安倍首相の盟友である加計孝太郎氏が経営する大学に国の予算を注ぎ込むために何かと便宜を図り、国会で追及されたときは「記憶にない」などとウソを言って安倍政権を守り抜いた功績に対し、安倍首相が萩生田氏を文部科学大臣に推挙するという「褒賞」をもって報いたことについて、元文部科学官僚の前川喜平氏は１５日の東京新聞コラムに、次のように書いている；

　加計学園と京都産業大学がともに獣医学部新設を求めていた２０１６年１０～１１月、萩生田光一文部科学大臣（当時は官房副長官）は加計学園のために陰で動いた形跡がある。

　１６年「10／21萩生田副長官ご発言概要」と題した文科省文書。「総理は『平成３０年４月開学』とおしりを切っていた。・・・今年１１月には方針を決めたいとのことだった」「渡邉加計学園事務局長を・・・課長のところにいかせる」などの発言からは、安倍晋三首相の意向を文科省に伝え、対応を促していたことが窺（うかが）える。

　１６年１１月１日の内閣府から文科省へのメール。「添付ＰＤＦの文案（手書き部分）で直すように指示がありました。指示は藤原審議官曰（いわ）く、官邸の萩生田副長官からあったようです」とあり、添付ＰＤＦには「広域的に獣医師系養成大学等の存在しない地域に限り獣医学部の新設を可能とする」とあった。

　「広域的に」は、手書きで書き加えられた部分だ。これがなければ「獣医学部が存在しない京都府には新設できる」と読めるが、これがあると「獣医学部（大阪府立大学）が存在する近畿地方には新設できない」と読める。京産大を排除し加計学園を残すための操作だと考えられる。

　加計学園の大学で客員教授の経歴もある萩生田氏。加計学園との癒着疑惑は残ったままだ。
（現代教育行政研究会代表）

２０１９年９月１５日　東京新聞朝刊　１１版　２５ページ　「本音のコラム－荻生田氏と加計学園」から引用

　安倍、加計、萩生田の３人が野外でバーベキューをしながら缶ビールを飲む様子を撮影した写真も報道されて、この３人が早い時期から四国に獣医学部を新設するために様々な手を打っていたであろうことは、文科省の文書や内閣府から文科省へのメールによって明らかである。一緒に缶ビールを飲むような間柄でありながら、萩生田氏が安倍首相に一切相談しないで、単独で加計学園が有利になるような「工作」をするわけがなく、加計学園の獣医学部新設を知ったのは２０１７年になってからだったという安倍首相の答弁は「虚偽」であることは疑う余地がない。このような「疑惑」をそのままにしておくのは、将来に大きなツケを残すことになるということを、国民は忘れるべきではない。