Vine5.1+RDKit install 備忘録つづき
RDKit導入2日目さて、本日はRDKit導入の2日目プロセスに突入である。python >> import numpyでエラーがでる。これは、numpyが入っているにもかかわらず後付けでいれたpython2.5に認知されていないからのもよう。VineLinuxの困る点は、こういうところである。これはあとで何とかすることにして、apt-getで入りそうなものをどんどんいれていくことにする。# apt-get install sqlite sqlite-devel sqlite3 sqlite3-devel zlib zlib-devel sqlite-2.8.17-1vl5.i386 sqlite-devel-2.8.17-1vl5.i386 * zlib は既に最新バージョンがインストールされています。* zlib-devel は既に最新バージョンがインストールされています。 sqlite3-devel-3.6.16-1vl5.i386 sqlite3-3.6.16-1vl5# apt-get install libboost libboost-devel libboost-1.36.0-2vl5.i386 libboost-devel-1.36.0-2vl5.i386freetype2 はすでに最新バージョンがインストールしてあるがこれでいいのか不明。ImaginghはVineではおそらくこれ。# apt-get install python-imaging python-imaging-1.1.7-1vl5.i386 ここでnumpyに関する勘違いに気づく。python-numeric / python-numeric-develとnumpyは無関係。Vine5.2のこのマシンにはnumpyはまだはいっていないようだ。だとすれば簡単で、$ wget http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.6.1/numpy-1.6.1.tar.gz$ tar zxvf numpy-1.6.1.tar.gz$ cd numpy-1.6.1$ python setup.py build# python setup.py installこれで$python>> import numpy最初の何回かerrorが出たが、これは、LD_LIBRARY_PATHに/usr/local/libが正しく加わっていなかったせい$ source ~/SETUP.csh を行うと回避できた(setenv文はここに格納してある)ということで、atlas-sse2とatlas-sse2-develはVine5.2コンパチブルのバイナリパッケージもソースパッケージもないようだ。これはソースからビルドしてみるか。。。とも思ったがnumpyがすでに入っている以上、不要かも知れぬ、と思ったので、後回し。RDKITのビルドにとりかかる。$ vi CMakeLists.txt 上の方に、以下の4行の情報を追加。set(PYTHON_NUMPY_INCLUDE_PATH "/usr/lib/python2.5/site-packages/numpy/core/include")set(PYTHON_EXECUTABLE "/usr/bin/python")set(PYTHON_INCLUDE_DIR "/usr/include/python2.5")set(PYTHON_LIBRARY "/usr/lib/libpython2.5.so")~/SETUP.cshに以下の情報を追加 setenv RDBASE "/home/gold/software/RDKit_2011_06_1" setenv PYTHONPATH "/usr/lib/python2.5/site-packages"$ mkdir build$ cd build$ cmake -D BOOST_USE_STATIC_LIBS=OFF -D BOOST_ROOT=/usr/local -D RDK_INSTALL_INTREE=0 -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local ..するとエラーが Unable to find the requested Boost libraries. Boost version: 1.36.0 Boost include path: /usr/include Detected version of Boost is too old. Requested version was 1.39 (or newer).ということでboostを入れ直す。apt-get build-dep http://updates.vinelinux.org/VineSeed/SRPMS.plus/libboost-1.45.0-2vl6.src.rpm取得:1 http://updates.vinelinux.org/VineSeed/SRPMS.plus/libboost-1.45.0-2vl6.src.rpm [39.2MB]39.2MB を 3s 秒で取得しました (11.1MB/s) パッケージリストを読みこんでいます... 完了依存情報ツリーを作成しています... 完了 以下のパッケージが新たにインストールされます: bzip2-devel lam libaio libaio-devel libicu libicu-develアップグレード: 0 個, 新規インストール: 6 個, 削除: 0 個, 保留: 1 個18.0MB のアーカイブを取得する必要があります。展開後に 48.5MB のディスク容量が追加消費されます。続行しますか? [Y/n]Y取得:1 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/main bzip2-devel 1.0.5-4vl5 [11.2kB]取得:2 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/plus lam 7.1.4-1vl5 [3415kB]取得:3 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/plus libaio 0.3.106-2vl5 [19.3kB]取得:4 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/plus libaio-devel 0.3.106-2vl5 [11.0kB]取得:5 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/main libicu 4.0.1-1vl5 [6861kB]取得:6 http://updates.vinelinux.org 5.2/i386/main libicu-devel 4.0.1-1vl5 [7710kB]18.0MB を 1s 秒で取得しました (10.6MB/s)変更を適用しています...準備中 ############################## [100%]更新/インストール中 libicu-4.0.1-1vl5.i386 ############################## [100%] libaio-0.3.106-2vl5.i386 ############################## [100%] bzip2-devel-1.0.5-4vl5.i386 ############################## [100%] lam-7.1.4-1vl5.i386 ############################## [100%] libaio-devel-0.3.106-2vl5.i386 ############################## [100%] libicu-devel-4.0.1-1vl5.i386 ############################## [100%]完了$ apt-get source -b libboost-1.45.0-2vl6.src.rpm# apt-get install libboost*.rpmでやると、今度はglibcのバージョンエラーがでてしまって入らない。 libboost-regex: 依存: libstdc++.so.6(GLIBCXX_3.4.11) それをインストールすることができません 依存: libstdc++.so.6(GLIBCXX_3.4.9) それをインストールすることができませんどうしてくれようか?(長い道のりだったので中略 覚えていたら明日いこうに補足します)cmake -D BOOST_USE_STATIC_LIBS=OFF -D BOOST_ROOT=/usr/local/lib/boost -D RDK_INSTALL_INTREE=0 -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local -D BOOST_INCLUDE_PATH=/usr/local/lib/boost/boost ..Python Install directory /usr/local/lib/python2.5/site-packages-- Configuring done-- Generating done-- Build files have been written to: /home/gold/software/RDKit_2011_06_1/buildどうやら完成したようだ。ミソは ====> boost 1.40.0を手動でコンパイルしてインストールした========> RDKitのインストーラが上記のいれた場所を見つけられなかったので(まあそりゃそうだろ)cmake -D の下にパラメータを書き連ねてみた。参考にしたサイトはこちらhttp://code.google.com/p/rdkit/wiki/BuildingOnCentOShttp://cheminformist.itmol.com/rdkit/install/30a430f330b930c830fc30eb-centosブログ村でchemoinformatics関連のブログを探してみる