファイルのバックアップをとった後,これらのファイルにある "-dPARANOIDSAFER" という記述を "-dSAFER" に変更します("PARANOID" を消すだけです). * /usr/lib/cups/filter/foomatic-rip の1571行目 * /usr/lib/cups/filter/pstopxl の49行目 * /usr/lib/cups/filter/pstoraster の34行目念のため,# /etc/rc.d/init.d/cups restartとして cups を再起動します.これで Acrobat Reader からの印刷も問題なく行えるようになります.また,通常のテキスト印刷も lpr コマンドで行えるようになります.例えば test.txt を印刷する際は,lpr test.txt で大丈夫です.なお,エプソンレーザプリンター LP-S7000 の場合は,上記3つのファイルに加え,/usr/bin/pstolps7000.sh というファイルでも同様の変更をする必要がありました.
2008.04.19
千客万来昨日からいろいろな人がうちのラボを訪ねてくる。昨日2名。今日3名。メールでラボ見学の打診をしてきた他大学の4回生1名。構造生物学がこんなに人気になるなんて・・・・なんか間違ってるって・・僕が言っちゃまずいかな?EndeavorにインストールしてあったLINUXシステムが壊れたSATAドライブのシステムが立ち上がらない。データが大量に載っているパーティションが不調。データディレクトリを温存して、システムを再インストールすることで、かなりの部分復旧。手元にあったVINE LINUX 4.1にシステムをアップグレードする羽目になった。このアップグレードのせいで、いくつか使えなくなった機能が。たとえばCNS_SOLVEは旧バージョンが動かない。CYANAはどうやら動いている模様。MOLMOLとPyMolを大至急復旧。CLUSTALX復旧。web-serverとしての機能が半分復旧。tknamazuが放置。NMR関係のソフトはまあまあ動く。ここまで対処して、終電に乗り遅れてタクシーに乗る羽目になる。論文リバイスと医学部の業務のため、明日も出勤。土曜出勤・日曜出勤、タクシー帰り、のパターンは体にこたえるんだよなあ >_<
2008.04.18
検索していたらおもしろい論文みつけました。読んでみるとなるほどと思える。Bioconjugate Chem., 19 (3), 786-791, 2008. Efficient Site-Specific Labeling of Proteins via Cysteinesこれです。蛍光標識とかスピンラベルとか今後増えてくると思うので、その時に試してみます。
2008.04.17
遺伝子組み換え不適切処理事件で、多くの内部の調査と報告書作成の業務が発生。研究科長は本部(学長・理事)などとの折衝で、副研究科長や主要な委員会の委員長などは、その他もろもろの事務の手配でパンク状態。事務部門の人々は、連日連夜残業徹夜状態らしい。そんなわけで、遅ればせながら、若手教授陣も動員される。結局23時まで事務局対策本部(研究科長室)詰めで4人がかりで若手で分担して、調査作業に没頭した。お昼も晩も差し入れの弁当。15時から来客の対応のため、いったん中座して抜けさせてもらう。移転工事の件で、地下室の機器測定室を新規に整備して、核磁気共鳴装置と質量分析センターが同居する可能性がでてきたので、その調整など。最近稼働を始めた質量分析センターを初訪問して、ついでにS社の技術の方と打ち合わせをする。ついでに、まだ工事が入っていない状態の地下室を探訪(第二回)。今回は、事前に連絡して手配したおかげで、動物実験室の内部も係りの方立ち会いのもと、みせてもらう。新聞記事のおかげで、さらに事態は混乱の予感。む~~~~@_@
2008.04.16
予算申請締め切り。競争的研究資金、イノベーション事業(略称BRAIN(農林水産省関係))の研究費の電子申請の締め切りである。今日は、会議があることがわかっていて、どうもその会議がエンドレスになりそうなので、旧来型の科研費申請と異なり、eRADシステム(注:小胞体依存蛋白質分解のことではない)で入力申請できるので、たとえば両面印刷も両面のりづけ製本も必要ないので、「楽だ!」と思っていたのだが、これが大番狂わせであった。マーフィーの法則は健在である。今回はまったのは以下の2点。1.eRADシステムでの字数制限。原稿はこれまで、MS-WORDで作成して、字数を合わせて記入していたのであるが、電子申請システムのフォーム入力した項目の内容で、字数オーバーが発生すると、赤字がともるだけで内容が途中で保存されないまま次に進めない。どの項目の字数がオーバーしているのか、何字オーバーしているのかもでてこない。MS-WORDでの字数カウント法がおかしいのか、半角・全角などの文字の取り扱い法が異なるのか、原因は不明であるが、およそMS-WORDで850字くらいで、eRADシステムの1000字に対応するようである。どうでもいいが直前の字数15%カットはこたえる。この作業に昨日からかかりきりでほぼ8時間費やす。2.共同申請者の各機関の「承諾書」。機関印(研究科長印など)を押した原本をスキャナで電子化(PDF化)して、添付して送付しなければならないというこのシステム、結構めんどくさい。こういう時に限って、スキャナーとの通信がハングアップして、えらく時間がかかる。やれやれ。会議。15時より緊急教授会(臨時)。新聞発表などを受けての緊急事態のためみんなピリピリしている。緊急事態対策委員会などが立ち上がった模様。緊張で胃とか胸とか痛くなる。
2008.04.15
2月3月にとりためたNMRデータの処理を徐々に進め始める。解析を担当する人員が圧倒的にたりないので、自動帰属プログラムMARSを導入する。本来ならばSparkyでピークピックすればいいはずなのだが、そのスクリプトをかくのすら面倒なので、紙ベースでノイズ判定とエクセルへの数値入力を行うことにする。紙ベースならば、作業は大学院生や技術員にお願いできるのだ。大まかな流れなど。3D-FFT(NMRPipeなど) ↓PROI-system ↓ストリッププロット(紙の束) ↓目でチェック(CAとCA-1の区別など) ↓エクセル入力 ↓MARS ↓ストリッププロット並べなおしで確認 ↓エクセル入力値修正 ↓再計算(くりかえす)ともあれ、研究院のFさんにはこのあたりの業務も将来的には依頼したいところである。
2008.04.14
オープンになった子どもの楽園に行ってみる。混雑。桜はまあまあきれい。夜、雨の中、大学から何度も電話がかかってくる。なにやら大学で大変なことが起こっているらしく、いろいろ怒られる。明日あさいちで詫びにでかけることになる。なんか憂鬱。(この件、単なるとばっちりだったことが後々わかる。)
2008.04.13
午前中、改修工事とラボ移転のための会議会議があるはずであったが、緊急事態発生のため、会議がキャンセルになった。緊急事態というのは、「遺伝子組換え生物等を用いた実験」の「全学での停止命令」のことであった。うっわぁ~。ある意味、開店休業状態になってしまう、かもね。実験停止命令このことに関して、さらに何やら調査&アンケートが。どっひゃぁ。こういう日は皆、早く帰宅して自宅でゆっくりしようね、みたいな話がでてきて、ともかく早くラボを閉めることにする。
2008.04.11
差し入れ千里中央を通過する際に、お店があいている時間であることに気づく。神戸からややゆっくり目に出てきたのが功を奏した模様。ということでBeards PaPaでシュークリームの詰め合わせを購入して蛋白研に差し入れすることにする。いつも手ぶらで、利用させてもらってばかりで、悪いので。デスクワーク@蛋白研でもって、夕方の会議まで、様々なメールに対応したり、予算申請書の作文したり、とひたすらデスクワークを。どうも、話によると起死回生をかけたYK君の実験は不発だった模様である。まずいなあ、困ったなあ。ターゲットタンパク作戦会議昼過ぎより、神戸からS先生ほか2名来訪。蛋白研のX線のSさん、電顕のIさんと、研究会議。具体的には、・どのタンパク質に重点をおいて、試料調製&結晶解析をするか?・その仕事がうまくいった場合、誰が構造解析をして、誰が論文を書くか?・その仕事がうまくいった場合の論文のクレジット(オーサーシップ)をどうするか?という、非常に重要な調整会議がもたれたのである。問題点は、1.通常、X線構造解析の論文では、実際の結晶構造解析に成功した者か、位相決定・精密化または分解能向上にもっとも寄与した者が、論文の主著者となる。2.通常、結晶を作成した者は、極めて難易度が高い結晶化(例:膜タンパク質や超分子複合体など)の場合を除いては、主著者にはなれない。3.通常、タンパク質の発現精製を行った者は、それだけでは主著者になれない。このあたりの齟齬があるために、たとえば2,3の役割分担に、博士課程学生やポスドクをアサインした場合に、プロジェクトが成功したとしても、その役割にあたった人の成果が確保できず、学位がとれなかったり、次のポストにあぶれたりしてしまうことなのである。NMRの場合には、結晶化の部分がないかわりに、発現系作成、シグナル帰属と構造精密化という三つの山がある。このうち二つ以上行ったものが主著者になる、でよいと思う。
2008.04.10
今日は午後は教授会の日。先週の新聞報道などに関して、報告がある。それと多くの委員会の委員の指名、など。それから人事案件など。ものくごく長時間、というわけではなかったが、かなり疲労してしまった・・・。なんか書類の締め切りがいくつかあるんだよなあ・・・というわけで、会議終了後、なんとか頑張って予算申請のための申請書作成に奔走するも、体力尽きる。今日は神戸に泊って睡眠時間を稼ぐの予定。
2008.04.09
新医学研究コースのガイダンス 遅刻してしまう なんとか説明するやれやれ16時より遺伝子組換えの講習会が行われるのでみんなで聞きに行くが、本部のほうから講師でやってきた(たぶん委員長の)N先生の説明が退屈で分かりにくくて全く現実的でない。たとえば、LMOって何だ?とか(確かにカルタヘナ法ではそう書かれているが)。学生さんは前置きなしで話されてもわからないだろうなあ。
2008.04.08
午後15時~17時の予定で、基礎棟の耐震改修計画の説明会。この改修計画の厄介な点は、ラボの移動に伴い、各既存のラボがすでに保有している部屋の再編を行うべく、スペース再配分委員会が各ラボの最近の業績・人数・予算規模に応じた再配分を行おうとしている点である。もちろん、その目的は新任の先生のスペースをねん出して、精力的に新しい戦略をとり、学部を発展させて大学全体が生き残るため。地方大学であっても、特定の研究に特色があれば、生き残れる。うちの大学は、関西都市圏に位置する地方大学として、ちょうどそのボーダーなのである。でもまあ、長くおられる先生方にとって、既得権を手放すなんて、とんでもない、ってことだろう。
2008.04.07
VANTAGE POINTYokotaが映画のチケット二枚を当てた(なんかの送別会のビンゴであてたらしい).というわけでVANTAGE POINTを見に行く.映像効果満載の非常によく計算されたよくできた映画,なんだけど・・・・どうもいろいろご都合主義で,米大統領の護衛の人たちがマヌケぞろいで,困ったものである.深みがないんだよなあ・・・京都の町家で昼食昼食は映画館から烏丸のほうに行った所の町家ふうのおばんざい屋さん,「うしのほねあなざ」.お昼のセット美味.Yokotaは天ぷらとお造りのセットを,Piyotaはビーフシチューのランチを.このチーズ風味たっぷりのビーフシチューが,これまためちゃめちゃ美味だったのである.Jをお出迎え,うどん今日のJのお出迎えはPiyotaがすることになったので,日暮れまでJを連れて鴨川べりまで遊びにいく.石垣をよじ登るのに頑張っている.牛乳を一緒に飲む.亀石をわたるのはまだできなさそう.ともかくずっと楽しそうなのはよいことだ.新聞記事Piyotaのラボの近所のラボでおこった(不祥事・不手際)が新聞報道されて大事になってしまった.この騒ぎのおかげで,月曜日の朝一番にホームページ委員ちょとして「上層部会議」に呼び出されるということはなくなった.だが,このままいくと,しばらくの間ウェット実験はできなくなるかもしれない・・・
2008.04.05
Dさん来訪新年度になったことで、NMR装置メーカーのDさんが来訪してくださる。しばし情報交換。早くNMR装置を導入したいが、現在持ち上がっている問題は、建物の改装に伴うラボの移転計画。仮にNMRの移転が入ってしまった場合には、その装置異動費用が捻出できない。地下室探訪というわけで、先に改装が終了して空きスペースが捻出できそうな、地下室のスペースへの先行設置(ここに設置すれば移動なしでなんとかなる)に名乗りをあげる。でもってDさんとともに下見・・・ところが、本当に床のコンクリもむき出し、梁も太い柱もむき出し、の建物の基盤部だったのである。なんてこったぃ。最近の読書備忘録「インディゴの夜」創元推理文庫 加藤 実秋著 クール!「ダンサーやDJみたいな男の子たちが接待するホストクラブ」の影のオーナーとホスト達が夜の渋谷で活躍するコミカルなハードボイルド・設定がありそうでなさそうなオリジナリティ。「ミキシング・ノート」 雨木シュウスケ 富士見ファンたじア文庫鋼殻のレギオスシリーズの短編集性格が気弱&根暗?なのに「武芸」はめちゃめちゃ強い、という主人公が美少女たちにもてまくる話。勁という特殊技術を使う架空の武芸と武技の設定と書き込みが秀逸で、それゆえ鋼殻都市という設定も、個性的なキャラも生きてくる。文庫本もかれこれ7冊出ているが、回を重ねても展開がだれることもなく、ストーリーや設定が破綻することもなく、いいかんじである。ただし、イラストはクセがあるので、好き嫌いが分かれるかも。
2008.04.04
体調不良続く朝起きても全然食欲がない.今日は蛋白研行きなので,すこし遅く出ても大丈夫である.だが電車の中のつらかったことつらかったこと.なんか寝不足というかめまいというかそんな感じ.動悸や頻脈は感じられない.むしろ貧血系の感じ? おかしいなあ,睡眠時間を確保するように気をつけているのに.青息吐息で蛋白研に到着する,と・・・蛋白研セミナーに誘われる顔見知りのバイオインフォマティクスのK先生が,これからおもしろいセミナーがあるよ,と誘ってくれるので,NMRは少し後回しにしてセミナーを聞くことにする.ビタミンドリンクなどをなめながら,セミナーを聞いているうちにようやく体調が復調してきた.セミナー(徳力先生)は実におもしろかった.(多分)イタリアのL Serranoらが開発した蛋白質の安定性と変異体のΔΔGを評価するプログラム「FoldX」を駆使して,酵素の安定性,保存性,網羅的変異導入,試験管内進化,新規機能獲得,などについてウェット実験と計算予測結果との相関をとる,という意欲的な研究であり,実に勉強になった.例えば,200アミノ酸の蛋白質の構造解析を目指して,可溶性を改善するために最大4個の変異を許すのだとしたら,最初にまず熱安定性が高まるように変異を二ヶ所入れて(ランダムでもFoldXによるデザインでもいい)残り二つを活性の改善(たとえば溶解度とか自己会合低減とか)に回せばいい,ということのようだ.分子動力学の専門家セミナーには今度一緒にグラントを出そうとしているjh先生が来られていたので,挨拶がてら構想を語り協力をお願いする.それから蛋白質の水中での分子動力学計算について技術指導をお願いしたところ,JBICが配布している分子動力学シミュレーションソフトMyPresto.通常のMD計算のほかに,インシリコスクリーニングやマルチカノニカルMDなどもできる高機能ソフトが,アカデミック無料!.更に!マニュアル・チュートリアルの膨大な書類が,日本語なのである.これなら,読みながら分子動力学計算がすぐにできそうである.事務からの緊急連絡だが,せっかく情報も仕入れて,気持ちよくデスクワークしながらNMR測定をしていたのに,事務からの緊急連絡が追っかけてくる.今日はラボのほうに詰めていたTT先生と協力して対策を立てる.昨日の研究科長大回診(?)の続きの件.ああ,またストレスが~~よろよろ.ラボメンバー全員から念書(確認書)をとって,翌朝までに事務に報告,なのだそうな.
2008.04.03
花昨夜は神戸市内のホテルに宿泊。神戸三宮駅前より3分のところの小さなビジネスホテル。駅前、部屋の明かりが明るくて夜中のデスクワークなどに最適、ネットがないのが欠点か。ないからこそ執筆活動に専念できるということか?情報センター運営会議午前中いきなり会議である。こういう委員会に委員として出席するのは実は初めてかも。新年度のホームページ委員会Piyotaは学内のホームページ委員会のいいんちょに指名されてしまった.新年度にいろいろ多くの制度がかわるのであるが,数多い委員会業務が教育研究活動に阻害をきたさないために,委員会をなるべくメール会議でできるようにという制度改革が進んでいる.そのための内規を作成しなければならないのだが,その締め切りが4日なのである(汗ということで,急遽メール草稿を作成して,メール回覧で決議.それから大学の新任のPIの先生の連絡先早見表をWEBページに乗せる件で,大量にデータ整理を行う.これについてはNTさんにも手伝ってもらう.非常に業務が多い,やれやれである.報告書・申請書作成業務報告書についても.バイオインフォマティクス推進事業の学内報告書の件と,クレストの件と,ターゲットタンパクの件と,これらをすべてここ数日中に作成しなければならない.YK君学位取得計画その合間をぬって、大学院生YKくんの学位論文のための論文執筆計画のディスカッション。緊急事態そうこうしているうちに,詳しくはかけないが緊急事態が発生.夜になって,研究科長とその他の委員の先生が回ってくる.心臓によくないなあ.
2008.04.02
書き忘れていたので3月30日の日記を。1.Znフィンガー。Tさんの研究、絶好調のようだ。新規のUbからみの相互作用を発見というかそうでないというか。これを3か月、いや半年で複合体立体構造決定できるかどうか。結局、側鎖の帰属にかかわる解析速度をどこまであげるか、の問題によるのではないか、と思う。2.8COREマシン活用計画NAMDとNAMD-tutorialとVMDをダウンロードする。8core-machineにNAMDインストール、すんなりいった模様。tutorialに従って動かしていくと、ubiquitinの水中でのMDができるはずなのだが。この、およそ80万円で購入したXeon-8core-machineだが、一昔前の64CPUグリッドと同程度の計算性能があるとかないとか。少なくとも、数年前に2000万円ほどしたIA64-16CPUのSGI-ALTLIXの8CPU分の計算に対して、CYANAで同じベンチマークが出ているので、価格性能比は10倍になっているといえる。ということは、ちょっとしたMDなら普通に走らせられるということか。使わなければ損、損、ってことなのかもしれない。
2008.04.01
4月になった4月になって,Piyotaラボにも新メンバーが入ってきた.修士一年二名,TKくんとMくん.TKくんは,3月末からラボに顔をだして,ちょくちょく情報収集している熱心な学生.Mくんはマイペースだがなんか頼りになりそう,楽しみである.それからグローバルCOE研究員でFさん(Piyota釣り日記に以前登場していたふじぼう氏)が着任.前のラボで雇用してもらえる予算が切れたらしいので,こちらからお誘いした.それから,同じラボに同居している独立グループDH先生のところにも研究員着任,Sさん.ところが着任早々大問題が!給料が安い!Piyotaは一応部門の長ということになっているので,新規着任のお二方の辞令はPiyotaのところに届くのであるが,その給与の欄をみて,日給表示の額面の想像以上に給料が安くて,びっくり!・・・実はこれは杞憂であった.後日確認してもらったところ,確かに非常勤職員の学位取得後の俸給表に準じて記載してあるのだが,賞与が出ることがどこにも書かれていないこと,その他の通勤手当などの支給基準なども辞令には書いていないこと,が誤解の元なのであった.Fさん,びっくりさせてごめんなさい.体調不良つづく土曜日に仕事が入ると覿面に蓄積疲労で体調が悪くなるのだが,今回は動悸(不整脈?)で胸がむかむかするのである.悪い病気なんじゃないかと非常に不安.あと,緊張状態が続いているようで,息苦しくて,しかも風呂で温まっても汗が出なくてしんどい感じである.節制しようと誓う.しばらくお酒はやめよう.
昨日に引き続いて神戸ペタコンシンポジウム今日は,昨日の議論に引き続き,この30年間で計算生物学・高速コンピューティングが何を目指すのか,という高所の見地からはじまって,直近10年間でどこまで達成可能か,さらにその前半5年間に次世代スーパーコンピュータがあればどのように役立てるか,という議論までいきつくのが目論見だ.相変わらず,会議室に拘束されていて疲労が増しているのがわかるが,ともかくメモなどとりながら議論をフォローする.そして,会議参加者は,PCをつなぎっぱなしで,オーガナイザーの北野先生から回ってくる英文の草稿に対する修正やコメントも求められる.並行して会場では「ライブチャット」が開催されており,口頭での議論の途中での質問や補足事項については,誰かが文字情報で捕捉する,というおもしろい設定であった.(ただしライブチャットのほうは,速打ちする参加者がすくなかったせいもあり,低調であった.)最終的にまとまった「神戸ペタコン宣言」で採択された骨子のうち,Piyotaの分野に関わるものだけかいつまんで紹介しておく.おそらくこの全12条からなるrecommendationは,いずれ何かの学術誌などに公開されるのであろうから,ここではあくまで触りだけ.ではあるが,これから計算生物学・システムバイオロジーなどを目指す若手の人たちは,こういう「方向性」から未来の香りを嗅ぎ取って,積極的にこの分野を目指してほしい.・超高速の計算能力を用いてこれまでにない新しい生命科学の時代がやってくる\(^o^)/・キーワードはマルチレベル・マルチスケールシミュレーションの統合である.異なる階層のシミュレーション技術を階層をまたいで統合して,臨床医学的・創薬科学的に役に立つ「臓器」「人体全体」のシミュレーターを完成させよう・分子レベル/量子レベルのシミュレーションは,大規模計算によりますます精度が上がり,あらたな多くの発見が生まれることが期待できるんじゃないかな.ゲノムワイドの相互作用予測とかインシリコ創薬などもこのカテゴリーに含まれるんでがんがんやっちゃいましょう・細胞レベルのシミュレーションは加速されねばならない.心臓と肝臓とガン細胞あたりからとりかかろう.・TKやGPCRといったシグナル伝達の高精度モデリングはチャレンジングだけど面白そうだよね.・単一の臓器のモデルや,複数の臓器のモデルにも着手しなくっちゃ.薬剤投与などの刺激に対するレスポンスが9割の精度で予測できるようになったらすごいね・計算しっぱなしはダメなので,予測と実証を行うためにはイメージングなどの計測技術の高度化も必要なんじゃない?おおざっぱにこんな感じである.こういう明るい話ばかりだと,元気でるね~.備忘録がわりに理研や総合科学技術会議の次世代スパコン関連資料のリンクを. 資料1 総合科学技術会議? 資料2 理化学研究所のプロジェクト? 資料3 文部科学省の会議?(分科会) 資料4 総合科学技術会議の今年度方針? 資料5 理研の内部での体制とか?
2008.03.29
神戸ペタコン会議に参加した神戸ポートアイランドの公園南駅、ニチイ学館のポートアイランドセンターの隣の敷地に、次世代スーパーコンピュータがやってくる、らしい。総事業費1000億をかけて、計算能力10ペタフロップスの大型計算機を建造して、世界一を奪還する、というもくろみもあるらしい。そうして創られた高性能計算機を、生命科学分野の研究に生かすには、どういう方向性をもって研究をすすめていけばならないか、というグランドデザインにかかわる提言を行う、という会議のようであった。Piyotaはその末席に連ねて、東工大のM先生とか、並列計算のベンチマークで有名な理研のH先生とかの間に座って、両先生の薫陶を受けていた。で、そこで得た新しい情報が、gpgpu凄いらしいである。パソコンの自作をする人だったら御存知であろう、ゲーム機専用とか言われていたATI-RADEONの最新のグラフィックスチップというのが、一部の繰り返し計算や行列演算に転用しても非常に高速な結果を与える、ということらしいのである。ホームページによる情報によれば、近々グラフィックチップによる高速化が施されているMDソフト、NAMDがリリースされるらしい。今後30年後にシステム生物学・計算生物学はなにを目指すべきかこの問いに対して、・マルチフィジクス/マルチスケールでのシミュレーションとモデル化に基づいた"in silico human"の完成という提案がなされた。それを実現するためには、新しいタイプの生命科学者が必要である。豊富な計算パワーを背景に、計算機もウェットもわかる研究者を育てる体制をつくろう、ということなのである。・いまできている計算を、単純に「全ゲノム網羅的に」とか「タイムスケールを1000倍にして」とかいうような発想ではだめだということのようである。・膜の内側と外側と物質の流出入を含むような統合的なシグナリング系のシミュレーション(モデル構築も含めて)は、重要なテーマである、ということは認められた。明日はこの10年間でどこまでを目指すか、ということのようである。
2008.03.28
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午前中、施設改装のための委員会この件に関する委員会が非常に多く、場所のリアレンジメントなどを含むので大変である。Piyotaたちの分野は、結局2回引っ越すことになるかわりに、NMR装置は早々に改修が終わる地下室(機械室跡地)に入れてもらうことになりそうである。年度末報告書を仕上げるここ数日で一気にいろいろと仕上げなければならない。医学部の法人評価のための業績報告書の中の内容であるとか、CRESTの報告書とBIRDの報告書とターゲットタンパクの報告書の、報告書三連発とか。このうち、CRESTは今朝方、完成した。ターゲットタンパクは、T先生にお願いすることにした。
2008.03.27
膠着状態脱却の兆し今日は午前中は博士課程院生YK君のこれまでのデータを振り返って、どのように論文にまとめていくかの戦略作戦大会議、である。これまでのデータをまとめるために、マインドマップを手書きで作製しながら、フリートークをしていく、という方式で進めて2時かんびっちりブレインストーミングを行った。その課程でこれまで見過ごしてきていた、蛋白質と低分子との相互作用が再び着目された。この分子の表面、C15からC20くらいのサイズの平面的な分子が結合するのにぴったりの浅い疎水性ポケットがあるのだ。ここに結合する生理的なリガンドは何か?これが明らかになればYK君の仕事はとてもすばらしい研究になるであろう。そこで、原点に戻って、この分子のホモログで最初にアノテーションされた分子、に立ち戻ってみることになった。それは、土壌細菌と植物の共生(根粒形成)に関わる因子である。細菌が分泌するNod因子が、植物の根に働きかけて根粒を形成するカプセル状の構造への分化を誘導させる、というのは有名な話であるが、その前段階に植物のほうが細菌をおびき寄せるための低分子を放出していた、というのは今回調べてみて初めて知った。それが意外にも、植物が生合成するもっともポピュラーな芳香族分子の一つ「フラボノイド」だったのである。あるあるで話題の、ダイズイソフラボンなんかも入っている。飛び入り歓迎広島大学から、学部生のNくんが研究室見学に来た。蛋白質の立体構造解析の面白さなどをひたすら話して、いろいろ見てもらっての2時間であった。Kバイオサイエンス研究会今日は細胞接着のF先生のオーガナイズするTJとAJと細胞極性のセミナーである。非常に興味深く、わかりやすくまた面白かった。それにしてもZO-1はいったいどのようにTJ形成と極性維持にかかわっているのであろう?本日の読書・・・「ルポ・・貧困大国アメリカ(岩波新書)堤未果」う~ん。この本は素晴らしい。お勧め☆☆☆☆☆である。いままで見ていたこと、漠然と思っていたこと、マスコミの報道で報道されていないことなどが、よ~くわかる。でもって、日本では小泉政権以後、ますます人々の暮らしが悪くなったのではないか、と思われるような様々なことが、「経済のグローバリズムと自由競争社会の行き着く必然」であったことが、それを日本よりも10年以上前から取り入れたアメリカにおける実情として、明らかにされるのである。貧困層は最貧困層へ、中流の人々も尋常ならざるペースで貧困層へと転落していく。急激に進む社会の二極化の足元で何が起きているのか。(本書の紹介文より)二極化して勝ち組と負け組に分かれた社会では、今度は勝ち組がさらに負け組を食い物にするためのビジネスをはじめる。多重債務者を狙った「おまとめローン」などがその典型らしい。それにしても、これまでブッシュ政権がいかにおろかな施策を行ってきたのか、よくわかる。さて、目を転じると、アカデミック(大学)の世界では、競争的資金と機関の評価と民営化によるコストダウンが大流行である。自由競争によるパイの取り合いが、一部の旧帝大系の勝ち組大学以外の中堅大学を、一気に下流大学へと転落させ、そこにおいてこれまでなされてきた、日本の中流・中堅を支える「そこそこに何でもこなせる人材の教育」を崩壊させる・・・こんな予感が現実のものとなってきた、かもしれない。
2008.03.26
今日はYokotaがラボの引越し作業のため終日出勤.というわけで,一日中Jとお留守番.すっかり春なので,エクストレイルのスタッドレスタイヤを夏タイヤに履き替えにオートバックスへ.昼飯はたまごスープとごはんとほっけの干物の焼いたやつ.午後,宝ヶ池に鯉を見に行く.100円でエサを買って池にまくとものすごくたくさんの鯉が集まってくる.うまくまくとブルーギルも見える.鳩も鴨もやってくる.3時過ぎにようやくオートバックスのピット作業開始なので,車をもっていく.J途中爆睡.DVDでしつこくSound of musicを見る.Jはどうやらこれがとてもすき,らしい.晩御飯はラム肉でジンギスカン,肉は美味だがちょっとかたいかも.豆腐の赤だしの味噌汁.
2008.03.23
スキーツアー強制短縮の影響で、やさぐれています。ここ数日の【スギ花粉の量:非常に多い】と相俟って、体調と気分と集中力が最低で、しかも勤労意欲も低下しております。それでも昨夜は、海外学会参加登録とアブスト投稿のため終電を逃すまでラボで仕事しました。おかげて神戸泊です。ゴージャスな部屋です。そんなわけで、やさぐれて蛋白研。HSQC三本測定するだけのために、蛋白研に来ました。現実逃避かもしれません。あ、でも、朝はホテルでチェックアウトギリギリまで書類つくりしました。CRESTの今年度の実績報告書、ほとんどできあがりましたもん。で、測定も別にPiyotaじゃなくても誰でもできる測定ですが、はかりに来ました。今回もってきたのは、秘伝のレシピinverse-label試料です。これがあると連鎖帰属も快適、快適。蛋白研のI先生と講談社サイエンティフィックの憂鬱な教科書の執筆締め切りの話をして、憂鬱なことを思い出す。I先生もそれを思い出して、やさぐれはじめてしまう・・・まずいっ! やさぐれ気分も一区切りつけて、「文豪モード」に転換せねば!! I先生にはひとしきり温泉旅行をお勧めする。原稿を執筆するには、愛媛大に出張にいってホテルに缶詰になるのがいいのだけどね。さて本日の読書。講談社文庫、森博嗣 「θは遊んでくれたよ」本編、相変わらずキャラクターが際立っていて、ラブちゃんとか保呂草探偵とかいう、懐かしい登場人物たちも再登場して、面白かったのであるが、清涼院流水氏の解説がこれまた際立って面白かった。なお、保呂草氏が出てきたのは、作者一流のいわゆるミスディレクションの手法で、そのせいですっかり読者は混乱してしまいました・・・お見事。それにしても、森センセ、日常生活に付随する行動がエキセントリックではあっても、「才能」(観察眼とか論理能力とか)がしっかりしている登場人物(ここでは犀川助教授とか海月及介くんとか)を描くときの筆致が温かいのに対して、加部谷恵美さんの扱い(たぶん、もっともリアルな、どこにでもいる一般的にかわいい女子大生、しかも理系なので貴重)はすごく冷淡なのです。筆に悪意がこもっているようにすら見える、まったくの狂言回しの扱いです。この傾向、そういえばVシリーズのときも、小鳥遊練無(女装癖があるものの医学生で頭脳明晰でしかも空手使い)と香具山紫子(恋する女子大生)に対する筆致の温度差が明確だったような。ある意味、理系の大学教員としては正しい人物評価の仕方かもしれないが、きっと大学在職中の森先生のラボの学生さんたちは、そういう意味で苦労しただろう。
2008.03.19
やさぐれている。スキーツアーの短縮の元凶となった、会議である。いやこれがもうまったく、収穫なしの会議である。せっかくの本部出張なので、本部の生命系の図書館を開拓してみたものの、端末などの使い方がいまいちわからず、パソコンを一瞬開いただけで退散する。やさぐれて、直帰することにする。というか、どのみち今日は有給で、休暇を取り消していないのである。六甲道の駅のそばで昼飯にする。ロンギー(カレー屋)、美味。とうわけで、本日の読書。犬はどこだ 米澤穂信 ストレス性のアトピー(+うつ病+ひきこもり)から復活した、犬探し専門の探偵が、犬探し以外の田舎の地方都市の難事件を、謎だけといて解決はしない、という話である。米澤穂信の文章は、なかなか挑戦的で実験的で、面白い。ストーリーも謎解きも、よくできている。注目の作家である。ライトノベル出身者が直木賞などを取るというのが、今後しばらくブームになるのだとしたら、桜庭に続くのはきっと彼に違いない、と確信する。
2008.03.17
・今日は午前中で撤収しなければならないが、とりあえず晴れてよかった。・帰り間際に羊蹄山が見えて嬉しい。・空港までのバスで、音楽を聴きながら爆睡、至福。・新千歳空港でYokota実家と自宅にお土産を大量購入。・伊丹から京都までの空港バスで、やはり爆睡。音楽を聴きながらバスにゆられるのっていいな。・今回の音楽はARIAと牧野由衣「ユーフォリア」とRound Table Featuring NINOとDimitri from Paris.
2008.03.16
・メンバーはTT夫妻、K夫妻。卒業生のSさんは自宅でご不幸がありツアーを直前キャンセル。Piyotaは緊急の会議召集を受けて、直前に三日目をキャンセルしてツアー短縮で、通常料金の航空券で帰ることに。・スキー場はニセコ比羅夫エリア。宿はパークホテル。居酒屋BangBang至近。・雪質はかなり融けていて重い。・気温高く霧(濃霧)発生、視界5m以下。スリリング。・今回のお酒はGrappa(Muscato)・居酒屋BangBangで鮭児のカブト焼き、鮭刺身4種盛りなどを堪能。美味。以下写真集。・幹事・企画を一切をお願いしてしまったTさん、どうもありがとう!
2008.03.15
会議二件かけもち。午前中、鶴見でCRESTの班会議、研究進捗会議。GenomeOneの結果を報告する。これに間に合うよう出席するために、早朝の新幹線に乗り込む。デスクワークできるかと思ってグリーン車を利用するが、結果的には無理で、前後不覚に眠り込む。何か移動中も悪い夢ばかり見るし、体調悪い。午後、大岡山でバイオインフォマティクス推進事業、研究進捗会議。O先生が名古屋に異動されるので、大岡山では最後の会議かも、とのこと。スペイン料理での送別会は、しかし残念ながらパス。帰って寝たい。
2008.03.14
G-COE研究会、午後から。 DH先生のアミロイドの話おもしろい。世の中どんなペプチドでも簡単にアミロイドになってしまうものなのだなあ。H先生の血管新生の話も面白い。いろいろおもしろい生物学の話が聞けて、とてもこの会は実り多く楽しい。K先生は、若くして逝去されたY先生の研究内容を紹介された。広範な分野のシグナルトランスダクション経路を明らかにされた立派な業績、惜しまれる。S先生の一分子計測の話も非常に不思議で面白く、謎である。K先生、インシリコ創薬、圧巻である。非常にうまくいっている印象を受けた。その後G-COE推進委員会国際評価委員会と国際シンポジウムの企画とスケジュール決まる。京都大のF先生に、Piyotaがお願いしにいくことに。
2008.03.13
1.編入学生研究発表会第二段。怪文書が出回ったりする。きっと不満が溜まっていたのだろう。2.科研費の経理関係と昨年度の研究実績の報告書。年度末は何種類もの報告書を作成しなければならず、それが大変である。3.ペタコンシンポジウムのアンケートに回答する。ペタフロップスコンピュータ(次世代スーパーコンピュータ)の神戸誘致が決まったので、うちの大学からも情報収集に関係者を送れ、ということだろう。いくつかのプロジェクトを提案しろというようなアンケートであるが、答えにくい質問が多い。コストパフォーマンスを考えればはたしてペタコンを建造する意味があるのかないのか?タンパク3000のようにインフラ整備につながるようなプロジェクトが立ち上がり、かつ、人材育成に役立てばよいのであろうが。とりあえず、そういう人材を育成するための「怪しい組織図」を作成する。
2008.03.12